《太上三元流珠經》雲：“受之用白真珠，圓正明朗，大如桐子者三百六十五枚，應星宿之度，日月所會之期。”又，《太玄金鎖流珠引》雲“：晝夜鬥轉，周天無窮，如水流之不絕，星圓如珠，故曰流珠也。”
由於道教固有的“天人相應”思想，流珠在人的身體當中也另有所指，如《上清黃庭內景經》雲：“若得三宮存玄丹，太壹流珠安昆侖，重重樓閣十二環，自高自下皆真人。”由此可知，道教的念珠在早期，尤其在上清宗的修持中，主要是內煉和充當法信之用。
道教的念珠在珠子的個數上亦有其獨特的宗教意義，比如上面提到的《三元流珠經》中，以三百六十五顆珠子代表星宿運轉的度數。再以常見的壹百零八顆念珠為例：壹百零八代表周天星鬥運轉之數，也是天罡地煞的總和。頭珠則代表北極，《北鬥經》雲：“北辰垂象，而眾星拱之。”所以在撥轉念珠的時候，頭珠是不可以越過去的，以北辰不動故也。所以在轉到頭珠的時候，應當掉轉過來往回繼續撥，此乃周天循環之意也。頭珠之上有壹個葫蘆狀珠，上有三階，代表三臺。《玉樞經》中所謂：“北辰之上，上有三臺……疊為三級，以覆鬥魁”是也，三臺下有壹個中國結，結下綴六顆小珠，代表南鬥六星，加上頭珠，則為北鬥七星。（有的珠子結下綴八顆珠，加頭珠則為九星）所以壹串念珠，涵蓋了道教的宇宙觀和諸多天文概念，足見道教義理之精微。此外，道教念珠還有十二顆、二十四顆、二十八顆、三十二顆、三十六顆、八十壹顆等等的區別。十二顆代表十二雷門，二十四顆代表二十四氣，二十八顆代表二十八星宿，三十二顆代表三十二天度人上帝，三十六顆代表天罡生煞之數，八十壹顆代表老君八十壹化，也代表九九純陽之氣。