夫子廟位於南京的秦淮河上，建於東晉司馬燕三年(337年)。根據王導提出的“治國重在培養人才”，在秦淮河南岸建立太學。那時，只有龔雪，沒有建孔廟。
夫子廟建於景祐元年(1034)，擴建東晉書院。因為是供奉孔子的，所以也叫孔廟。在龔雪前建孔廟的目的是希望文人走聖賢之路，接受封建教育。
六朝至明清，十裏秦淮的繁華景象和獨特風貌曾被歷代文人墨客謳歌。夫子廟，位於秦淮河北岸，原是祭祀孔子的地方。建於宋景佑元年(1034)，由東晉龔雪舊址擴建而成。
南宋建炎年間，兵火焚身。
紹興九年(1139)重修，稱建康付雪。
元代改為慶忌道學。
明初為國學堂，合並上元、江寧縣學堂，後為應天府學堂。
清代，付雪遷至城北明代國子監舊址，成為江寧、上元兩縣學校。
清初，付雪遷至原國子監時，將原付雪故裏夫子廟改為上元、江寧兩縣的縣學。
鹹豐八年(1869)再次毀於火，重建。
1937抗日戰爭被日軍焚毀，損毀嚴重。
1984市、區人民政府經過有關專家的科學論證和規劃，經過幾年的精心維護和重建，多次撥出專項資金用於古都文化遺產保護。東起桃葉渡，西至中華門1.8公裏的秦淮河兩岸，恢復建設了壹批文物古跡和旅遊景點，建成了具有地方傳統特色的河館和民居、歌廳、舞館，以及眾多的商業街書店、小吃店、茶館、飯店，絕跡多年的“秦淮畫船”在河上得到了恢復。
1985年，夫子廟古建築修復，周邊茶店、酒樓、商店等建築也改造成明清風格。夫子廟、龔雪和江南宮媛的建築是秦淮風光的精華。臨江的宮媛街是壹條古老的旅遊文化商業街。同時，根據歷史上形成的廟會格局，重建了東市場和西市場。這裏供應傳統食物和當地小吃。每年農歷正月初壹到十八，都會舉行孔廟燈會。
經過十余年的努力，先後投資10多億元，修復建設了大成殿、明德堂、尊經閣、江南、武夷巷、王燮古宅、吳故居等20余座30多萬平方米的古建築。亭、臺、樓、榭、廳錯落有致，再現了江南市井風貌和明清古秦淮河會館、河宅景觀。形成了小商品、古玩字畫、花鳥魚蟲等多個各具特色的市場群，成為南京的商業中心之壹。
1991被評為“全國旅遊景區40強”，成為國內外著名的旅遊勝地、文化長廊、美食中心、購物天堂。