1860年，詹姆斯的叔叔離奇死亡。詹姆斯作為法定繼承人來到叔叔的豪宅，繼承了叔叔的全部遺產，並在院子裏種下了壹顆神秘的種子。然後他用三顆寶石打開房子的門，走了進去。進屋後，詹姆斯意外發現他叔叔的屍體藏在鐘裏，墻上的照片後面藏著壹些關於動物和人體器官的信息，雖然他活得很奇怪。舅舅家對面有壹家神秘的酒店(原銹湖酒店)，裏面有各種神奇的動物。詹姆斯偶然發現了他叔叔和兩個兄弟關於長生不老藥研究的筆記，1859就此告壹段落。之後詹姆斯自己也試過配置壹次，給狗喝了之後好像也沒什麽效果。
然後詹姆斯娶了瑪麗，生了三胞胎，艾瑪、塞繆爾和艾伯特，十幾年後死去。但三人關系並不好。9歲的時候，艾伯特被另外兩個人欺負，然後他就種下了仇恨的種子。這時，烏鴉人出現了，預示著三人的悲慘命運。艾瑪生了壹個兒子弗蘭克，但是他的叔叔艾伯特心懷怨恨，在他蕩秋千的時候讓他掉進了井底。艾瑪以為兒子死了，然後傷心欲絕。她給兒子留下壹封信，然後上吊自殺了。另壹個兄弟塞繆爾(Samuel)認識了算命師艾達(Ida)，並因為他在修理自己的時鐘而結婚生下了兒子倫納德(Leonard)。
壹次，艾伯特、塞繆爾、艾瑪和瑪麗玩了壹個謊言遊戲，並透露了艾伯特對艾達的深愛。之後，艾伯特和其他家人正在家中玩耍，突然壹聲槍響，除了倫納德，老瑪麗當場死亡。原來艾伯特把哥哥和嫂子帶走藏了起來，用木偶手法殺死了塞繆爾和艾達，只留下了他們的兒子倫納德。並用她自己的種子和艾達的種子創造了她自己的孩子羅斯。
其次是三個孩子的故事。倫納德長大後成為壹名士兵，但在戰場上摔斷了壹條腿，得到了時間碎片。羅斯從井底救出了弗蘭克，弗蘭克從烏鴉那裏得到了他媽媽的壹封信。獲救後，弗蘭克找到艾伯特下棋，然後殺了他報仇。羅斯通過挖掘族人的墳墓找到了另壹個時間碎片，倫納德在院子裏找到了這個時間碎片。
在故事的發展中，收集了十個祭品。最後，倫納德、羅斯和弗蘭克壹起去了底層實驗室，詹姆斯爺爺曾在那裏研究他叔叔的長生不老藥。然後他們把祭品放在壹個瓶子裏，他們三個被樹根纏住了。然後十祭的養分融合到心臟裏，原來是紀凡(雅各的叔叔)。最後所有人都死了，除了羅絲，她抱著壹個嬰兒站在銹湖裏，故事結束了。
以上是銹湖根故事的大致脈絡，很多具體細節因寫作需要，不贅述。從詹姆斯到羅斯，第二代的悲劇令人扼腕。艾伯特因為兒時的怨恨，殺死了自己的侄子和哥哥嫂子，最後被侄子的復仇所殺。但這壹切的仇恨，都是塞繆爾和艾瑪頑皮童年的種子。從遊戲開始出現的烏鴉人應該是神秘的紀凡，詹姆士的叔叔。
銹湖:根，銹湖的根，是方房逃亡系列的新作。這部作品延續了系列黑暗神秘的畫風，各種光怪陸離的動物和人用非常微妙的方式講述了壹個精彩的故事。