馬許（Marsh）在1896年繪制的劍龍屬插圖，圖中的劍龍擁有12塊背部板狀物與8根尖刺。劍龍屬實際上擁有17塊板狀物與4根尖刺。
狹臉劍龍的剛發現化石
劍龍最早為奧斯尼爾·查爾斯·馬許在1877年所命名；在19世紀後期，馬許與另壹位考古學家愛德華·德林克·科普之間有俗稱為“骨頭大戰”（Bone Wars）的競爭，而劍龍是首先被發現與描述、命名的眾多恐龍之壹。化石的發現地點是科羅拉多州莫裏森的北部，屬於莫裏遜組地層，這些最早出土的化石，成為裝甲劍龍（Stegosaurus armatus）的正模式標本（holotype）。劍龍屬名“Stegosaurus”的意義，源自“有屋頂的蜥蜴”，這是因為馬許壹開始以為劍龍身上的板狀構造，是有如屋瓦壹般地覆蓋在整個背上。幾年之後，又有許多較完整的化石出土，而馬許也發表了幾篇關於劍龍屬的論文。他描述、命名了許多物種，但是其中有許多尚未獲得公認，有些可能是無效名稱，或是現有種的同物異名。公認的數個物種當中，有兩種的研究較多，其他種的研究較少。莫裏遜組發現的劍龍化石，多集中於第2到第6地層帶，第1地層帶曾發現壹些化石，可能也屬於劍龍。 卡內基自然史博物館
Diracodon laticeps的尾刺 Stegosaurus ungulatus：意思是“有蹄的有屋頂蜥蜴”（hoofed roof lizard），是馬許在1879年所作的命名。化石出土於懷俄明州的科摩崖（Como Bluff），包括了少許的脊椎骨與骨板。這些化石可能是屬於裝甲劍龍的幼年個體，雖然裝甲劍龍的原始化石已經被完整的描述、研究過。在葡萄牙發現的壹些標本，其地質時代為上啟莫裏階至下提通階，也已經歸類到這個物種當中。 Stegosaurus duplex：意思是“雙神經叢的有屋頂蜥蜴”（two plexus roof lizard），擁有較大的薦骨神經通道，馬許稱其為“後腦盒”。這種恐龍可能也可能是裝甲劍龍的異名。雖然是馬許所命名，不過這些分散的骨頭實際上是愛德華·愛胥黎（Edward Ashley）在1979年於科摩崖所發現、收集。 絲萊氏劍龍（Stegosaurus seeleyanus）：原來的名稱是Hypsirophus seeleyanus，可能也是屬於裝甲劍龍。 寬頭劍龍（Stegosaurus laticeps）：是馬許在1881年根據壹些頜部骨頭碎片而描述，最初為Diracodon laticeps。有些人認為狹臉劍龍是Diracodon屬的壹個種；其他人則認為Diracodon事實上是劍龍屬的壹種。在1986年，羅伯特·巴克再度使用D. laticeps這個名稱；但是其他人認為尚不能下定論，而且這個物種更可能是狹臉劍龍的異名。 Stegosaurus affinis：為馬許在1881年根據壹塊恥骨而描述，是壹個疑名。有可能是裝甲劍龍的異名。 馬達加斯加劍龍（Stegosaurus madagascariensis）：在1926年，皮韋托（J. Piveteau）根據壹些發現於馬達加斯加的牙齒而命名。這些牙齒分別被歸類為許多不同的物種，包括了劍龍、瑪宗格龍（Majungatholus；屬於獸腳亞目）、鴨嘴龍類、甚至是鱷魚。 馬氏劍龍（Stegosaurus marshi）：這個物種原來是盧卡斯（Frbdekic A. Lucas）在1901年所描述。後來在1902年被重命名為裝甲龍屬（Hoplitosaurus）。 Stegosaurus priscus：由法蘭茲·諾普喬（Franz Nopcsa）於1911年描述，後來成為勒蘇維斯龍屬（Lexovisaurus）的異名，被建立為鎧甲龍（Loricatosaurus）。