憲宗蒙哥時期，可汗、他母親的兄弟和窩闊臺子闊端都在西藏有封地，諸王在封地中有與中原掌管封地的最高官員大儒華池相同的土地護衛。此時分封制僅限於伍肆藏區，尚未擴展到阿裏。忽必烈登基後，隨著中央集權的加強，他建立了對包括阿裏在內的整個西藏的統治後，並沒有實行分封制，而是把西平親王和奧露西國王送出了西藏的城鎮。
統壹中國元年(1260)，忽必烈以八思巴為佛教老師，主管佛教事務。至元元年(1264)，元朝中央政府設立總醫院。掌管佛教僧侶和西藏事務的是佛教老師八思巴，掌管院務，桑格也是總朝廷使者。至元二十五年(1288)“桑格被請到鄭玄廳，是因為唐朝制造的吐蕃來到鄭玄廳前朝見，改稱鄭玄廳”。鄭玄院是專門從事佛教和西藏地方事務的中央組織。法院有兩名成員，兩名成員的知識相同，和兩名成員的副大使。人選軍民取之，僧與俗並用。西藏的軍政均屬袁管轄，小規模的軍事活動則由袁直接處理或派人到鎮上。如果有大的遠征，那就要由袁和樞密院討論決定了。
與此同時，佛教徒八思巴回到西藏，幫助蒙古貴族建立西藏的行政制度。同時，忽必烈還委派總院對沿途的戶籍、財產、道路等情況進行調查，為設立驛站、更好地治理西藏做必要的準備。
在統壹西藏的過程中，蒙古首先在伍肆藏族中建立了13萬戶。“是蒙古統治者針對當時烏茲別克斯坦分裂割據的客觀形勢，因地制宜采取的壹種頗具戰術性的政治措施。其中，在1254左右，博木古盧和比力貢有2萬戶被蒙哥查封。其他萬戶是至元五年(1268)及之前逐步建立的。戶主都是左右逢源的英雄，是蒙古統治者根據其原有的權力和功德而宣布的蒙古官職。證券和老虎符號由蒙古大汗授予。養千戶，奪權，都在蒙古可汗手裏。
每家每戶都代表所屬民族直接接受蒙古的統治，從而排除了地方勢力成為獨立於蒙古的行政實體的可能性，使其在承認蒙古統治的前提下分而治之。蒙古統治者作為這萬元戶中不可或缺的平衡力量，有效地控制了西藏。當薩迦派獲得了超越其他教派的優勢時，薩迦派本欽(又名禪宗，意為高官)作為伍肆西藏三路的軍民戶，是當時伍肆藏區的最高長官。它的辦公地點是烏恩孫三路的萬虎軍民樓。
“至於各級官職。10個隊長，50個隊長，100戶，1000戶，10000戶，陸渡華池。若轄三路，謂之路、軍、民，賜水晶印。在吐蕃，這個官職曾經授予本欽釋迦牟尼三布。”
十戶、百戶、千戶、萬戶的十進制地方行政組織是蒙古社會的組織形式。五十夫為五十戶之長，五十戶在藏語中稱為“大果”或“馬頭”。這種組織在蒙藏社會是不存在的，是從漢代開始的村落社會。元朝為了穩定社會秩序，發展生產，普遍建立了漢代的村社，作為社會的基本組織單位。隨著西藏統治的建立，內地的這種社會組織也推廣到西藏，成為當地郵局支援的基本單位。
元朝17年(1280)，在前後藏區設置伍肆藏宣威部，29年(1292)，將伍肆藏宣威部與李娜元帥高速公路地區合並，設置李娜高速公路古魯孫路宣威部元帥府，覆蓋除現在昌都地區和現在邊境外的城市以外的整個西藏自治區。“宣威司，掌管軍政，與總郡縣分道揚鑣，各省有政令，並布賜，各縣歡迎他們來省。若有邊軍，亦為元帥府，其次為元帥府。”元帥府是伍肆藏日高速公路和古魯孫高速公路的第三條道路，不同於通常設立在遠離各省的中心地區的宣威司。它不隸屬於各省，而是中央鄭玄書院在西藏的派出機構，負責鄭玄書院與伍肆藏納裏高速公路之間傳遞的任務和軍政事務。“由於臧與內地各縣的戶數和千戶數有很大差異，因此也有13萬戶的事務。管理元朝在西藏的驛站和駐軍”。
元朝除了在西藏設立宣傳慰安所外，還設立了藏區宣傳慰安所(管理多司馬地區)和藏區宣傳慰安所(管理多幹寺地區)。
蒙古和元朝曾經在西藏進行戶籍調查和收稅。為了“了解邊境情況，傳旨”，在內地到西藏的沿途設置驛站；為了控制西藏局勢，維護西藏政局穩定，在那裏駐軍。
括戶工作早在憲宗時就已開展，當時的括戶目的是為分封提供依據。元世祖和他以後的皇帝還在西藏進行了許多家庭調查，從而留下了當時西藏人口的準確記錄。至元元年(1264)去薩迦，沿途查戶口、財產、路險。“五年(1268)”即陽圖龍年初，朝廷派來的金字使者周，以大蒙古為名，對百姓、土地、基本戶數進行了清查。今年二十年後，也就是火豬年(至元24年，1287)，被大政府派來求和。當時戶籍統計的方法是:壹棟房子六根柱子，可以種十二顆蒙古種子的土地，六對夫婦，子女和仆人，三種牲畜，如騎畜、耕畜和乳畜，二十四只山羊和綿羊，這樣壹戶叫壹個蒙古戶，五十戶叫壹個郭達(馬頭)。兩個郭達叫壹百戶，壹百戶叫壹千戶，壹萬戶叫壹萬戶。按規定建立的壹萬戶分為六千戶作為教民。這次人口普查是在西藏伍肆的那力蘇整個地區進行的。因此，西藏有36，453戶蒙古人(戶口)，其中納利蘇和藏區有65，438+05，690戶，烏恩有20，763戶。這是西藏最早、最準確、最詳細的人口統計。
欣賞古代山水畫直到元初的壹個重要任務就是選擇壹個適合建立大小驛站的地方。效仿漢地驛站，建立驛站。從那時起，從中國和西藏的邊界到薩迦，建立了27個大型驛站。它們由七個主要車站組成，九個在多幹寺，十壹個在烏斯藏。
從(原西藏)到索(西藏索縣)、霞客(怒江上遊源頭)、孜巴、霞坡、貢、關薩、甲瓦(這五個站的地址不詳，當時分布在藏北草原線上)有七大站。
西藏(後來的西藏)支援的大驛站有達(今西藏日喀則地區南木林縣以東的達拉)、春堆(今日喀則以北，《永樂大典》記載的宋都司)、大隆(今日喀則西南，《永樂大典》記載的驛站)和(永樂大典》記載的最早設在薩迦西北不遠的，後遷至薩迦等四地。圖凡地區的驛站和其他地方壹樣，在重要的驛站都有脫脫和順(蒙古語，意為“檢察員”)，負責檢查使節和由驛站提供食物和馬匹的人，以防止欺詐。藏區驛站的設置，無疑方便了使者之間的往來和命令的下達。
在西藏設立驛站的同時，規定了《家家戶戶支援驛站辦法》。他還用聖旨任命同道中人掌管吐蕃驛站，管理地方驛站，“使吐蕃二十七驛站平安，使上師、本欽、蒙古、吐蕃的黃金使者壹路平安”。最初，每個驛站的人和動物的支持是每個相關家庭的責任。後來有些驛站由蒙古駐軍經營，相應的藏民戶提供牲畜和物資。
為了確保西藏的穩定，維護地方秩序，鎮壓叛亂活動，元朝在西藏駐軍，並在伍肆藏宣威部下設蒙古軍兩個元帥。他們可能屬於陜西鳳翔的蒙古軍都護府。在西藏有重大軍事行動時，樞密院會分配給宣威司指揮，任務完成後恢復原建制。元十六年(1279)，總政治部令桑格率領七萬蒙古軍隊討伐貢嘎桑布。軍隊返回時，桑格留了壹部分在西藏，擔任警衛和哨所部隊，鎮守西路蒙古和駐守藏北，確保寺廟安全，還撥出壹部分部隊負責哨所事務。
元世祖忽必烈“命宗王發兵至鎮邊以揚咽喉”，其七子西平王奧魯赤離鎮而歸吐蕃。西平王宓位於“木多市(今青海省互助縣松多)”，奧露西的封地也在這裏。平時駐紮在多司馬之地，遇吐蕃有變可隨時領兵入藏，以盡鎮守之責。他和他的子孫們，作為氏族的國王，壹直肩負著保衛西藏安全的重任。
元朝從政治、經濟、軍事上對西藏進行了有效的管理。西藏從此正式納入祖國版圖。