公元前450年至公元前440年，古希臘歷史學家希羅多協遊歷了古埃及，對木乃伊的制作方法和傳統進行了認真考察，並記錄下了寶貴的歷史資料。
法老去世後，他的屍體被送到專門凈化屍體的地方——衣部，在這裏用蘇打水清洗之後，被交到祭司的手上進行屍體處理。祭司們先將松脂塗在法老的面部，防止面部的腐爛變形，然後用壹根管子從鼻孔穿到顱腔中，不停地攪拌把腦漿破壞掉，然後再用細長的管子抽取出來，古埃及人認為腦漿是沒有用的東西，因此並不保存，他們把香料和藥物填充到被抽空的顱腔中，壹方面保持腦袋的形狀，壹方面防止內部腐爛。
接下來是處理內臟的程序，內臟器官是人體最容易腐爛的地方，因此祭司們要將肝、腸、胃、肺等全部摘除。他們用壹把清洗過的刀子切開屍體的腹腔，小心翼翼地將肝、胃等器官切下來，放入食鹽中將水分吸幹，再塗上松脂和食油，然後分別裝入罐子中，這樣的罐子中，這樣的罐子叫作“篷罐”，裏面放有香料和藥物，可以進壹步防止器官腐爛，這些罐子被放在陵墓中距屍體不遠的地方。但到中王國時期，處理過器官不再裝入篷罐，而是用亞麻布包裹起來重新放入木乃伊的胸腔，據說這樣有利於法老的復活。
在處理內臟器官的過程中，最大的忌諱是弄破心臟，因為古埃及人認為心臟是人的‘智慧之源’，壹旦切除或者弄壞，法老們將不能復活，所以心臟壹直被保留在胸腔中。祭司們用堿粉和食鹽吸幹心臟的水分後，再用棕油清洗壹遍，然後把壹個甲蟲形狀的護身符放在心臟的位置，作用是保護心臟不受損害，整個過程務必要保持心臟的完好無損。《亡靈書》就曾記載，在處理法老內臟的時候有三班衛士輪流監視，如果祭司不小心弄壞了法老的心臟，他將被處以死刑。
內臟器官處理完畢後，祭司們用棕油將屍體的胸腔和腹腔清洗壹遍，然後放入成包的蘇打、泡堿粉、瀝青等填充物，把屍體放到鋪滿泡堿粉和食鹽的床上，對整個軀體進行脫水處理。40天後，取下屍體，把胸腔裏的脫水物質取出，再次放放桂皮、松香等防腐劑，以保持腹部不變形，然後用細小的針將胸腔縫合，並貼上壹塊畫有何露斯眼睛的皮。古埃及人認為何露斯的眼睛代表復活的力量，對法老的屍體具有神秘的保護作用。
至此，木乃伊的制作大體完成，法老的屍體被送到化妝師那裏進行化妝整形。化妝師用牛奶、葡萄酒、香料、蜂蠟、松脂和柏油等物質做成顏料，按照法老的面目輪廓，畫出清晰的線條，防止由於處理木乃伊導致的面貌模糊。化妝師還給木乃伊戴上假發，穿上漂亮的衣服，佩上珍貴的首飾。由於法老死後眼窩深陷，化妝師和祭司們往往給它們填充上石頭或亞麻。到拉美西斯三世時期，人們開始制作人造眼球，通過燒烤制作出栩栩如生的瓷眼球，放入法老的眼窩，這樣法老的面目就顯得非常生動和形象了。
最後，工匠們在屍體上塗上壹層松脂，把法老的雙手交叉在胸前，然後開始用亞麻布包裹。包裹過程被認為是與人間告別的開始，因此整個過程莊嚴而神秘。工匠們把用棕櫚油浸泡過的麻布壹條壹條地沿著幹屍的四肢和軀幹小心翼翼地包紮，不能留出壹絲空隙。當包裹到面部和以及部位時，旁邊的祭司會進行祈禱和念咒語，工匠們有時還要把壹塊護身符放在亞麻布之間，護身符壹般做成甲蟲形狀，或者刻有何露斯的眼睛等形狀。當屍體包裹完畢後，木乃伊制作便告完成，整個過程壹般要花費70多天的時間。
事實上，在不同的時期，木乃伊的制作方法和水平也有很大的不同。在古王國的早期，法老的內臟並沒有被切除，因此極易腐爛，到第四王朝時期開始了內臟處理程序；在中王國時期，人們更加註重對法老的化妝，他們要用黑顏料描繪出法老的眉毛、胡子以及五官輪廓等；在新王國時期則是要把腦髓全部去掉，有的木乃伊還要把腳趾甲全部去掉，然後用麻布把腳趾包起來。另外，在木乃伊制作過程中，從法老身上切下的碎片並不是隨意扔掉，而是把它們收集起來包裹好，隨著木乃伊壹起下葬，因為這些東西屬於法老的壹部分。
在古埃及，人們普遍相信人能夠在死後復活，因為北非只有法老才制作木乃伊，普通埃及人死後也要制作木乃伊，不過他們的制作過程要簡陋得多，他們往往在胸腔內填入雜草、木屑或蘆葦作為幹燥劑，然後放在沙漠地帶進行脫水處理，這樣制成的木乃伊效果較差，因此很少能夠長時間保存。
從現代科學來看，死後復活是荒誕不經的傳說，經過脫水處理的幹屍木乃伊要復活更是不可能的，但古埃及人在制作木乃伊的悠久歷史中逐漸掌握了高超的醫學和解剖技術，掌握了藥物合成和防腐技術。1862年美國考古學者愛德溫.史密斯在埃及盧克蘇爾發現了壹部紙草書稿，大約是公元前1600年的抄本，上面系統介紹了人體的構造，列舉了48種病例，對病癥作了詳細描述，並把它分為可治、難治、和不可治三個類別，後來這部書稿被稱為‘愛德溫.史密斯紙草‘，成為古埃及最重要的醫學文獻。可見，古埃及的醫學水平已經取得了非常高的成就。