國家的重寶——明清大內檔案，在近代史上也曾出現了極為悲慘的壹幕。民國初年，軍機處方略館所有保存的明清檔案，由北洋政府統壹接管，移交存檔至中南海集靈囿。1926年的時候，歸故宮文獻館管理。
在此之前，明清的大內檔案，曾遇到兩次大的浩劫，差點被焚之壹炬。光緒24年，公元1898年典藏明清近600年檔案的軍機處大庫年久失修，原本國家要進行休憩，奈何發生了八國聯軍入侵事件，所以休憩之事作罷！宣統年間，公元1909年，典藏大庫的壹腳，出現了坍塌，維修迫在眉睫。於是，宣統皇帝的生父執政的醇親王載灃，命人分類將壹些年代較近的資料與聖訓搬遷到別處，剩下的大部分依舊堆放在大庫裏面，經受風吹日曬的浩劫。
有壹次，醇親王載灃，命人找尋多爾袞攝政典禮舊檔，軍機處找尋了幾次，居然沒有找到，這讓攝政王很是生氣。需要的找不到，不需要的堆滿了大庫，簡直就是壹大堆的垃圾。為了給後面的檔案留存地方，載灃居然想到了焚毀壹部分，留壹部分的昏招。於是乎，在他的安排下，眾多官吏本著撿寶貝的心態，在這600年的檔案裏面，翻來覆去，能偷走的拿走，不想拿的裝進麻袋！或偷偷賣掉。這樣的做法後來，被張之洞等大臣擋下，故宮的資料這才算是躲過了壹劫。
民國建立後，因為對文檔資料的重視不夠，以至於出現了將文檔資料作為廢紙變賣的現象。民國建立後，由教育部接管了明清舊宮檔案。1913年國家建立了歷史博物館，在原來國子監就地成立了籌備處，1916年籌備處又遷往了午門，遂將相關檔案，全部拉到午門和端門的門洞內保存、安放。這下，沒有保存好這批文武。
1917年時任教育總長的符增湘下令對相關的文檔，進行試閱與整理。在這個過程中，教育司將這批文書資料中的20麻袋，進行了逐壹查閱，得出的結論是，價值不大。教育司又將剩下的近9000麻袋文書檔案，扔回了門洞之內。教育總長符增湘，是壹個超大收藏家。這個過程中，他壹面悄悄借閱，壹面偷偷藏書。他將很多有價值的書籍、資料，借而不還，據為己有。
後來，隨著博物館工資的發不出去，很多人又想到了賣檔案換錢。很多文物被賣給了京城的古玩文具店，被第壹次與張之洞壹起救下這批檔案的前清學部參事羅振玉發現，他也僅僅買回了其中壹部分，羅振玉後又將40大箱賣給了日本人……解放後，國家積極收集相關資料，這批珍貴的明清檔案，被全部收回，分類整理。