瓜州縣因歷史上獨特的蜜瓜生產，春秋時稱為瓜州。唐初，瓜州正式作為行政建制名稱。明朝洪武五年(公元1372年)，瓜州被廢。
安溪之名始於康熙年間。康熙帝在安溪波隆集擊敗葛爾丹麾下三千余人，原名“安溪”，意為“安定西域”，寄托了平定西域之亂的希望。清雍正元年設安溪直隸廳，後改為安溪府、安溪直隸府。民國二年(1913)，安溪直隸州改為安溪縣，縣名延至2006年初。2006年2月8日，民政部(韓民[2006]第31號)批準，甘肅省安溪縣更名為瓜州縣。
2000年，安溪縣轄3個鎮，10個鄉。根據第五次人口普查數據，全縣總人口為99615人。各鄉鎮人口(人):袁泉鎮21111柳園鎮12131三道溝鎮11428河東鄉6262布隆吉鄉4080環。846南岔鄉10439甄氏鄉4422子喬鄉1745東壩圖鄉443腰站子鄉3968國有小灣農場虛擬鄉4618東鄉縣紮華移民工作站虛擬鄉1130積石山縣疏勒河移民工作虛擬鄉399。
2005年，鄉鎮行政區劃調整:東巴土鄉、子喬鄉、甄氏鄉合並為鎖陽鎮；其他有待調查。