明朝崇禎十七年(公元1644年)，李自成農民軍入侵昌平，定陵上的木建築大部分被燒毀。同年清兵入關，墓地再次被毀。清乾隆50-52年(公元1785-1787年)期間，對墨恩門和墨恩寺進行了縮減重建，但在民國時期又被燒毀。陵園建築中只有寶城、明樓、重門、陵園從未遭到嚴重破壞。1956-1957年，中國考古工作者對地下玄宮進行了發掘，隨後有關部門對出土文物進行了修整，對地上古建築進行了修復。1959年，定陵博物館在原址上建成。