申請財產保全，對方公司賬戶沒資金的，仍可以對其銀行賬戶進行凍結，在凍結的限額之內，對方銀行賬戶中的資金只能進，但不能使用或轉出。同時，也可以由法院依法查封、扣押對方公司的其它資產，包括機器設備、產品、車輛、房屋等。
在強制執行中，如果當時財產保全的賬戶金額不足的，可以由法院繼續凍結被執行人的其它賬戶，或執行歸被執行人所有的其它財產。
《民事訴訟法》第二百四十二條 被執行人未按執行通知履行法律文書確定的義務，人民法院有權向有關單位查詢被執行人的存款、債券、股票、基金份額等財產情況。
人民法院有權根據不同情形扣押、凍結、劃撥、變價被執行人的財產。人民法院查詢、扣押、凍結、劃撥、變價的財產不得超出被執行人應當履行義務的範圍。
擴展資料：
《民事訴訟法》第102條規定：“保全限於請求的範圍，或者與本案有關的財物。”最高人民法院的有關司法解釋也認為，人民法院采取財產保全措施時，保全的範圍應當限於當事人爭執的財產，或者被告的財產，對案外人的財產不得采取財產保全措施。
對案外人善意取得的與案件有關的財產，壹般也不得采取保全措施。所以，財產保全的範圍，不能超過申請人請求的範圍，或者不能超過爭議財產的價額。
采取保全措施，只能在當事人或者利害關系人的請求範圍內，才能達到財產保全的目的，使申請人的權益得到實現，也避免給被申請人造成不應有的損失。
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