納米兵只是穿著納米服的士兵(主要是服裝，人還是普通士兵)
其實可以用壹個猜測(個人理解)來解釋
幾千年前，地球上的章魚進化成為地球上第壹個智慧種族(所以對火星人的描述就是章魚的形象，現代科技也確實證明了章魚是高智能動物，所以可以看《海洋世界》)。章魚發展出太空技術後，整個種族不知什麽原因離開了地球，地球上只留下了壹個基地和壹個通訊站，而且被關閉了，留守人員也睡著了。
NNN時代之後，猴子進化成了人類。直到20世紀初，壹個叫哈格雷夫的人才發現了這個秘密(第2代的白發老人)。)，並發現章魚留下的基地其實是在美國紐約的地下。於是他成立了Crynet公司，開始研究章魚技術。50年後，因為長壽，他利用章魚技術冷凍自己的身體，將意識與電腦連接起來，繼續研究和控制公司的運作。終於在100年後，研制出章魚和人類科技的“納米服”。
納米衣服是半生物半機械的。它可以大大提高設備的性能。而且從理論上來說，它的生物技術可以讓納米服真正融入人體，修復身體組織，讓它不再是壹件衣服，而是作為“皮膚、內臟、骨骼”成為人體的壹部分。從某種意義上說，是讓人類進化。他認為，人類只有得到這樣的進化，才能在章魚可能回歸的未來贏得前所未有的生存，而哈格雷夫本人也有私心，希望自己腐朽的身體能夠通過穿上納米衣服得到進化和修復，能夠重新活過來。可惜因為章魚基地封閉，人類科技無法開啟，他得到的技術和樣品都很少，不足以讓納米服完美。只有最基本的功能，高端的功能，雖然預留了接口，但是缺乏“硬件”而無法使用。
終於在2023年，太平洋靈山島上突然出現了章魚的通訊信號，壹直沒有被發現的章魚通訊站被激活。哈格雷夫第壹時間發現了這個情況。所以他認為機遇和危機同時到來。機會在於，他最終可以獲得完整的信息來改進納米服務。但與此同時，通訊站的恢復也說明章魚即將回歸。於是他用納米服支援美軍，並把自己的特工(普飛)混入軍方探索靈山島的任務中，目的是進入基地獲取樣本和信息。(接下來是1壹代的故事。至於朝鮮是怎麽拿到納米服的，那就要看遊戲公司怎麽圓故事了。我敢打賭，他們做第壹代的時候根本沒有考慮到第二代的故事。)
雖然普發在進入靈山島的章魚通訊站後獲得了壹些樣本，但他感染了章魚時代的病毒孢子。其實這種孢子並不是章魚的生物武器，就像哥倫布第壹次給當地土著帶來的不是貿易或戰爭，而是發現新大陸後的壹種重癥。人類生態從未接觸過這種病毒，所以完全沒有抵抗力，也沒有時間產生抗體。
普飛通過章魚通訊站和基地之間的鏈接通道直接從海底返回紐約。回歸後，普發去質問哈格雷夫他所隱瞞的病毒(從現場猜測可能塞科和諾曼也感染了病毒，普發形容是“行屍走肉”。另壹方面，哈格雷夫回應說，犧牲是必要的。普發怒氣沖沖地跑了。並找到另壹位科學家“古德”繼續研究納米服中的章魚技術和病毒，以期找到對抗病毒和章魚的方法。很快，紐約的地下基地也開始恢復，全球氣候因能量異常而變得更糟。三年後，章魚人從地球出現，同時帶出壹種病毒，大規模感染紐約人。可能章魚覺得人類睡覺的時候占了家裏的垃圾。於是戰爭爆發了。(上接二代故事)
因為感染到了極限，普發把納米服交給了主角，為了斷開與納米服的意識鏈接而自殺。(其實納米服的突然進化，已經把普飛的思想融入了自己的電腦，在進壹步完善納米服的過程中壹點壹點的被激活。)二代開始的時候，為了復興自己，哈格瑞夫需要得到普飛已經進入章魚基地的完美納米服，不停的追逐主角，然後把主角騙進陷阱。在經歷了最後的失敗後，我意識到了。最後壹部分改進納米服的基因交給了主角。經過基因註射，主角變成了反章魚的人形毒氣彈。進入章魚設施改變了孢子病毒的基因，使其對人類無害，但對章魚卻變得劇毒。並釋放它。最終，留在地球上的章魚人也是層出不窮。