唐貞觀十二年(公元638年)，馮盎又在蓮花寶地觀音寺西側建起了海南第壹座冼夫人廟。 唐大中三年(849年)。壹位少林寺高僧隨同被貶為崖州司戶的當朝宰相李德裕來瓊，船未靠岸便壹眼看中了蓮花寶地，立誌留下來擴建寺廟。唐大中五年(公元851年)，新擴建的觀音寺建成開光。
此前，蓮花寶地旁還建有壹座魯班廟，其規模較小。
宋徽宗宣和四年(1122年)，皇帝第壹次為福建莆田的首座媽祖廟賜名“順濟廟”，這期間，海南第壹座媽祖廟就建在觀音寺旁。
元朝末年，海甸蓮花寶地來了壹位雲遊到此的老和尚，住在被毀的觀音寺殘存的兩間破房裏。老和尚年逾古稀，須發皆白，但面色紅潤，慈善安詳。他每天都訪貧問苦，為老百姓看病
送藥。在海甸，被他治好的病人和救濟過的窮人數不勝數，老和尚的傳聞也不脛而走，成為遠近聞名、街談巷議的話題。尤其在貧苦大眾中，這位不知名姓的長老，成為壹位傳奇式的人物。據說，長老給人治病，來者不用開口，他就能把疾病的來龍去脈說得壹清二楚，他用藥也很簡單，壹般只用他自己采制的草藥，藥到病除，妙手回春，立竿見影，救人無數。廣大老百姓都把他當作觀音菩薩派她身邊的善財童子下凡來救苦救難，因此大家都尊稱他為仁心長老。仁心長老在為眾生做好事的同時，也不忘勸人敬佛。然而，要敬佛就得有寺廟，於是，海甸當地的人在長老領導下，開始為建寺募捐，日積月累，不到半年便攢夠了建寺的費用，於元末之際，請來了壹班能工巧匠，選定吉日良辰，在原觀音寺舊址上破土動工。正當工程進入高潮，又值大明取代元朝的動亂之秋，工程停頓。於明初洪武二年(1369)在明太祖皇帝的關照下，選派巧匠加緊修建(瓊州府誌巷三記錄)，仁心寺終於告竣。為了表達對明太祖的高功大德的敬意，經民眾公議認為觀音大士救苦救難的慈悲心就是仁心，又是仁心長老帶頭募捐建寺，便壹致同意將寺院命名為仁心寺。後人並將明太祖聖像供奉於仁心寺中。至此，仁心寺成為海南社會發展、經濟繁榮的吉兆。海口市也迅速發展為壹個港口型商業城市。據明萬歷《瓊州府誌》卷三記錄，海港“帆檣之眾，森如立竹”。明代，海南進入穩定發展時期，仁心寺成為海南的佛教勝地和地方繁榮的標誌。
明萬歷三十三年五月二十八亥時(據《瓊州府誌》)，即公元1605年7月13日深夜11時左右，瓊北發生7.5級大地震，震中在瓊山。這是中國歷史上唯壹導致大面積陸沈的地震，瓊山與文昌交界沿海地面陸沈面積達100平方公裏。瓊北壹帶天崩地陷，山搖海哮，樹倒房塌，人畜死傷。這時奇跡出現了。蓮花寶地在大風海浪中依舊安然無恙，仁心寺在風雨飄搖中昂然屹立，眾多百姓群集蓮花寶地避難，更為神奇的是，仁心寺的古井井水依然清甜如故，且取之不盡、飲之提神，在救災中起了巨大的作用。這壹次考驗，使仁心寺的名望傳遍海南，遠播東南亞，仁心寺進入香火鼎盛時期，壹直延續到明朝末年，長達兩百多年。直到明末農民起義推翻明王朝，加之沿海倭賊的劫掠，在動亂中仁心寺受到戰亂的破壞，暫時失去昔日的光輝。大清壹統後仁心寺再現生機。
在明末農民起義的混戰中奪取了中國政權的大清王朝，勵精圖治，革故鼎新。經過康、乾盛世，中國再度出現了江山壹統、興旺發達的太平盛世局面，全國各地寺廟如雨後春筍般建設起來，也迎來了仁心寺再度輝煌的時期。據史料記載：清雍正五年(1727年)和嘉慶十八年(1813年)，海口被定為廣東省四大船舶修造中心之壹。當時海甸河北岸船塢鱗次櫛比，壹片興旺。正是在這個背景下，仁心寺的重建又逢最佳歷史機遇。
清仁宗嘉慶元年(1796年)，安徽九華山有位叫慈公上人的法師雲遊天下，在佛祖誕辰前來到海南。他的渡船從海定到達海口，就在仁心寺對岸(現長堤路海關附近)登陸。他上岸後四顧形勢，見海甸河對岸林木蔥郁、鳥語花香，遠遠看去，宛然壹朵漂浮在海上的青蓮花。他對隨他同來的小和尚說，這是我有生以來見到過最好的風水寶地之壹。於是，二人過江登上海甸島仁心寺的所在地，但見林木參天中壹座殘破的小廟七零八落，不免嘆息壹番。向周圍居民打聽，人們爭向慈公上人訴說心中夙願，盼望有高僧大德來主持重建工作。壹致請求他留下來領導當地老百姓來完成這壹千秋萬代的功德。慈公上人欣然應允，便和小和尚留下來進行籌備工作。據說，慈公上人繼承了仁心長老遺風，壹心為民間疾苦奔波。他不僅得到普通老百姓的擁護支持，也得到官方和富戶的協同和幫助，還有海外華人的捐獻。不到壹個月，募化的款額已足夠建壹座大廟之用。施主中有壹位姓陳的財主，祖籍福建廈門，來海南經商已三代，是有名的富豪。他獨自出錢買下大片土地供仁心寺建設之用，立誌要建壹座海南壹流的大寺，以了卻他的敬佛弘法之心願。
據傳，陳財主雖富甲海口，卻美中不足，未得壹男孩傳宗接代，只好抱養壹個男孩，指望他今後繼承陳家的家業，為陳家傳宗接代。奇怪的是這個男孩長到12歲了，還壹直不吃葷，只吃素。更為奇異的是，這小孩平常只愛去寺廟看僧眾誦經，聽後即牢記不忘，出口成誦。他還愛模仿做法事、參禪等活動，並自稱出家人，口中不離阿彌陀佛。過了12歲後，這個男孩自己在陳家的院子裏搭起了壹個小茅棚，與養父母分居，壹個人在裏面念經，後來壹個人跑到仁心寺找慈公法師，要求出家。法師看到這個男孩儀表不凡，心知他是觀音菩薩派下來弘揚佛法救苦救難的，但由於陳家抱養他長大，他尚未完成為陳家傳宗接代的任務，便要他回家去，十年後再出家。這個男孩回到家裏後，討了老婆，生了四個男孩，24歲這壹年便離開了妻兒，正式出家到仁心寺。
嘉慶3年(1798年)佛誕大慶之時，重建的仁心寺落成開光與佛誕節同時舉行，慈公上人作為方丈主持了隆重的儀式。地方上官員、名門望族和民眾無不歡欣鼓舞，同慶這件海口佛教大事。從此，海南佛教史也翻開了新的篇章。
慈公上人在仁心寺廣收弟子，為海南佛教播下了種子。他的弟子不僅有本地人，還有慕名前來的內地和海外華人，遠及東南亞各國。據說，當時仁心寺僧徒多達千人，為海南之冠。寺院藏經之多，也甲於瓊島，在慈公上人主持下，仁心寺生機勃勃，欣欣向榮，名傳海外，直達朝廷。傳說嘉慶皇上有位皇妹，從小沈默寡言，不愛富貴榮華，滿懷慈悲之心，愛讀佛經。她十六歲時已出落得花容月貌，但內心卻冷若冰霜，只求早做世外人。壹天，她去參拜觀音後，當晚夢見觀音顯聖，對她言道：“欲皈佛門，永依仁心。”她當即向皇上請求到仁心寺出家，皇上勸阻不了，只好依允，悄然讓她南下，從此在仁心寺剃度落發為尼，群眾傳說她是觀音菩薩派她的龍女下凡來重振仁心寺聲譽。清仁宗為褒獎慈公上人弘揚佛法之德，也為了皇妹之故，給仁心寺禦筆親書題寫了寺名與大雄寶殿名，並賜聖旨嘉獎。至今這份聖旨還保留著作為鎮寺之寶，這也是海南佛教史上的壹件破天荒紀錄。
在慈公上人眾多弟子中，陳財主的養子是天資靈敏，悟性透徹的高徒。他24歲正式出家，不出半年，卻把廟裏的佛經背得滾瓜爛熟，且心領神會，出類拔萃，眾弟子難及其萬分之壹，成為慈公上人的當然接班人。為此，慈公上人為他取了法號煉真，鼓勵他修煉真諦，身體力行。煉真和尚不負上人苦心，深得眾僧與當地群眾好評。陳財主全家也福星高照，人財兩旺。
嘉慶11年(1806年)，慈公上人年滿108歲。是年，他自覺菩薩召喚，到了他傳衣缽的時候。壹旦，他打坐中仿佛見觀音顯現，金身燦爛，臉含微笑。慈公知時辰已到，召集全寺僧眾，將衣缽傳給煉真。煉真跪拜受傳，當了仁心寺方丈。是晚，慈公上人圓寂，當地群眾見祥雲聚集於仁心寺上空，上人端坐其中。不久，祥雲冉冉向東北飄去，慈公上人往九華山飄然逸去。
從此，仁心寺在煉真法師主持下，香火鼎盛，名聲大振。自煉真法師後，歷經十代傳人，都由本地出生的高僧大德主持。清末民初，軍閥混戰時期，大雄寶殿、藥師殿等主要大型建築先後遭破壞。抗日戰爭中，又進壹步雕落，寺廟氣象壹落再落，仁心寺又壹度陷入困境。然而仁心寺蓮花寶地的風水，仍然保持其本來品質，不因滄海桑田而有所變化。
1949年9月，海口又發生了特大洪水，洪水淹到了二層樓高，唯獨仁心寺內安然無恙，海口的百姓都跑到仁心寺避難。1996年海口刮起特大臺風，漲大水，海甸島四處是水，據說唯獨仁心寺所在地沒有漲水，難怪壹百多年前，法國人也看中了這塊地的風水，在距仁心寺不到200米的地方建起了法國領事館。仁心寺主持法師被日軍殺害。
歷史巨變，滄海桑田，仁心寺千百年的歷史，深深地印著時代的烙印。以前，海南島孤懸海外，與內地遠隔，唯獨仁心寺信徒遍布海內外，現在分布在東南亞壹帶有4000多海南華僑，都是仁心寺的信徒。到了上世紀三十年代，日本鬼子侵占海南島，到處燒殺搶劫，仁心寺也不能幸免。為了保護仁心寺，寺內的僧人和當地百姓奮力抵抗，仁心寺保住了，但仁心寺的主持法師卻被日本人殺害了。
新中國土地改革時，該寺成員均劃為貧農，按政策***分得水田8畝多，旱地3畝多(仁心寺占地14.3畝)。1956年和1958年農業合作化和公社化時，水田劃歸集體統壹管理。1962年至1964年間，廟宇被漁船廠占用。為此，海口市佛教協會曾致函中國佛教協會報告此事，並接批復“此事已轉回地方辦理”。時值“文革”非常時期，無人過問此事，逐成積久潛案。現在佛寺舊址中的各種建築物已被拆除。嘉慶皇帝禦筆親書“大雄寶殿”匾額被砸，銅佛、銅鐘、銅香爐、銅鹿、字畫楹聯、陶瓷器皿、法器、經書等全部被盜。
1994年9月8日，海南省民宗委(現民宗廳)發文同意恢復開放仁心寺。仁心堂正式定名為仁心寺。該寺與三亞南山寺、定安普濟寺、萬寧廣善庵、陵水三昧寺、屯昌福慶寺、西仁寺等7所寺廟壹起，成為海南首批開放的寺廟。仁心寺“恢復開放”之後，新塑了釋迦牟尼坐像和千手觀音、文珠、普賢菩薩像，設有經書法物流通櫃臺。