中國少數民族文物保護協會設有秘書處，負責日常工作，下設辦公室、財務部和會員部。還有多個專業委員會、文物保護基金、研究部門、人才培訓交流中心、信息中心，負責各項業務工作。
中國少數民族文物保護協會的英文翻譯是China Association for Preservation，英文縮寫是Cape Mr..
工作委員會包括
國家文物鑒定專業委員會
文化藝術工作委員會
對外合作聯絡委員會
國家文化產業發展委員會(與中國少數民族文化藝術促進會壹起成立)。
電影電視專業工作委員會
民族住宅研究所
國家傳統技能研究所
巴人文化研究所
該協會對團體成員和個人成員開放。相關社會團體、企事業單位均可申請成為本協會會員。附屬於該協會的地方組織成員名單如下:
常務理事單位(法人會員單位)
中國少數民族文物保護協會理事
內蒙古博務館
寧夏博物館
甘肅省博物館
廣西民族博物館
西藏博物館
青海省博物館
中央民族大學博物館
中南民族大學民族學博物館
海南省民族博物館
甘肅臨夏回族自治州博物館
湖南湘西土家族苗族自治州博物館
吉林省延邊州博物館
內蒙古太和博物館
北京市原宣武區回民小學教育基地
河北省豐寧縣滿族自治縣滿族博物館
山東省煙臺博物館
山東省長島縣博物館
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