歷史和聲譽
重慶藥學院，原名重慶藥校，已有五六十年歷史，在川渝地區享有盛譽。三峽醫學院起源於萬縣衛生學校，在萬州享有壹定的聲譽。
地理位置
重慶醫學院在沙坪壩大學城，三峽醫學院在萬州區，各有特色。
教師和管理
兩個學校的老師水平差不多，重慶醫學院稍微好壹點。但在管理上，重慶醫學院嚴謹有序，三峽醫學院相對開放。校風方面，重慶醫學院更勝壹籌，不良事件很少。
硬件設施
新三峽醫學院的設施是壹流的，重慶醫學院搬到大學城後條件有了很大改善。論校舍規模，三峽醫學院更大氣。
就業方向
兩所學校都設在私立醫院和縣級以下事業單位醫院。重慶醫學院側重於主城區外圍，三峽醫學院更傾向於萬州黔江地區。
實習機會
重慶醫學院的實習基地多為主城頂級醫院，如重慶1-9人民醫院。三峽醫學院集中在萬州、潛江的市屬醫院和部分民營醫院。