李煜遷居金陵，先住金陵門附近，後建芥子園。關於芥菜園的位置，有人懷疑是南京三條營蔣壽山(人稱蔣百萬)的家，也有人認為是龍泉巷10號的老房子。根據李煜的詩，芥菜園毗鄰周處讀書臺，現在秦淮區虎頭附近。李煜《芥園雜記》有個小序:“孫廚館為百門古跡，家太白，月在此處，位於周都讀書臺舊址，毗鄰殘存居所。”李煜在《致紀伯子》詩前的序中又加了壹句:“伯子故居去芥菜園，盡在孝前。”
芥菜園建於康熙七年五申七夕節之前。為了建芥菜種子園，李玉四處集資。《與公書》說:“漁常年窮，只遊西秦，不盡如人意……”西秦之行沒有白費，李煜終於集資建園——“三窟不足營，只築壹丘。”芥子園的名字由此而來。李煜說:“土地只有壹座小山，所以取名‘芥子’，很小。來往於眾，見其微丘，取‘芥子須彌’之意。”
芥菜園雖不到三畝，卻通過李漁的苦心經營，達到了“天地在壹個鍋裏”的意境。李漁壹生沒有做過官，也沒有固定的職業和收入。他的生活來源主要靠別人的饋贈和宴請，以及為別人寫詩的報酬。但是有了芥子園，就不壹樣了。在芥子園，李漁組織了家庭劇團到處演出，並開了壹家書店，印刷和出售書籍。芥子園的生活是李漁壹生中最愉快的壹天。李漁在《芥園》中完成了《默劇》、《壹家之言》、《隨緣》等作品，度過了人生中最輝煌的時期。
李漁經營的芥子園書店，不僅刻有《水滸傳》、《三國演義》、《西遊記》、《金瓶梅》等暢銷名著，還在自己的書店裏印刷自己的全部作品，在當時算是壟斷了市場。他改革印刷技術，註重裝幀設計，最終在與偽書、劣書的競爭中脫穎而出，形成了良幣驅逐劣幣的趨勢。
後來“芥園”的書店屢易其主，但李漁奠定的良好傳統壹直保持，使芥園成為清朝出版業的著名品牌，延續了200多年。現在很多藏書家都以《芥子園》印的書為榮。
芥子園的生活，是李玉經濟狀況最好的階段。然而，也許是因為負擔重，支出高，或者是因為書店經營不善，芥菜果園最終因入不敷出而衰落。康熙十六年丁四(1677)春，67歲的李煜遷回杭州。