壹種說法是菩提是如來的化身。但這種說法在很多人看來並不正確，因為菩提祖師給孫悟空講學的時候，壹會兒講道，壹會兒講禪，壹會兒講儒。如來作為佛，是不可能去研究道家的東西的，所以排除了這個說法。
另壹種說法是菩提的父親是壹位偉大的老紳士。但這種說法也遭到了質疑，因為菩提是西方佛教的名稱，而太上老君是道教人物。道教祖先使用佛教的名稱似乎不太可能。
還有壹種說法是菩提祖師是觀音幻術。但這種說法也是站不住腳的，因為菩提給孫悟空的課程裏有壹個活動門，是道教裏的房術。觀音作為佛家人物，是教不了這個內容的。
最後壹種說法是，菩提祖師是孫悟空的心之師。這種說法比較有創意，但只是猜測，沒有明確的證據支持。
總的來說，菩提祖師的真實身份是《西遊記》中的壹個謎題，沒有明確的答案。