苗醫認為，他們的祖先是奧巴嘎(意為公藥之王或藥王的祖父)，能在山谷間飛行，嘗草藥，類似於“神農嘗草藥作藥”，也與《山海經》記載的“十巫”相合。西漢劉向說“古醫稱苗父”，“作醫”是指以行醫為主要職業的人。“苗父”是指醫學學術水平較高的老苗人，如“龔”、“爺爺”、“吳鵬”、“十巫”等。而“苗父”也絕不是單個人，而是很多老苗醫的統稱。
蚩尤為九黎部落首領時，以農業為主的社會經濟初具規模。尤其是從山東到河南壹帶，更是呈現出壹派古城風貌的繁華景象。因此，黃河上遊陜甘黃土高原的顏地部落和黃帝部落東移，導致九黎部落與炎黃部落多次曠日持久的戰爭。在這些戰爭中，早期苗醫藥不僅起到了壹定的治療作用，而且發展很快。《說文》說，“吳彭初在古代當了醫生”。《山海經·野西經》說:“在野外...還有靈山。吳顯、吳懿、吳磐、吳鵬、古武、吳鎮、李悟、吳笛、吳邪、吳洛、十吳，自此興衰，諸藥皆在此。”《山海經·海外西經》雲:“吳仙國在醜女之北，右手青蛇，左手紅蛇。在鄧寶山，女巫無處不在。”《山海經·海內西經》也說:“明凱東有吳鵬、吳地、吳洋、陸吾、吳梵、吳襄、賈XX (qǐ yǔ)之屍，皆是拒之不死之藥。”《山海經·土贊》雲:“群中十巫，皆以巫、鹽為治，搜經之術，XX之術，面面俱到，采藥於靈山，隨時可登峰”。《世本》雲:“吳鵬為大夫”；《魯春秋·別弓》也說:“吳鵬是大夫”；《說文》說:“古人，吾先成巫”；西漢時，劉向對說:“我聽說古代的醫生叫苗的父親。苗的父親也是醫生，以營為座，以草為狗，望北而立十字。來幫忙的，來擡舉的，淡定如初”；列子曰:“黃帝在時，有巫，同出壹處，且在鄭，故令為鹹”；《太平玉蘭》卷七十九引《歸藏》雲:“黃神與炎神爭涿鹿之野，必戰，被吳顯所滅。吾賢曰:‘若有所果，必有所咎’。”從這些歷史文獻來看，壹方面足以說明吳鵬、吳賢等苗父是九裏部落苗藥的祖先；另壹方面也反映了他們敢於與青蛇、紅蛇等天敵搏鬥，在險要的崇山峻嶺間升降采藥，精心救治各種輕重病人的動人場景；也反映出他們的醫療質量已經達到了壹種奇妙的程度，可以讓重癥和輕癥患者“平靜如初”。這和苗族民間傳說“哦巴巴嘎多年飛越壞山陡水，嘗遍千蟲百草，精心研制藥物，醫好十萬八千病苦星”(苗族孫玉)基本相同。
“三苗”時期，苗醫藥呈現出創新的勢頭。據《湘西苗族史研討會文集》、《湖南城步苗族探源》記載，阿普富通、歡度是最早開發朱砂染衣、入藥的創新人物。
戰國時期，苗藥在楚國發展到壹定的高度。根據屈原在苗地、湘黔、中國的著述，不僅記載了神椒、女羅、三秀、於穎、石蘭、鹿、牛筋、瓊漿、蜂、蛾、白花蛇等150多種苗藥，根據事物產生“三生”和“陰陽三合”的原理，在《西通》中描述了由“參膠”、“木蘭”、“遂草”組成的治療心絞痛的方劑。此外，還記載了苗醫的掛藥療法、吞服天然藥汁、散粉、沐浴療法、精神治療等。他還指出，人體的益氣是抵禦瘟疫的能量。在大司命，據說“高飛而平，乘清氣而征服陰陽...憂民而無奈，願忘今昔，故人之命重，故無可奈何”，充分揭示了苗醫打破平衡的醫學思想和大無畏的非天命觀，為後來苗醫學的發展奠定了基礎。
清朝以後，苗醫學受到中國文化的影響，所以在理論或醫學技術上有了新的提高。如《苗族簡史》記載:“19世紀末，松濤堂苗醫龍能為孕婦施行剖腹產，經壹個月治療，孕婦痊愈”；雷公山的苗族醫生治療蛇傷可謂得心應手，能在短時間內治愈能致人於死地的癤、癰、疽、毒瘡。光緒《鳳凰堂錄》記載:“苗醫苗藥...或吞或敷，最有效”，“苗治麻風醫術高”。《雲南馬關縣誌》卷二《風俗》註:“苗人...有良藥，能接骨強筋，其效如神”。苗藥大師龍的師傅廖天登，清代湘西鳳凰道臺醫官。他最擅長用鹿和馬的脈搏來診斷疾病，並精通人體解剖學。
解放後，苗藥也得到了相應的發展，特別是1985中央發出搶救民族醫藥遺產的號召以來，各地對苗藥進行了認真的挖掘和整理，取得了可喜的成績。這也激勵了許多熱愛自己民族的仁人誌士。他們為這個國家的傑出成就感到驕傲。都是熱情的，緊密的，團結的，爭取早日把苗藥帶上壹個新的臺階。