“北京猿人”化石首先存於北平協和醫院試驗室，在日美宣戰前，兩國關系已經很緊張，為了保存北京猿人頭蓋骨化石，經多方研究決定，將其存到美國紐約自然博物館中，計劃由美國海軍陸戰隊的專用列車把裝箱包好的化石標本先運到秦皇島，然後由壹艘從上海開來的美國定期航輪“哈裏遜總統號”送到美國。不料這天爆發了珍珠港事件，秦皇島等地機場及美國海軍陸戰隊專列被截，“哈裏遜總統號”也壹直未能駛入秦皇島。據說該文物被日軍劫奪，從此“北京猿人“化石便沒有了音訊。抗日戰爭勝利後，國民政府也多方尋找，但毫無消息。北京猿人化石的丟失是人類不可估量的損失，侵華日軍應對“北京猿人”化石的丟失負責。[《北京文史資料》第54輯，1996年12月北京出版社出版 引自譚依孝：《抗戰時期被平的幾處日本牢房》〕。
抗戰爆發後，作為民族文化遺產之壹的北平故宮博物院面臨日軍掠奪的危險，到1933年2月，為了文物安全，故宮大部分文物經國民政府有關部門先運往上海，後運往南京。“八·壹三”事變後，文物又受到威脅，故宮文物又開始西移，但仍有2900余箱滯留南京，在1938年6月不幸落入敵手，內中包括比較重要的清實錄、聖訓、禦筆、玉璽等，另有字畫“唐太宗禦筆、宋徽宗禦筆荔枝山雀圖真跡、蘇東坡墨跡”等，日軍把這些文物大多帶回日本，對認為沒有價值的便毀掉。
日軍在長期占領期間，無視中國主權和考古學程序，對中國各地墓葬、遺址等進行了大規模強盜式的發掘，這是壹種典型的盜墓賊的行為。考古學是壹項嚴肅的工作，但是日本侵略者對發掘遺址的完整性不重視，它們發掘了北京周口店遺址、商都殷墟遺址、以及齊國故城遺址。這些遺址都被發掘的壹片狼藉，遭到破壞。
日軍在侵華期間也對中國的甲骨文進行了偷竊。甲骨文是人類歷史上絕無僅有的稀世之寶，它行成於我國的殷商時代，它是研究古代宗教、歷法、文字、政治等的原始資料。在清代末年有壹個叫作王懿榮的人，是他發現了甲骨文，因他懂古文字因此看到了甲骨文的價值，於是高價向古董商購買，許多大臣以及外國人也大量購買。日本人西村博、林泰輔也很早就開始就收集甲骨。日本發動侵華戰爭後，在占領河南安陽時，從1938年到1943年，多次組織大批人員到殷墟盜掘，從殷墟挖走了許多甲骨、陶器、玉器、骨器等重要文物，其間盜走的文物裝了滿滿8輛大卡車！
南京是我國的六朝古都，戰國時楚置金陵邑，秦稱秣陵，三國吳稱建業，晉稱建康，明為南京，清為江寧府治。南京城依山傍水，風景秀麗，有紫金山、宣武湖、燕子磯、中山陵、雨花臺等名勝古跡，地下文物也十分豐富。壹次在南京郊外建飛機場，挖出壹座古墳，發現有唐代名僧的舍利，侵略者將部分唐僧舍利盜去日本。
江西也是我國歷史悠久的省份之壹，1939年9月，日軍用鋼炮毀掉了在江西境內星子縣的壹座舍利塔。該塔建於三國東吳時期，位於金輪峰上，日軍在塔下挖出法華經壹部、銀佛壹座、舍利子數顆、紅白綠色珍寶多粒。 第二年，又從該縣的棲賢寺搶走壹大批珍藏了數百年的著名文物，有古羅漢圖軸、宋代黃庭堅書法石刻、宋元明清歷代珍跡等珍貴文物。
私人文物也遭到破壞和掠奪。我國是壹個重視收藏的國家，許多文物在民間被廣泛的收藏。而我國的藏書有很多集中在南京、北平、上海、蘇洲等地，這些地方戰爭激烈，因此許多文物被破壞和掠奪。如南京陸輿雲先生“半生喜築古錢，精鑒別，所藏不下萬金之價值。此錢在倉猝間未攜出，悉被劫”。南京大石壩街50號老中醫石蓧軒家，“藏書豐富，聞名當代，”僅珍貴字版醫書就有十幾部，早年孫傳芳曾出價7萬銀元欲購買石家藏書，被石家拒絕，此次被日軍劫去名貴書籍4大箱，字畫、古玩2000余件。南京劉鐵雲家收藏的殷墟龜甲文字183片、敦煌千佛洞唐人寫四分戒經1卷，以及宣德爐等著名文物。燕京大學教授顧頡剛損失書刊以外的文物計：碑帖30件、金石拓本100種、書畫40件、印章150方、古錢650枚、古鏡3枚、古經2卷、明清善本6000冊等。吳錫南尋劉氏，藏有《永樂大典》殘本，為國內所藏大典之精本。蘇州蟠氏藏有秦鼎、周鼎等均被搶走。1938年，日軍在開封查抄馮翰飛宅，劫走《吳道子山水》等古畫。1940年，日本中支那派遣軍勝字第4218部隊陸軍少佐在江蘇嘉定掠走地方誌535種，及殿本《二十四史》等。