抗戰爆發以後，裴石民回到宜興蜀山。其時，丁蜀窯場壹片蕭條，裴石民的好友儲南強避居深山，潘稚亮避居和橋化城寺，堅持民族氣節不與敵偽接觸。裴石民原先亦想避居山間，但迫於生活，於1940年在蜀山大橋（橋堍旁）租房開店，取名“石民陶器店”，自做自賣。名謂“自做自賣”，其實裴石民只求幾個度日糊口錢，只要有口飯吃，他的店門就整天關著。
裴石民養成深居簡出的習慣，盡量少與他人接觸，特別是敵偽人員。他不忘紫砂陶藝，在家中養了許多小動物，有貓、鳥、狗、金魚、松鼠等等，並捉來許多昆蟲，如晴蜓、地蹩蟲、蟋蟀、昨蜢、知了等等，每日寫生悟性，把物性的可愛之情，移至紫砂藝術上來。
1942年以後，滬上的壹些古董商紛紛復業，趕來宜興邀請裴石民至滬仿古。裴石民總要先問古董商，仿古紫砂賣於誰人？壹些古董商不明其意，答謂日人訂貨。裴石民壹聽是日人要貨，堅辭不去，並勸告古董商要以民族大義為重，不可隨意出賣藝品珍品，不要給日人仿古。壹次，有個老客商出重價要裴石民至滬替他制仿古壺，並騙他說絕對不賣給日人。裴石民跟其客商趕到上海，準備仿古。不料壹日與客商家傭人閑聊，聊出還是日人訂貨，裴石民壹臉怒色，二話不說，連夜告辭。此後，他在抗戰期間沒有去過壹次上海，也沒有作過壹次仿古壺，凡壺上落款，均是石民自己的印款。
1943年，在抗戰艱難歲月中，裴石民深居簡出，閉門鉆研，創制出《松段壺》、《南瓜壺》、《荷葉壺》等作品。其《南瓜壺》以南瓜為壺身造型，枝蔓順延為流，卷葉團裹，枝藤扭曲為把，瓜蒂為鈕，壺身瓜瓤勻稱分割，葉藤布局瀟灑，神韻自然。壺身為素飾，流把鈕、枝藤均采用墨綠泥點綴鑲嵌，為紫砂花貨類傳統經典作品之壹。裴石民手制《南瓜壺》僅數把，其中有壹把留作已用，每日品茗撫摸，數月間光彩照人，令人羨慕。時蜀山偽和平軍團長史耀民亦聞說此事，幾次上門要討《南瓜壺》，裴石民堅辭不答應。史耀民奈於裴石民聲望，取不到《南瓜壺》亦拿裴石民沒法想。另壹名作《荷葉壺》均采用段泥素飾，以綻開的荷花為體，鮮藕為流，蓮枝為把，蓮蓬作蓋，顆顆蓮心均能轉動，潺潺作響。《荷葉壺》亦只創制數把，時人贊譽為“神品”。
1944年以後，裴石民以陶土塑形仿真，制作出《田螺水盂》系列，《九條藝蠶桑葉盤》，《螃蟹荷葉盤》、《十件果品》系列等仿真像生類紫砂文房古玩作品，或自創自樂，或探索追求，或求新求變，以高標準，嚴要求，只求精妙，精而少，少而妙，技藝和心境均達到至高境界。此間，裴石民創作盆景陶藝也十分突出，有其自己持有的銅器敦厚穩重的特點，講究形體和裝飾的協調，泥色表達韻味的肌理美，樸素典雅，件件作品可以說是名品精品。
在整個戰亂期間，裴石民時斷時續，堅持陶藝創作，堅持氣節，且深 導簡出，不與敵偽接觸，寧願掙個糊口錢，也不願去滬仿古掙大錢，品德清高，藝德可佳，並堅持始終，可說是難能可貴的。