三十七年（1948）秋，國***戰爭形勢逆轉，故宮和中央圖書館、中央研究院史語所、中博籌備處決定挑選文物精品運往臺灣。該年年底，第壹批文物箱件由海軍載運駛離南京，抵達基隆。次年，第二批文物由商船，第三批箱件仍由海軍載運。故宮運臺文物***2,972箱，只是北平南遷箱件（13,491箱）的百分之二十二，但頗多精品。中博籌備處運臺的有852箱，也多是精品。
運臺圖書文物，政府成立國立中央博物圖書院館聯合管理處。聯管處將文物遷往臺中縣霧峰鄉北溝新建的山邊庫房存放，又開鑿防空山洞。聯管處時期，進行對文物的抽查、清點；接著從事整理編目，先後編印了多種書籍，並有小型陳列室對外開放參觀。其間也曾挑選精品前往美國，先後在華盛頓國家美術館等五處展出，先後在華盛頓國家美術館等五處展出，也參加過紐約「世界博覽會」。
故宮遷來臺北之後，陸續擴建數次，陳列空間逐漸擴大。五十七年（1968），又將圖書文獻從書畫組中劃分出來，使典藏文物單位由原來的古物、書畫兩組擴編為器物、書畫、圖書文獻三處。五十九年（1970），又在文獻處之下增設圖書館。其業務略舉大端：如對文物重新點檢、整理，詳細登錄；並且與其他機構進行合作交流。如六十年起協助臺灣大學歷史研究所增設中國藝術史組，這是臺大藝術史研究所的前身。該組作育出許多藝術史研究人才，部分並在故宮任職。六十七年（1978），與國史館合作校註《清史稿》，後由國史館整理增訂出版為《清史稿校註》。故宮也展開編輯和研究的工作，先後出版了多種期刊、專書、目錄，以及書畫、器物、善本古籍、清代文獻等書冊和裱裝畫軸、手卷等。故宮積極選派人員出國培訓、考察，及參與國際學術性活動。主辦數次國際性學術討論會，如五十九年（1970）的「中國古畫討論會」；挑選精品出國參展，在日本大阪的「萬國博覽會」和韓國漢城的「中國展覽會」，均大獲佳評。
蔣復璁任職十七年餘，至民國七十二年（1983）因病請辭，國民黨黨史會主委秦孝儀接任院長。七十三年（1984），故宮新建行政大樓啟用，器物、書畫與圖書文獻三處的文物大都移至新大樓地下兩層的庫房存放。正館陳列室加大，並作整體性的更新設計。庫房和展覽場所都建立恒溫、恒 、防火、防潮、防震的措施以及二十四小時防盜的安全監控系統。七十四年（1985），故宮舉辦六十周年院慶，並舉行學術演講和討論會。七十六年（1987），故宮正式成為行政院部會級的壹級機關。此期間故宮接受「摩耶精舍」之捐贈，成立張大千先生紀念館；並且營建「至善園」，八十五年（1996）新建圖書文獻館落成。
民國八十年以後，故宮挑選文物出國展覽。例如，是年美國華府的「探險時代的藝術」大展、八十五年至八十六年（1996－1997）美國的「中華瑰寶」巡回展覽、八十七年（1998）法國巴黎的「帝國的回憶」展覽。八十二年（1993），故宮開始與民間團體合作，借展西洋美術。例如，是年的「莫內及印象派畫作」特展；八十四年（1995）的「羅浮宮博物館珍藏名畫」特展；八十七年（1998）的「畢卡索的世界」特展。八十八年（1999）開始，借展大陸文物。例如，是年的「三星堆傳奇」特展；以及配合故宮「漢代文物大展」而商借的「馬王堆漢墓」和「南越王墓」的文物展覽。
八十九年（2000）五月，中央研究院院士杜正勝接任院長，以去政治化，回歸藝術文化本質經營國立故宮博物院，揭櫫本土、中華與世界兼具的多元文化觀，註重美的普世性，本乎人性，成就人文，不以國家民族之榮耀為限。壹年來他積極推動學術研究，舉辦定期小型研討會，配合展覽推出學術討論會，如「文學與美術學術討論會」、「清代檔案與臺灣史研究討論會」等，並邀請國內外學者專題演講。要求展覽深入淺出，以收教育之功效，舉辦「展前說明會」，邀請院內同仁、誌工與中小學教師提出看法與建議。
為解決本院長期存在的參觀動線混亂、館外人車雜 等問題，考慮臺灣特殊地質條件下的防震設施，強調以科技方法維護文物，以及本院未來更長遠的發展，規劃「故宮新世紀」建設計劃，提報行政院，分為五個子計劃，針對展覽空間,館外交通,文物維護及分院之發展設立，勾勒本院二十壹世紀發展的藍圖。
“兩岸故宮藏品，比起來哪家的多？哪家的精品多？”這是兩岸同胞乃至國際社會都不甚清楚而又很關註的壹個問題。可以肯定地說,北京故宮不僅藏品遠遠多於臺北故宮，而且總體上精品也多於臺北故宮。在比較前，我想首先說明三個情況：
壹是，故宮博物院成立之前，遜帝溥儀將1200余件書畫精品、古籍善本和大量珍寶盜運出宮。新中國成立後，其中相當部分重新回到了北京的故宮博物院，如《清明上河圖》、《韓熙載夜宴圖》、《五牛圖》、《伯遠帖》、《中秋帖》等。
二是，1933年故宮南遷文物***13491箱，部分文物南遷後，北平故宮本院所留文物相當多，也有不少珍品，淪陷期間還在繼續清點未曾登記的文物，並征集了壹批珍貴文物。南京政府曾下令馬衡院長選擇留平文物菁華裝箱，分批空運南京，馬院長雖將珍品編目造冊報南京，但以各種理由推延裝箱，後來壹箱也未運走。南遷文物後來運臺2972箱，占南遷箱件數的22%，當然多是精品。其實留下的78%精品也相當多。國民黨向臺灣運文物，因戰爭形勢突變只運了三次，第三次擬搬運1700箱，由於運輸艦艙位余地有限，加之僅有24小時裝船時間，結果只運出972箱，另728箱也留在了內地。
三是，兩岸故宮文物藏品構成上稍有不同。運臺故宮文物約60萬件，其中清宮檔案文獻38萬件冊，善本書籍近16萬冊，器物書畫5萬余件;加上抵臺後征集的文物，總計65萬余件。北京故宮原有明清檔案800萬件，善本特藏50多萬冊（件、塊），器物書畫100萬件，總計達960萬件。1980年明清檔案劃出，成立中國第壹歷史檔案館；又將包括部分宋元版書在內的14萬冊宮廷藏書撥交國家圖書館及壹些省市和大學圖書館。現北京故宮有藏品150余萬件，其中1949年後征集24萬多件，80%以上仍為清宮舊藏。
我們再從幾大項文物來具體比較：
壹、書畫收藏。臺北故宮藏有書畫總計9120件，據介紹其中壹半為優等和次等，元以前繪畫574件（不包括南薰殿宋以前帝後像），元以前書法155件。北京故宮有書畫15萬件左右，約占世界公立博物館所藏中國古代書畫的1/4，其中約1/3具有較高的學術價值和欣賞價值，有近420件元以前的繪畫，310件元以前的書法。元以前書畫總收藏量，數量上北京故宮低於臺北故宮。但相對嚴格的鑒定工作，使得北京故宮早期（元以前）書畫中，很少有早期和晚期（明清）之爭。在繪畫的時代方面，北京故宮的早期藏品反映了各個歷史時期的繪畫面貌，特別是東晉顧愷之的兩件北宋摹本《列女圖》卷和《洛神賦圖》卷真實地反映了漢魏六朝時期的繪畫風格。就唐、五代、兩宋繪畫而言，臺北故宮在數量上較北京故宮要多，但北京故宮元代繪畫眾多的收藏量和完善的品質堪稱世界之冠。就宋代繪畫而言，臺北故宮的山水畫珍品多於北京故宮，但北京故宮的人物畫珍品則占有重要地位。北京故宮繪畫藏品種類較全面，除卷軸畫外，還藏有版畫、年畫、清宮油畫、玻璃畫、屏風畫、貼落等，這些是臺北故宮所缺乏和不足的。此外北京故宮還有10件唐宋壁畫、7件唐五代敦煌紙絹畫、1鋪元代大幅壁畫等。北京故宮庋藏的明清大幅宮廷書畫也是臺北故宮所缺少的，因為這些在文物南遷時有壹定運輸難度。由於臺北故宮主要接收的是清宮舊藏歷代書畫，而18、19世紀的“揚州八怪”、“京江畫派”、清初的“金陵諸家”、“四僧”等許多流派的繪畫和書法為清宮所缺，如今已是國之重寶。北京故宮於上世紀60年代初已將上述幾個時期書畫收藏齊備。在書法方面，臺北故宮的收藏量和品質不如北京故宮。北京故宮有4萬多通明清尺牘，其中蘊含著巨大的文獻價值和藝術價值，遠勝臺北故宮在這方面的收藏。在碑帖方面，北京故宮的碑帖善本占全國大多數。目前尚沒有見到文物南遷中有關碑帖的記錄。
二、陶瓷類文物。北京故宮有35萬件，壹級品1100多件，二級品約5.6萬件，還有上世紀以來在全國110多個窯口所采集的3萬余片陶瓷標本。臺北故宮有25248件清宮舊藏瓷器，宋代五大名窯瓷器及明代官窯瓷器收藏均占優勢，著名的清代康雍乾三朝琺瑯彩瓷器絕大多數都藏在臺北故宮。但北京故宮的收藏數量是臺北故宮無法比擬的，特別是在新石器時代彩陶、三國兩晉南北朝隋唐五代瓷器、清代嘉慶至宣統官窯瓷器、歷代民窯瓷器以及古陶瓷窯址標本、實物資料收藏方面，北京故宮均占有明顯優勢。北京故宮在歷代官窯瓷器收藏方面，無論數量還是質量，也都相當可觀，不容忽視。在古陶瓷收藏方面，兩岸故宮各有千秋。
三、青銅器方面。北京故宮藏歷代銅器1.5萬余件，其中先秦青銅器約1萬件，有銘文的1600余件，這三個數量均占中外傳世與出土數量總和的1/10以上，是國內外收藏中國青銅器數量最多的博物館。另外有歷代貨幣1萬余枚、銅鏡4000面、印押1萬余件。臺北故宮收藏有5615件青銅器，先秦有銘文的約500件。兩岸故宮青銅器都以傳世品為主，臺北故宮藏品的總量和精品數量都較少，但毛公鼎、散氏盤、宗周鐘等重器則十分有名。
四、工藝類藏品方面。北京故宮藏有玉器28461件，數量上多於臺北故宮的11445件，而且又征集了考古發掘出土的珍貴玉器數百件，其中安徽淩家灘遺址與六安楊公鄉戰國墓出土的壹些玉器，為世所罕見，目前僅北京故宮有收藏。另外，北京故宮的“大禹治水”玉山，重逾萬斤，還有重量數千斤的幾件玉山，是臺北故宮所不能及的。漆器、琺瑯、玻璃、金銀器、竹木牙角雕刻，以及筆墨紙硯等“雜項”，臺北故宮總計7605件，北京故宮則有101355件。漆器總體上臺北故宮精品較少；金屬琺瑯器，兩岸所藏特點相近，但北京故宮的壹些大型金屬琺瑯制品則是臺北故宮所沒有的；從臺北故宮出版的有關如意、文玩等出版物所選文物看，其工藝水平明顯遜於北京故宮藏品。另外，北京故宮還藏盆景1442件，匏器590件，而臺北故宮無此收藏。
五、宮廷類文物收藏。北京故宮具極大優勢，從代表皇權的典制文物到皇家日常生活用品文物，無所不藏。例如清代玉璽“二十五寶”、鹵簿儀仗等為臺北故宮所無，帝後冠服也最為齊全；反映清代科技發展水平以及中外文化交流的天文儀器、鐘表亦為北京故宮特藏。清代皇帝稽古右文，重視文玩鑒賞，其鑒賞所用的印章，絕大部分藏在北京故宮。清代皇家信仰多種宗教，以本民族傳統的薩滿教、道教與藏傳佛教為主。北京故宮收藏有大量薩滿教與藏傳佛教的法器、祭器、造像、唐卡等，還完整地保存了宮廷中壹些藏傳佛教及道教殿堂的原狀。
六、圖書典籍方面。臺北故宮所藏版本時代早（宋、元、明版較多）、卷帙完整、書品好者居多，如文淵閣《四庫全書》、摛藻堂《四庫全書薈要》、《宛委別藏》及部分“天祿琳瑯”藏書等，多是獨有的巨帙或孤善之品，相當珍貴。北京故宮所存數量不多的宋元版書多已撥交國家圖書館，但現存的明清抄、刻本，品種、數量眾多，包括內府修書各館在編纂過程中產生的稿本，呈請皇帝禦覽、待刻之書的定本，從未發刻的清代滿、蒙、漢文典籍，為便於皇帝閱覽或攜帶而重抄的各式書冊，以及為宮內外殿堂陳設而特制的各種賞玩性書冊。此外還有翰林學士、詞臣自撰的未刊行書籍，各地藏書家進呈之書；壹大批宮中戲本和檔案；帝後服飾和器物小樣、“樣式雷”建築圖樣、輿圖等特藏文獻，等等，以上***約19.5萬冊（件）。另有20余萬塊精美的武英殿“殿本”的原刻書版。這些構成了北京故宮善本特藏的特色。北京故宮博物院的藏品，除了所存舊藏外，有近1/5是新中國成立以來在中央政府的直接領導和各省市積極支持下征集、購買的散佚清宮文物及社會各界人士的捐贈。解放初期，國家就毅然花50多萬港幣從香港買回著名的“三希”中的兩希——《伯遠帖》和《中秋帖》。當時臺灣也想買，但經費沒有落實，他們至今引為憾事。迄今為止，先後有600多人向北京故宮捐獻文物。毛主席三次將友人送自己的文物轉送故宮保存。張伯駒、朱翼庵、孫瀛洲等人的無私捐贈，彪炳千秋。新征集的文物，許多在價值上比清宮舊藏毫不遜色。這使故宮很快成為名副其實的中國歷代文化藝術的巨大寶庫，成為最有代表性的中華文明的象征。
由於多種原因，許多人對北京故宮文物藏品狀況不很清楚，有人以為好東西都到了臺灣，有的甚至說：“臺北有文物沒有故宮，北京有故宮沒有文物”，這顯然是誤解。當然，文物自有其本身的藝術價值和歷史價值，是不可以互相替代的。兩岸故宮的收藏本來就是壹個整體，有著很強的互補性，只有從整體上來看待，才能全面地認識中華文化的源遠流長和豐富多彩。