2011年7月，福州地鐵屏山站開工在即，福州市文物局得到地鐵公司正式回應，同意文物部門進行勘測。
2012年5月，省考古隊計劃啟動福州地鐵屏山站的考古發掘工作，施工圍擋範圍剛好處在福州古城保護的“三山兩塔”遺址的核心區內，地鐵施工開挖前，須先進行必要的考古發掘工作。
2012年12月，福州考古隊工作人員在地鐵1號線屏山站工地內發掘出大量古代建築遺物。
2013年8月，福州屏山地鐵站漢代遺址考古重啟，預計歷時三個月。按照地鐵公司安排，2013年春節後考古隊員就要進場施工。但事實上，由於地鐵工地需要進行防護墻施工，才能確保地下考古發掘的安全，因此2013年8月初，考古隊員才開始進場。 按上級安排，屏山地鐵站考古將在2013年11月30日截止。
在考古現場挖掘期間，遺址是否該為地鐵讓路引發網民關註。壹邊，搶救閩越古城遺跡的呼聲漸漲，另壹邊，針對福州市政府和地鐵公司的質疑聲音不斷出現在網絡上。
為解決好地鐵建設和文物保護之間的矛盾，福州市地鐵公司和市文物考古隊本著“既有利於文物保護，又有利於經濟建設”的方針，經過深入研究，參照國內外其他城市在建設地鐵過程中，采取了“統籌兼顧，交叉施工”的原則，地鐵建設隊伍在完成破除現狀路面和圍護結構後，立即主動退出場地，將場地交付考古隊，二者相互支持、密切配合，基本實現了加快地鐵建設和搞好文物保護的協調統壹。
屏山站遇到的情況屬於“路面下考古挖掘”，相關部門和文物保護專家經過深入研究，決定借鑒北京市在通州運河核心區開發和軌道交通建設中發現通州城墻及甕城遺址後的做法，對此次屏山站發掘涉及的區域全部掏空，進行遺址切割、三維數字掃描、動靜態影像紀錄等，並考慮在今後將考古成果進行保護展示。
2013年12月10日，福州市考古隊表示，挖掘工作進展順利，考古隊和地鐵施工方配合良好，力爭於今年年底前將遺址搬遷完畢。福州地鐵屏山站3500平方米的施工現場被分為28個探方，兩端的10個由地鐵施工方繼續施工，其余的18個用於考古挖掘工作。按原方案，遺址將切割搬離現場進行保存，待地鐵站建成後再遷回展示。考古工作於2014年1月24日結束，在歷時5個多月的考古中，***發掘出土文物標本2000多袋，發現文物遺跡241處，遺跡保護切割503塊。
2014年春節，福州市博物館推出《屏山地鐵站考古成果展》，展示2013年8月以來地鐵屏山站的考古成果。 隨後，地鐵屏山站進入車站主體施工。
2015年3月，地鐵屏山站東入口啟動了考古發掘。這壹次考古的地點在冶山路口南側空地上，1500平方米的面積分兩期進行，壹期從3月中旬啟動，5月初結束，地點在冶山路口的空地上；二期計劃8月啟動，地點在冶山路與鼓屏路交叉口周圍的人行道。本次考古雖不影響地鐵主幹線的施工，但只有考古挖掘後才能進行屏山地鐵站東入口的施工，市民希望考古發掘適當提速，不耽擱地鐵1號線通車 。
地鐵屏山站東入口壹期考古結束後，考古工地將交給地鐵公司。二期爭取8月開工，對此次圍擋外的鼓屏路冶山路口人行道和圍擋內的人行通道***800平方米區域進行考古發掘，工期2個月左右。地鐵屏山站東入口考古結束後，地鐵屏山站的考古即全部結束。 東街口人行天橋不僅是福州市的第壹座過街天橋，也是福建省第壹座城市天橋。對久居福州的人來說，東街口天橋承載著許多福州人的回憶和故事。
2011年1月，地鐵東街口站計劃開始測量圈劃施工區域，之後進行綠化移植和管線遷改，兩條便道力爭春節前完工，東街口天橋計劃春節後拆除，東街口舊百貨大樓和光榮劇場等沿街10多間店面將同步拆遷。預計2011年3月，東街口地鐵站將正式進入主體結構施工。
2011年2月17日，工人天橋對八個樓梯口旁的八盞路燈進行切割拆除。此後三天，工人將逐壹對天橋上的排水管、標誌牌、信號燈以及橋下的壹個公安治安崗亭進行拆除，並同時進行管線拆遷。
為了紀念“服役”25年的東街口天橋“隱退”，福州市郵政部門於20日當天發行壹枚紀念封，並在東街口郵政大樓內舉辦免費加蓋紀念郵戳活動。
2011年2月20日晚10點45分，壹個很普通的時間，但是對於東街口天橋來說，卻是壹個特殊的時刻……隨著壹陣機器轟鳴，這座服役了25年的天橋完成了它的使命，正式開始拆除。當晚起，施工單位將開始拆除天橋4座引橋，初步計劃先拆聚春園大酒店壹側的引橋。引橋拆完後，主橋將用4個晚上，按照東、西、北、南的順序拆除。
20日晚，施工單位先行拆除天橋與東百C樓2樓兩個出口相連的兩座懸橋。施工時，天橋西南側通道暫時封閉，其他3個方向照常通行。兩座懸橋分別切割後，用吊車移走。
22:02，圍欄封閉天橋上通向東百大樓的北側入口。
22:05，封閉東百二樓的天橋入口。
22:10，清理施工現場，勸導天橋上的市民離開。
22:12，封鎖東百大樓壹樓上天橋的入口。
22:36，東百大樓和郵政大樓間的主橋用圍欄阻隔，吊車開至橋下，東百壹樓人行道周圍護欄拆除，放置施工圍欄。
22:45，施工人員開始撬起東百二樓懸橋的地磚，隨後進行切割，東街口天橋拆除正式啟動。
為便於市民通行，計劃在東街口天橋往西七八十米、暢安大廈附近，以及在天橋往東七八十米、新華都商場附近各建壹座鋼架結構的人行過街天橋。
此外，讓位於地鐵壹號線的屏山站，位於鼓屏路和冶山路交界處的錢塘人行天橋也計劃拆除。 2009年8月，福州市地鐵辦向福州市第十三屆人大常委會第二十二次會議報告了福州市地鐵項目有關情況，地鐵1號線力爭部分節點2009年底前先行開工建設，2010年7月全線開工建設，2012年12月全線結構基本貫通，2013年1月全線供電開通，2013年7月全線軌道基本貫通，2014年6月開始系統調試，2014年12月試通車。
2010年7月，受各方面原因影響，福州地鐵1號線工程進展目前已經明顯滯後，有關單位擬將開通試運營日期延長至2015年6月底。
2012年3月，福州地鐵1號線壹期工程計劃於2013年底全面完成土建施工，提出力爭地鐵1號線壹期工程於2015年第八屆全國城運會（後改為首屆全國青年運動會）舉辦前通車運行。
2012年10月，受征地和房屋征收延誤影響，為確保地鐵1號線在2015年城運會召開前通車，福州地鐵提出全線隧道貫通時間最遲為2014年上半年。
2013年9月，火車站、屏山站、清涼山站等場站受拆遷、考古影響進度滯後，預計2014年9月30日實現“洞通”，12月31日“第壹列車到貨”，2015年12月31日開通試運行。
2014年4月，福州地鐵公司通報地鐵建設進展，到2014年底，福州地鐵1號線除個別地方外，地下隧道將基本貫通。
2014年7月，受施工進度影響，福州市地鐵公司初步擬出1號線南北段試運行方案，南段（三叉街站至火車南站）計劃2015年底試運行，北段（三叉街站至象峰站）2016年10月試運行。
2015年2月10日，福州市地鐵本年度首場新聞發布會上提出，2015年1號線建設計劃是：全線各站點主體結構封頂，區間隧道全部貫通，附屬結構(除個別站點外)基本完成；南段 (三叉街站至福州火車南站站)達到通車條件；北段車站(除個別站點外)完成主體結構、附屬結構及區間隧道。
2015年5月，北段開始正式鋪軌，按計劃，1號線北段在2016年底通車試運行 。
市地鐵公司總結稱，地鐵1號線建設有“四難”：壹是征地和房屋征收難；二是圍擋施工交通導改難；三是管線遷改難；四是福州地質條件差、施工難度大。
征遷問題
地鐵1號線壹期工程***21個站，除茶亭站先期完成土建工程外，其余20個站均需征地拆遷。地鐵1號線總征地面積787.94畝。地鐵1號線涉及總拆遷面積約44萬平方米，由市地鐵公司全權委托四城區實施的拆遷面積約為37.3萬平方米。 截至2012年6月，除臚雷站拆遷尚未啟動外，其他24個站點（包括南門主變電所、黃山主變電站和清涼山停車場）均已進場動遷。全線涉遷總戶數為1971戶，已搬遷封房1612戶，已簽訂補償協議1528戶，約占涉遷總戶數80%；其中14個站點已完成拆遷交地，10個站點完成量65%~95%不等。
地鐵新店車輛基地2011年5月取得拆遷公告並發布，在不到壹年時間內，剩余未搬遷36戶，建築面積約1.9萬平方米，其中29戶為2004年後甚至2006年後建造的無產權違法房屋。被拆遷戶提出拆壹賠壹、違建部分也要補償安置等超出補償安置方案規定的過高要求，且幾經協商均無法達成協議。地鐵達道站及軌道交通指揮中心項目2011年10月17日取得拆遷公告並發布，截至2012年5月31日，尚未搬遷的27戶，報送至市房管局征收辦申請行政裁決。地鐵屏山站涉遷的某單位職工宿舍尚余10戶未簽協議，已嚴重影響工程進度。其中3戶完成了裁決程序，剩余7戶正繼續裁決程序，等待福州市房管局征收辦盡快作出補償決定並啟動立案及後續程序。地鐵臚雷站因受火車南站及周邊項目拆遷交地遺留問題，站點所處的臚雷新城規劃變更、調整的影響，拆遷交地工作進展緩慢，甚至壹度處於停滯狀態。
2012年11月，臺江區政府組織保護性拆除行動，依法強拆已簽拆遷協議但未搬離的涉遷戶及其毗鄰周邊房屋***4幢，約300平方米。晉安區政府組織人員依法對新店車輛基地6戶未簽未搬的2004年後違法建設房屋及4戶已搬未拆戶房屋進行強拆，拆除房屋10棟、面積約6000平方米。倉山區政府組織保護性拆除，依法對三叉街站2戶已簽訂拆遷協議但尚未搬離的涉遷戶及其毗鄰周邊房屋進行強拆，面積約2000平方米；12月，倉山區政府對清涼山停車場進行保護性拆除，拆除面積約4000平方米。
據了解，征地和房屋征收難題大致分為三類：壹是涉遷戶為2004年~2006年間的違章建築卻要求按照正常房屋賠償，如新店車輛基地；二是涉遷戶提出過高的賠償要求，大大超出法律法規政策；三是涉遷戶確實存在家中老人年事已高等困難，地鐵公司和鼓樓區政府正在周邊尋找過渡房供老人安置。
地質條件
福州地鐵規劃場區地形地貌變化大，地質環境條件復雜，地鐵規劃建設過程中遇到的主要地質環境問題主要有：（1）區內沿江、沿海壹帶的含水層富水性大、透水性強，水頭壓力大，隧道開挖和基坑開挖過程中易產生突湧問題。（2）福州地鐵個別路線局部段需穿越福州地熱田第四系孔隙熱儲含水層，該層地下熱水對地鐵施工建設可能產生壹定影響。（3）區內厚層軟土易產生較大差異沈降，導致地基失穩與土體結構破壞、強度降低，從而引起漏水、滲水事故。（4）區內花崗巖殘積土分布廣泛，易造成湧土、湧水現象；常有孤石等球狀風化殘核的存在，較大孤石對地鐵施工易造成較大困難。（5）區內地層多變，地層軟硬突變問題頻現。
地鐵1號線沿線地層種類繁多，且各地層分布極其不均勻、分界面起伏較大，為國內其他城市所罕見2010年9月，省發改委組織福州地鐵1號線初步設計評審會，當時全國50多位專家參與評審，其中還有兩院院士。在察看1號線地質勘察報告後，有許多專家指出，福州地鐵1號線是目前國內已建和在建地質條件最復雜、施工難度最大的城市地鐵線路之壹。
據勘察，盾構的象峰站—秀山站—羅漢山站、樹兜站—屏山站、達道路站—上藤路站—三叉街站、三角埕站—火車南站等區間均有孤石出現。孤石大小不均勻，稍有不慎就會導致盾構機刀盤損壞、偏離軸線，甚至是長時間停機事故。而花崗巖球狀風化的難破碎、易滾動的特點將導致刀具刀盤損壞，盾構機姿態難控制、掘進速度減緩，殘積層擾動沈降加大，也可能帶來塌方事故；花崗巖殘積土，全風化巖遇水極易崩解、泥化帶來換刀風險 。
2014年7月，鼓屏路地下的地鐵隧道開挖途中，就遇到兩個又大又硬的孤石，讓盾構機無計可施。經“會診”，施工人員決定實施爆破。最終，爆破順利完成，為盾構機掘進掃清了障礙。 福州地鐵1號線樹兜站至屏山站隧道區間，遇到的難題除了孤石，還有硬巖。樹屏區間單線有1100多米，硬巖區就有近400米。尤其在進入硬巖和脫離硬巖時，盾構機姿態較難控制，滾刀會被卡住或刀盤方向偏移導致蛇形推進，這就要停下來檢查刀具，調整參數。為此，施工單位將在廣州的維修工廠直接請到施工現場，保障換下的滾刀馬上修、循環用。這在全國的地鐵施工中絕無僅有。
在1號線過閩江段，也同樣遇到了地質復雜帶來的施工問題。1號線過江段需要經過三種土層，分別為：約30米長的全斷面硬巖、軟硬交界面(上軟下硬)以及長約370米左右的江底砂層。土層類型復雜多樣，且變化突然，給施工造成極為不利的影響 。過江段原預計於2015年底雙向貫通，目前根據實際情況，過江段下行線盾構於2015年7月底中洲島下行線範圍加固結束，隨後正式過江推進，掘進到中洲島加固區後開倉換刀，然後繼續往江北岸推進，計劃於2016年5月份到達達道站；2015年9月底中洲島上行線範圍加固施工後，上行線盾構即正式過江推進，同樣在中洲島換刀後繼續推進，計劃於2016年7月份到達達道站 。
管線遷改
1號線管線遷改涉及20多個單位，審批環節太多，諸多單位都要進行立項、設計、施工隊伍和主材料招投標等相關手續，每個環節都有時間要求才能進場施工，所需時間累積在壹起，就造成了管線遷改進度緩慢。比如樹兜站2回路6條11萬伏高壓電路需要遷改，如果同步遷改，將造成華林路、五四北路等周邊大面積停電，因此電力部門只能穩步推進電線遷改 。樹屏、屏東區間，前期受樹兜站多條“11萬伏”電力遷改困難。
此外，屏山站車站主體施工中，又發現西漢閩越國國都冶城遺址，進行了兩期考古，車站工期再次拖延，總工期順延累計壹年多。 計劃地鐵1號線壹期南北分段同車，有以下幾點理由與考慮：壹是國內許多城市有類似做法，如青島地鐵2009年開工的3號線，因老城區拆遷困難影響整體開通，目前計劃先行開通北段；天津地鐵2號線由於線路中斷不具備開通條件，分東西兩段試運營；上海地鐵12號線、北京地鐵16號線等也有采取分段開通的情況；二是盡早發揮1號線的投資效益；三是培養鍛煉新的運營隊伍；四是預留出設備調試、磨合時間，以確保試運營安全。
北段（三叉街站-象峰站）前期受拆遷影響進場較晚，後又受屏山站西漢閩越國國都冶城遺址的二期考古、樹兜站2回路6條11萬伏高壓電路遷改及6次交通導改、火車站地下店鋪還建談判難等因素影響較大，致使這3個車站工期嚴重滯後壹年多。影響北段開通的主要原因還有交通導改、管線遷改、渣土運輸、工程地質復雜及自身管理經驗不足等綜合因素。