1、王國篇 （1集~055集）
劇情簡介：國際幻象社董事長貝卡斯·J·克羅佛多覬覦海馬集團的立體影像技術，想通過收購海馬集團得到它。但海馬集團董事會的五巨頭開出了壹個條件，那就是必須打敗海馬的宿敵遊戲。於是帕加索斯用神器“千年眼”的黑暗力量綁架了武藤雙六的靈魂，強迫遊戲參加自己主辦的“決鬥者王國”大賽。 遊戲想救出爺爺，就必須贏得比賽的冠軍並打倒帕加索斯。
2、決鬥城市（56集~097集）前篇
劇情簡介：暗遊戲在美術館看見了壹塊刻有自己、海馬、青眼白龍、黑魔導的古埃及石板，意識到了自己之所以不知道自己是誰的原因，即為自己的記憶在三千年前也隨著自己的靈魂被封印了，他決定尋找自己遺失的最重要的記憶，而這個方法就是集齊由帕加索斯創作的“三幻神”卡。另壹邊，守墓壹族的傳人馬利克為了向法老王復仇，組建了稀有卡狩獵集團“古魯斯”。
3、乃亞篇 （98集~121集）
劇情簡介：發生在決鬥都市8強比賽後前往半決賽的地方的時候，突然從海底浮出了巨大的要塞阻止了眾人的前行。作為海馬瀨人的養父海馬剛三郎的親生兒子乃亞，因為對海馬逼死了他的父親而懷恨在心，所以他將海馬等人劫入要塞並由連接終端拖入壹個虛幻的電腦世界裏進行決鬥，想要報壹箭之仇。在那個世界裏危機重重，之前被困在虛擬世界的海馬集團五巨頭也為乃亞效力，在各處埋伏，想要奪取他們的身體回到現實世界。
4、決鬥城市 （122集~142集）後篇
劇情簡介：暗遊戲與城之內克也等人都參加了比賽。暗遊戲擊敗了使用盜版“艾克佐迪亞”的獵人 和同樣使用“黑魔術師”的魔術師潘多拉，其後在馬利克主要人格操控的默劇演員手中奪得了“奧西裏斯的天空龍”， 並且與海馬聯手擊敗了前來襲擊的數名“古魯斯”獵人。但城之內克也被馬利克控制，在碼頭中強迫暗遊戲進行決鬥。表遊戲不忍暗遊戲與城之內自相殘殺，願意犧牲自己讓城之內獲勝。最後城之內恢復理智，成功將遊戲解救出來。
5、多瑪篇 （143集~184集）
劇情簡介：壹萬年前，亞特蘭蒂斯得到了名為“山銅”的物質，創造了偉大的文明。但“山銅”的力量卻讓人們慢慢變得腐朽，最後成為怪物，國王達姿在親手斬殺變成怪物的王後之後，自己也成為了“山銅”的代理人，將亞特蘭蒂斯毀滅。在“決鬥都市”大賽獲勝的暗遊戲帶著3張神之卡在記憶石板前準備進行儀式，但石板卻被黑暗力量冰封，其後神秘組織“多瑪”的“三劍客”突然出現並搶去了神之卡...
6、KC篇 （185集~198集）
劇情簡介：由於海馬集團被盜取了卡片資料，聲譽再次陷入低谷。為了挽回公司的聲譽，也是為了實現海馬瀨人與弟弟海馬圭平在童年時候的夢想，在美國新建成的海馬樂園舉辦的“KC”杯決鬥大賽。武藤遊戲等人為了挽回海馬集團的聲譽也參加了此次比賽，而暗遊戲則作為“決鬥王”參加最後的冠軍賽。此時，壹個巨大的陰謀正在蠢蠢欲動，那就是海馬集團的競爭對手...
7、埃及篇 （199集~224集）
暗遊戲得到自稱是夏迪派來的使者的男人波巴沙的指引， 進入了自己與“黑暗大神官”阿克納帝的記憶組成的“王之記憶”世界中，與暗貘良展開了“究極的RPG”黑暗遊戲。另壹方面，想要幫助另壹個自己的表遊戲，與朋友們壹起進入了這個RPG遊戲的世界中。暗遊戲作為法老王和盜賊王貘良展開激戰，在即將擊敗貘良之際，卻被大邪神的沙漏影響而落敗。