藏傳佛教的不同派別有不同的傳承，他們修煉的瑜伽有相同的地方，但也有壹些不同:
雖然馬寧學派也有疏密、勝樂、變時的傳承，但馬寧學派更看重狂怒蓮花生大師和八大法門，尤其是普巴金剛和馬頭金剛。這所學校在許多方面與新學校不同。
薩迦派非常重視赫瓦吉拉的果實栽培法。據說薩迦派的赫瓦吉拉不同於其他教派，屬於非連續性。薩迦派也重視舊派傳下來的普巴金剛和馬頭金剛。
噶舉派也說五大金剛，但不包括時輪金剛(不是沒有，是沒有)，換成了“摩耶”。噶舉派有很多派別，每個派別的做法略有不同。其中，影響較大的噶瑪噶舉派更關註樂聖金剛、金剛亥姆、紅觀音。
覺能派重視鉆石輪。
格魯派認為勝利金剛和赫瓦吉拉是不同的神，所以沒有列出赫瓦吉拉，而是把金剛和金剛帕尼合二為壹。這壹派最看重的無上部的神祗是大維德金剛和勝利金剛，尤其是密密金剛。
即使是同壹個神，各派之間也有差異。