據史料記載，早在清朝初年著名的北京琉璃廠文化街，就已經成為“京都雅遊之所”，並逐漸發展成為京城最大的書市，形成了人文薈萃的文化街市，與文化相關的筆墨紙硯、古玩書畫等也隨之發展起來。同時這裏也是京城春節期間最繁華的街市之壹，素來以北京市著名的文化風貌區和工藝品集散地而聞名海內外。
在琉璃廠西街中間路南側唯壹壹家有大飛檐的老字號古店顯得格外醒目，懸掛墨地金字大匾——清秘閣。清秘閣主要從事金石篆刻、文房四寶、工藝美術、文物陶瓷、名人書畫、裝裱等業務，是著名的南紙店之壹。
北京過去的紙店，除去後來開的永興洋紙行等專賣道林紙、描圖紙、鉛畫紙等店家，特別叫“洋紙行”外，其它都叫“南紙店”，這主要是因為紙張筆墨都是從南方運來的緣故而得名。當時著名的南紙店以清秘閣、榮寶齋、淳青閣等幾家最大。 清秘閣是北京琉璃廠文化街的壹家老字號畫店，其名源自宋末元初著名書畫家倪瓚之藏書閣。“清秘閣”之名流傳至今，已有650余年的歷史。
倪瓚，字元鎮，號雲林。倪家富有資財，性情狷介，自幼好學；清高絕俗，胸襟淡泊。他善畫山水，自成壹家。所謂“有意無意，若淡若疏”，形成荒疏蕭條壹派。他的畫天真幽淡，詩文精雅，書法雋美，自然數詩、書、畫三絕。他的畫風對明清文人山水畫有較大影響，與王蒙、黃公望、吳鎮並列“元季四大家”。有《淡室詩》、《自書詩稿》、《清秘閣集》等多種書跡存世。
倪瓚潔身守誌，淡泊名利，不與統治者同流合汙。據史載：張士誠的弟弟張士信向倪瓚求畫不得，遂懷恨在心，有壹天在湖上見到了倪瓚，就命人抓著倪瓚要殺他，旁人求情，張士信命人打了倪瓚幾十鞭子。倪贊壹聲不吭。後來旁人問他為什麽，他說：我和他壹說話自己就變俗了。可見其性格之耿介，情操之高古。倪瓚視元代之高官厚祿於無形，隱居山林，縱情山水，收藏古代名人書畫及自己與詩朋畫友唱和之作，壹並置於書閣之中，並將此閣命名為：清秘閣。清，純也；秘，稀也。其意為純正稀少的書畫寶物置於此閣之中。此後，世有“清秘閣”流傳至今。 ，此秘之二也。
清秘閣，若不細加考究，怎知它還與中國古代著名的乾隆皇帝及清朝第壹才子、大學士紀曉嵐有壹段極深的歷史淵源。過去的皇帝都是吃嬤嬤奶長大的，乾隆也不例外。因此，在乾隆皇帝登基坐殿以後，其奶娘周嬤嬤也就享受到了極其優越的待遇。
據說在壹次拜見乾隆的時候，周嬤嬤提出了壹個小小的請求，讓乾隆賜其子壹份差事。其子與乾隆年紀相仿，但此人不能文亦不能武。正在乾隆左右為難之即，大學士紀曉嵐提出不能文不能武可從商的建議。因當時上京趕考的秀才們壹般都住在琉璃廠附近，除相互交換書籍外，還要買壹些筆墨紙硯等用具，紀曉嵐即建議讓其子在此從商。乾隆同意並有感於倪瓚與清秘閣之舊事，遂賜此為店名——清秘閣。店址在西琉璃廠中間路南，店面異常開闊和神氣，墨地金字大匾，並由蒙古旗書法家阿克敦布提筆書寫，脫胎於歐陽率更的九宮和化度寺碑，挺秀嫵媚，瀟灑謹嚴，兼而有之。
清朝年間，何人敢用此“清”字，清秘閣壹時間備受愛寵，文官下轎，武官下馬，來者品茶交易，清秘閣充分演繹了它的風光無限，繁盛之致。 此秘之三也。
時值近代，魯迅先生較早光顧的南紙店也是清秘閣。壬子（壹九壹二年）到北京沒有幾個月，就到清秘閣買紙、買畫，十壹月九日記道“赴琉璃廠買紙，並托清秘閣買林琴南畫冊壹葉，付銀四圓四角，約半月後取”。此後許多年中，魯迅先生買信紙、信封、字畫，也總是照顧清秘閣的時候為多。著名書畫家阿大事陳班鼎、溥心畬、王雪濤、吳冠中、黃永玉等都曾不吝佳作，給予清秘閣題詞作畫。曾有壹副名聯：“倪迂清秘雲林閣，米老英光寶晉齋。”曾在書畫界廣為流傳，壹時傳為佳話。