朝天宮古玩
是南京市博物館管理的民間收藏品交易市場，開辦以來受到中外古玩收藏者的青睞，規模和影響越來越大，已成為以南京為核心的南北民間收藏品交易集散地，為國內十大民間收藏品交易市場之壹。每到節假日人頭攢動，場面火爆。市場監管部在朝天宮古玩的管理上不斷加大力度，嚴格執行政策，規範市場，合法交易，策劃活動，辦出了特色。
保衛科
但負責朝天宮古建築群和博物館的安全保衛工作，按照國家壹級風險防範的標準做好工作，確保文物和館舍安全。
辦公室
是全館的中心樞紐，擔負著全館工作協調、往來接待、後勤保障、人事財務文檔管理、基建、綠化、經營等工作。
華夏文化交流中心
擔負著中外書畫藝術界人士的藝術交流工作，以書畫為友，切磋技藝，傳承優秀傳統書畫藝術。 利用朝天宮古建築群特有的古文化氛圍，讓人們理解讀南京城市歷史發展的進程，領略南京古都文化的精髓，欣賞南京歷史文明的寶藏，是南京市博物館多年努力的結果，朝天宮這顆被譽為金陵歷史文化的明珠在現代都市中閃爍著璀璨的光輝，吸引著海內外無數的尋訪者。