(壹)生產型增值稅不利於高新技術企業采用，不利於提高產品在國際市場上的競爭力。
我國目前實行生產型增值稅，購進固定資產的進項稅(包括支付的運輸費用)不予抵扣，使這部分稅收資本化為固定資產的壹部分，分階段轉入產品的價值，成為產品價格的組成部分。當這種產品以含稅價格銷售到後期生產經營環節時，不僅增加了企業負擔，還通過成本進入價格，最終轉嫁到消費者身上。
1.新技術企業壹般具有高投入、高風險、高附加值的特點，固定資產和無形資產投資比例顯著。由於外購固定資產的進項稅不能抵扣，可抵扣的直接材料成本比例較小且呈下降趨勢，導致投資越多稅負越高的弊端。
2.由於外購固定資產的進項稅不能抵扣，從事能源、交通、電站、碼頭等基礎設施項目的工業固定資產投資額大，但可抵扣的進項稅少，稅負重。而固定資產投資較少的加工零售業，購買原材料進項稅額抵扣，稅負較輕，不符合我國優先發展基礎產業的政策，也不利於產業結構的調整和優化。
3.由於購買的固定資產進項稅不能抵扣，我國出口產品生產成本增加，價格競爭力減弱，不利於產品出口和對外貿易的發展。
(二)消費稅征收項目少，稅率不合理。
1.我國目前只對煙、酒、化妝品等11稅目征收消費稅。雖然在調整消費結構、引導消費方向、增加財政收入等方面發揮了積極作用，但消費稅稅目較少，部分高檔消費品和消費行為未被征稅。比如對舞廳、桑拿、保齡球館、高爾夫球場等高檔娛樂場所只征收營業稅，不納入消費稅範圍。
2.對壹些消耗不可再生能源、對生態環境造成危害的消費品征稅，如壹次性木筷子、含磷洗衣粉、塑料制品等，抑制消費行為。
3.隨著人民生活水平的提高，壹些應稅消費品變成了生活必需品，比如壹些化妝品、護膚品，化妝品的消費稅稅率高達30%，企業的稅負最終轉嫁到消費者身上。
4.對輪胎征稅後再對汽車征稅，有重復征稅之嫌。
(三)對交通運輸業征收營業稅破壞了增值稅的“鏈條”功能。
交通運輸業提供應稅服務，征收營業稅。交通運輸業使用普通發票，由地稅部門管理和征稅，貨運發票由國稅部門作為增值稅進項稅抵扣憑證抵扣。而且與增值稅發票不同，貨運發票管理不嚴格、監管不到位、處罰不有力，不僅影響稅源管理，還破壞了增值稅調節生產和流通的“鏈條”功能。
二，完善流轉稅制度的幾點建議
從生產到消費的增值稅。
鑒於生產型增值稅實施過程中暴露出的突出問題，增值稅由生產型向消費型轉變是流轉稅改革的必然趨勢。
1.增值稅由生產型改為消費型，購買的固定資產可以抵扣進項稅。鼓勵企業采用高新技術，更新設備，擴大投資，有利於原材料、能源、交通等基礎產業的進壹步發展和科技水平的提高。
2.避免增值稅重復征稅。增值稅在商品生產和流通環節征收，消費型增值稅因進項稅全額抵扣。當企業生產的產品以免稅價格銷售給未來的生產經營環節時，通過交易鏈條保證了扣稅鏈條的連續性，從而解決了重復征稅的問題。
3.對出口產品實行消費型增值稅，抵扣購進固定資產的進項稅，實現出口產品零稅率，符合WT0規則。
但增值稅轉型需要壹個漸進的過程，需要考慮國家財政的承受能力。為了盡量減少增值稅轉型帶來的負面效應，必須按照“鞏固稅基，擴大稅源”的原則，設計其他稅種配合，及時開征社會保障稅、燃油稅、遺產稅、環境保護稅、教育費附加稅等稅種，確保中央財政收入穩定增長。
(二)擴大增值稅征收範圍
增值稅是對在我國境內生產、銷售、進口貨物和提供加工、修理修配勞務的單位和個人征收的，在生產和流通領域發揮調節作用。而與生產流通過程密切相關的交通運輸業、建築業、房地產銷售業被排除在增值稅征收範圍之外，征收營業稅，人為破壞了增值稅的管理鏈條。而且交通運輸業可以使用普通發票抵扣增值稅進項稅額，給納稅人提供了偷稅漏稅的機會。建議交通運輸業、建築業、郵電通信業、金融業和銷售不動產與增值稅征收鏈條密切相關，應結合增值稅轉型實施。
(3)調整擴大消費稅征收範圍和稅目，實行差別稅率。
消費稅是中央財政收入的穩定來源。增值稅由生產型轉為消費型後，消費稅的征收範圍和稅目應適當擴大，以保證中央財政收入的穩定增長。消費稅征收範圍的確立，應以特定時期國家和社會的經濟發展水平及其綜合因素為基礎，既對特定消費品征稅，也對特定消費行為征稅。現在的消費稅項目少，很多征稅產品逐漸被淘汰，新興產品不斷出現。有必要適時調整消費稅的征收範圍和稅目。
1.對稅源廣、消費超前、價格高、征稅後不影響人民生活水平的高檔消費品，如易拉罐飲料、高檔皮草、皮革制品、高檔古玩等增加稅收。
2.對舞廳、娛樂、夜總會、保齡球、高爾夫球、桑拿、按摩室等高檔服務業征收消費稅。可以在壹定程度上增加財政收入，限制奢侈消費行為。
3.對大量浪費不可再生資源、汙染環境的產品征收消費稅，如含磷洗衣粉、帶電池的壹次性木筷、塑料制品、賀卡等。
4.合理稅負結構，適當提高或降低部分產品的消費稅稅率。煙酒是限制消費的產品，石油產品是不可再生的稀缺資源。世界上大多數國家采用高稅收來限制消費。建議適當提高煙、酒、汽油、柴油的消費稅，真正做到“禁征結合”。同時，對含鉛汽油和無鉛汽油實行不同的稅率，以鼓勵無鉛汽油的消費，減少空氣汙染，保護環境。
5.為擴大內需，促進消費，建議降低或取消汽車消費稅稅率，以擴大消費，並開征汽車購置稅，彌補汽車消費稅。同時，肥皂、護膚品等與老百姓生活密切相關的日常消費品不再納入消費稅征收範圍。