清康熙年間，從1679到1702，短短23年間，王騰館毀於四次建築，均為火災所致。清雍正至乾隆年間，王騰亭毀而建。
1731被大火燒毀。五年後，1736，江西巡撫趙和巡撫余重修。1743年，江西省政使彭家坪重修，重修額為“西江第壹樓”。
1788年，王騰亭再次倒塌。第二年，江西巡撫何玉成在舊址重建。清朝嘉慶年間，亭子年久失修，“丟在壹角，丹日剝盡”。大中城，江西巡撫秦承恩、江西巡撫鹹福於公元1805、1812兩次重修，由江西布政使陳任命。
清道光年間，王騰亭又重建了兩次。1847壹次，部分亭子被火燒毀，立即修復；第二次是這個建設的第二年。亭子再次被火燒毀，江西巡撫傅生勛重修。清鹹豐至同治年間，王騰館各毀壹次。
1853農歷五月，亭毀於火。1872年，湘軍前軍長劉坤壹任江西巡撫，隨即主持籌款重建。經過這次重建，亭子為兩層，恢復了“銀根亭”的名稱。不僅如此，劉琨還親自為展館寫了筆記。樓上前樓鐫刻“西江第壹樓”，後樓鐫刻韓愈小篆“重修王騰亭”，門匾上為“仙人老亭”。
清光緒年間至宣彤，王騰館各毀壹次。
1908年，王騰館再次被燒毀，次年重建。重建後的亭子牌樓上寫著“百濟遠道而來”；亭上有對聯:“不歸之河；來到西方很酷。“總的來說，清代王騰館的規模和形制是清初蔡世英重建最多的。從那以後，所有以前的重建大多遵循清晰的形狀系統。清代王騰館的興衰與明代壹樣，既是標榜“太平盛世”的標誌，也是炫耀“政績”的象征。
清初名臣蔡世英在清代第壹次重建後的《重建王騰亭》中寫道:河水不改，風景猶存。有起有落，故事有起有落，人說了算。妳不能讓那些看到和平衰落的人恢復繁榮，也不能讓那些浪費繁榮的人恢復繁榮？
蔡世英寥寥數語，既道出了他的嘆息與難處，又道出了重建王騰館並使之生生不息的原因。