十六年前，隋朝太師楊素攜手下弟子楊拓以不可思議之奇術將陳國舉國之兵力盡皆毀滅。陳國軍師陳輔以自己孫子之性命保住陳國唯壹後裔陳靖仇，並在十年間苦修鬼谷道術，同時將畢生所學教授於陳靖仇，以期復國大計。 十六年後，靖仇已長大成人。壹日，師傅陳輔帶靖仇來到伏魔山下……（遊戲正式開始）
師傅要靖仇跟上他，沿著師傅前行的山路找到師傅後，突見天空現出妖星奇象，待師傅將身世告訴靖仇之後，兩人進入山洞中找到傳說中的上古神器'昆侖古鏡'，可就在靖仇取起古鏡的同時卻突然喚醒了附身其上的遠古魔獸饕餮，陳輔為救靖仇，以畢生之功力化為冰絲將自己和魔獸封在洞中並讓靖仇盡快去雷夏澤尋找師伯公山先生以解救自己。
伏魔山腳，靖仇喚醒符鬼，獨身踏上坎坷人生路……
出了伏魔山，靖仇來到東北方的月河村， 但卻因為村裏即將舉行河神祭而無法去到北方的雷夏澤，無奈之下靖仇只能去到旅店暫且歇息，並遇到了滿頭白發的15歲女孩小雪。休息過後出旅店到對面的嶽大夫家知道今年他家的女兒被選中成為河神祭的祭品，出來回到旅店卻遇到小雪的弟弟小朔正在肯定老板救救小雪，原來小雪突然願意代替嶽大夫女兒成為祭品。老板愛莫能助，小朔氣憤之下離開旅店，靖仇出旅店在村子中找到小朔後答應他的請求解救小雪。
走月河村樹林去到月河河洞，壹路去到祭奠之地，但為時已晚，小雪已經被村人丟下河洞。靖仇沒有理會村人的譏諷，跳下河洞擊敗假冒河神的鮫魚精後救出小雪。可等兩人回到月河村的時候看到的卻是鮫魚精濫殺無辜村民的慘劇，雖然兩人合力再次擊敗了鮫魚精，但視小雪為掃帚星的村民卻無法容得下她，失去了親人的小雪只能隨著靖仇壹起踏上江湖……
來到月河村北方的雷夏澤，靖仇雖然見到了公山師伯，可惜師伯因為協助義軍而被宇文太師的'黃金劍（軒轅劍）'所傷，雖僥幸保住性命，但已無余力去解決師弟陳輔。還好公山夫人告訴靖仇只要找到另壹上古神?quot;神農鼎'，用其所煉之藥便能化去公山身上之劍氣，如果時間來得及，靖仇的師傅還能得救。但據說'神農鼎'已經落在了宇文太師手上，公山夫人建議靖仇不妨先去先前保管'神農鼎'的北方鮮卑族的拓撥部落壹探。（在雷夏澤可以和屋門口公山師伯的孫女公山夢玩猜數字遊戲，如果四個數字完全猜對則能得到'不老之泉水'，筆者得到的答案是3、5、6、0）
來到北方的黑山鎮，發現鎮上竟然都是女人，打聽之下才知道鎮人的男人都被抓去了充軍，而這兩天出現的隋兵竟然連男童都不防過，要將他們抓去殺死後以童子血給什麽郡主養顏，進客棧後靖仇聽到外邊有喧嘩聲，出去壹看正是隋兵在捕捉男童，靖仇正要出手相救之時，拓撥部落首領的妹妹拓撥玉兒出現將隋兵殺死，但隋兵首領高尉官忽然化身為魔將玉兒擊傷，靖仇遂出手相救。但討厭隋人的玉兒並不領這個情，倒是隨後趕來的玉兒的姐夫張烈（三郎）熱情相邀靖仇去客棧壹會，靖仇因此獲得了'神農鼎'的消息並決定和張烈（張烈會加入戰鬥隊伍）壹起去附近的隋軍軍營壹探究竟。
（在黑山鎮可以接下藥店老板女人的找尋九種花木的任務，此外如果和鎮口右邊門前有老頭的屋子中的小女孩猜拳獲勝的話，可以得到壹個翠玉金釵。）
離開黑山鎮後，壹行三人直接去到鎮外東面樹林中的隋軍大營，乘兵營首領司馬尉官去黑山鎮之機擊敗守衛的士兵解救下了被抓到那裏的男童。撲空的司馬尉官趕回後化身為魔，靖仇三人將其擊敗後回到黑山鎮，隨後靖仇便隨張烈去到黑山鎮上的大雁嶺拓撥部落所在地方打聽'神農鼎'的消息。
在月兒夫人的帳篷中見到玉兒，但她對隋人的敵意依然不消，出帳篷後張烈讓靖仇她們暫且在部落中休息，他自會派人去打聽消息，六天後消息終於來了，正當靖仇他們在大帳聽張烈講述神農鼎下落的時候，月兒夫人趕來告訴大家玉兒獨自壹人去劫神農鼎了，焦急之下張烈決定和靖仇壹起去找尋玉兒。
靖仇三人來到東南的蘆家渡，去到渡口，但因為皇帝在征妃子因此無法搭乘渡船，小雪覺得玉兒很有可能會被官兵抓起來關在渡船之上，三人決定將計就計，由小雪和靖仇扮成女娃，而張烈則裝成押解它們的士兵以混上傳。商定之後三人分開行事，張烈去找件隋兵衣服，而靖仇和小雪則去找找胭脂（紅色的花，就在渡口左邊的地上可以拾到）、烏蠻發簪（在劍師右邊屋內可以拿皮靴和小女孩換）、絲綢（拿鐵戒指和手鐲去和渡口屋內的老婆婆換，而所需要的東西都可以在渡口的雜貨郎那裏買到），然後三人在客棧集合完成偽裝後混上了船。
遵照士兵指示三人來到關押抓來女子的第二廂房，但卻沒有找到玉兒，反倒得知官兵將各處搜集來的銅器放在船底，三人去到去到那裏想看看究竟如何，但卻被韓公公識破，三人決定壹不做二不休，奪船自己開去大梁。奪到船，靖仇起了仁心折反回去將所有女子防走，如此壹延誤，韓公公又率著官兵回來，擊敗官兵並殺死韓公公三人駕船開往大梁。
下船進入大梁城（在城中可以和三個小孩玩猜謎遊戲，答案是小四），打聽消息後得知隋煬帝的龍舟艦隊停泊在此，而'神農鼎'就在龍舟上的某處，三人偷偷潛入龍舟進入放置'神農鼎'的艙室（要註意要乘士兵背對靖仇三人的時候行動才不會被驅逐出龍舟），而放置'神農鼎'的艙室就在第壹條龍舟的最東頭。進入艙室三人逼問進來的太監才知道真正的'神農鼎'已經被壹夥響馬給劫走，龍舟上的只是贗品。雖然神鼎依然下落不明，但靖仇三人決定先將玉兒找到，進入龍舟深處，從壹處柱子爬上龍舟大梁，壹直往東來到龍舟大殿正上方，下面正是尋歡做樂的皇帝楊廣，過了壹會（讓靖仇來回和小雪及張烈對話），發現喬裝成被侍女的玉兒中欲行刺皇帝，但卻被宇文太師給擊傷。靖仇趕忙利用鬼谷之術制作煙霧乘亂就走玉兒，幾人跳下龍舟後躲到江邊的廢物中，張烈因出來日子已久，必須要和靖仇他們分開，而玉兒則死活不願回部落，假借監視靖仇的行動為借口加入了靖仇和小雪的隊伍。而同時皇帝也已下令宇文太師帶上宇珂郡主去抓回刺客。
出江邊破屋後三人取道北邊的豆子坑，三人在鎮上打聽到奪取神鼎的響馬就紮營在豆子坑之後的魔王巖上，玉兒等不及要上魔王巖動手奪回神鼎，而靖仇覺得還是略事休息再動手不遲，三人進入客棧（與老板對話點菜），外邊傳來隋兵欺壓百姓之聲，去到外邊，解決了官兵之後結識了同樣因為路見不平，拔刀相助的程咬金和秦叔寶。
隨後去到魔王巖，三人決定偷偷潛入營寨，但必須從營寨旁邊的水路（要找到竹管子）或者藏身於進入營寨的運貨車之後才能潛入，回到豆子坑，答應和小孩子玩捉迷藏的遊戲，將藏匿於豆子坑場景內的所有六個小孩找出來便能得到竹管子；或者答應運糧的小葉的請求，幫他在豆子坑進入魔王巖的出口處找到他娘的香包他便會答應靖仇他們利用自己的貨車幫助他們潛入營寨。
註意：進入魔王巖的方法會直接影響到最後的結局，如果選擇從水中潛入，則最終小雪將無法和靖仇廝守終生；而如果選擇藏身於車中進入魔王巖，則玉兒將和靖仇天人永隔。
殊途同歸之後三人順利的潛入混世魔王程咬金的營寨，三人秘密潛入山洞內的密道，出外見到程咬金和秦叔寶，正為神鼎是否應該歸還之事爭執不下之時，衛兵來報官兵闖入將神鼎奪走，原來卻是宇珂郡主假扮宇文太師將神鼎奪走並嫁禍靖仇三人為奸細，程咬金大怒之下貿然出手，雖被三人擊敗但仍然不能釋懷，幸得秦叔寶從旁解釋方才作罷。玉兒為取回部落神鼎和程咬金約定十五日之內將神鼎取回並壹對壹擊敗程咬金。
離開魔王巖三人繼續往東取道東萊，六天過去了，依然沒有打聽到神鼎的消息，三人焦急萬分。三人在東萊西北的樹林中救下受傷男子齊二朗，並將起送回東萊老家，從其妻子田斥口中得知隋兵日前在東面的泰山紮寨並設下了壹個詭異的法壇。
三人幹掉守山的衛兵後硬闖上泰山山頂，沒有看見神鼎但卻發現壹個奇怪的陣法，正奇怪尖，隋軍將領韓騰與楊碩出現，後者祭起妖陣將山下的東萊城徹底毀滅，以東萊六萬人之生命換來壹顆萬靈血珠。三人出外將楊碩解決之後從他身上得到宇文太師的地圖和信，按圖索驥三人準備前往大梁追尋神鼎的下落。
去到河邊空地（在豆子坑的南方），三人決定奪下停泊在這裏的朝廷之船去大梁，闖上船後進入裏面艙室，打敗魚精化身的隊長後宇珂郡主突然出現解決了魚精並表示願意將船上的神鼎歸還給三人，為防有詐，三人商議之下決定先由靖仇壹人隨郡主去探個究竟。郡主很大方的將神鼎歸還給了三人，甚至連渡船也壹並送與他們，臨別之時還將壹只鈴鐺發簪送給了小雪，三人遂開船前往大梁。
（支線劇情：在去大梁之前可選擇開船到蘆家渡去尋找那裏傳說中的寶藏，寶藏的傳說分別對應如下句子：船到橋頭自然直；石中隱玉別有心；可遮陽避雨之物；五缶之中藏機巧。據此依次在橋頭、大石頭、貨郎的油布傘、地上的陶缶中依次尋找得到寶物地墊根。此外如果資助客棧前的商人靖仇他們也能得到寶物回報。）
到大梁，可以再次去和那三個小孩玩猜謎遊戲（答案為：呂公）。去藥材店買藥材除了鷦肉之外其余藥材都買到了，三人從藥店老板那裏打聽到大梁城外西邊山洞裏有鷦出沒，去到山洞深處，先玩壹個打鳥遊戲（射矛將空中飛行的三只小鷦打下），然後合力擊敗出現的鷦得到鷦肉。
回到渡船之上，用神農鼎煉好治療公山師伯的藥材後去到魔王巖履行玉兒先前與他立下的預定，而程咬金也已被秦叔寶說動決定歸降朝廷張大人，本無心再和玉兒再戰，但奈何不過倔強的玉兒，只得和秦叔寶壹起對戰靖仇三人，戰勝他們後玉兒算是理直氣壯的取回了神鼎。在山寨門口略壹商議，玉兒決定暫且不回部落，而是先陪靖仇、小雪壹起去解救陳輔師傅。
三人趕到雷夏澤，卻已完了壹步，師伯已經故去，問河邊垂釣老人得知師伯母帶著孫女去了大梁，折返大梁，在城中街道上找到公山夢，她把靖仇帶回家中，從師伯母那裏靖仇取得師伯的遺書，得知東海仙島上有壹仙人可敵饕餮。但如要出海，則必須先將渡船打造成海船，在隔壁找到船匠趙四打造出海船後三人揚帆出海……
大海之上，靖仇吹笛、玉兒彈起琵琶、小雪在旁梳發，這最好最美的回憶，將令靖仇壹生也無法忘卻！
海上，船被海鯨所吞，三人醒來時發現已經在魚肚裏了，往魚肚深處走去，突然遇到氐族戰士，戰敗他們，氐族女王出現阻止了爭鬥並邀請三人進入他們的王國。原來氐族人原是陸地上人，因為避難逃入大海遇到仙人指引而生活在仙獸巨海的獨中並得到了駐顏及長壽的能力，但不幸的是東海黑龍王因為年老而屢屢吞吃氐族人，氐族已經面臨生死關頭，女王請求靖仇他們去打敗黑龍王。三人答應了下來，乘上女王的小鯨魚向龍宮進發。
走出海星迷宮來到黑龍王宮，擊敗龍宮守衛和黑龍王後，玉兒因為想救死去的父母心切而中了垂死的黑龍王的妖言誘惑摘下了讓氐族人駐顏的崆峒印而釀下大錯。三人回到氐族，果然所有族人都已經垂垂老矣。同樣性格倔強的女王不肯接受真心悔過的玉兒的道歉，情急之下玉兒自毀容貌以謝罪。女王不想竟會發生如此慘事，唯有盡力彌補過失，親自帶三人去到仙山島尋找仙人。
上了仙山島後，因為玉兒的傷勢問題，三人慢慢前行，可即使這樣，玉兒依然高燒不起，情況非常的危險，幸好靖仇記起師傅曾經傳授給他草木圖鑒，按上面的藥房靖仇和小雪去百草澗尋找七種草藥（大都在澗邊上的石頭上和花木中），找到草藥，熬成藥讓玉兒服下後卻依然不見效。小雪提議不妨以神農鼎熬藥（需要再次取藥），但還是沒用，最後小雪效仿古人割下臂肉做藥引終於治好了玉兒的高燒。三人繼續前進，過百草澗來到對弈亭。
對弈亭靖仇他們遇到正對弈中的老仙翁和古月仙人，在旁苦等二日之後棋局終了，老仙翁讓三人先去天外村然翁居等候。去到那裏，靖仇請求古月仙人出手救助師傅，但古月先人堅持不涉塵事之原則不肯答應，只是指點靖仇需要找到百年地稔草方能治療目前玉兒之傷。因又入夜，老仙翁讓三人先住下，明天壹早再去尋藥，但半夜裏玉兒傷勢惡化，靖仇割肉熬藥並冒險上山采藥；而小雪則去到對弈亭苦苦哀求古月先人，他們的誠意終於感動了仙人，出手治療了玉兒的傷勢。古月仙人更表示如果想讓玉兒恢復容顏，則需要取得西母峰的血露蟠桃防入神農鼎中煉制方可。
（支線劇情：DOMO工作室就在然翁居之外左邊的井內，入內可接到找回十五名組員的任務。）
去到天外村邊上的西母峰，在西母峰要摘蟠桃之時卻遇到守護在此的刑天租擾，和他大幹壹場（劇情設定必須被打敗，因此不必浪費藥物）後落敗，卻原來是老仙翁的考驗，順利通過考驗後帶蟠桃回到天外村然翁居治好玉兒。更令他們欣喜的是古月仙人也答應了他們前去伏魔山搭救靖仇師傅。
去到對弈亭見到古月仙人，仙人讓他們去向住在海中建木的盤古巨神討得他的盤古方能行動，三人去到天外村西南海邊的莫支灘，乘上古月仙人的坐騎去到海中建木，在海中建木喚醒沈睡中的盤古，擊敗他的元神後得到盤古斧子。
回到對弈亭將盤古斧交給仙人，老仙翁以禦劍之法將眾人帶到伏魔山。
伏魔山山洞，古月仙人待靖仇救出師傅後，祭起盤古斧將饕餮送回它該在的地方。眾人回到天外村然翁居，古月仙人激出了小雪體內潛質，希望她今後能善加利用，救世濟民。
稍加休息後去到對弈亭找到老仙翁，方才知道原來他正是讓氐族人獲得不老青春的雲遊遊俠。老仙翁同意再度施法讓氐族人重獲青春，並讓靖仇他們先去氐族海中皇宮通知女王。眾人去到莫支灘乘上鯨魚去到氐族，卻得知宇文太師已經將崆峒印奪去。
回到然翁居，玉兒為了不讓神農鼎和崆峒印不被宇文奪走，建議不妨將這兩件寶物暫且交給仙人保管，但卻使靖仇師父因此而勃然大怒，更不顧身體尚未完全康復，獨自外出。三人出外尋找師傅，在莫支灘打聽到師傅?quot;大香菇'，去到對弈亭找到師傅。師傅壹定要靖仇保留下寶物，並且要搶在宇文之前找齊五樣神器，於是告別仙人，從老仙翁那裏得到盤古斧打開仙界傳送點後去到那裏回到人間。
去到人間傳送點下面的江都城，師傅累了，故此壹行先去客棧休息。客棧中，師傅再次發怒，三人只得出外在城中打聽消息。在城中橋上遇見白鹿精化身的算卦先生陸先生，他為靖仇算出伏羲琴在敦煌石窟、崆峒印在長沙並因可得貴人相助而探囊可得、而女媧石則飄忽不定。三人決定先去長沙，為此去到江都城西北面的杏山茅屋找陸先生的朋友喬岱娘為他們打開通往長沙的捷徑大禹水路。
（支線任務：江都城中橋上陸先生邊上的女子會要求靖仇為她尋找珍珠、喬岱娘會要求靖仇為她到長沙城買回瓊花種子。）
通過大禹水路後往西行到長沙，在長沙市集上見到寧珂郡主，郡主告訴靖仇宇文太師也已來到長沙，並已經開始奪取在南嶺鬼窟的女媧石和在河西沙漠的伏羲琴，不過他外出的時候把崆峒印留在長沙西北的兵營，只有兩個手下守護。郡主相約與靖仇他們裏應外合乘此機會奪取崆峒印。
去到隋軍大營，壹路闖到血陣前，宇文太師手下二虎將之壹斛律安出來迎戰（又是壹場必輸的戰鬥），斛律安擊敗三人，正欲痛下殺手之時卻因為喝了郡主的茶而力氣全失，不得不逃避，進入營寨內，擊敗另壹將軍上官震遠，上官震遠見勢不妙，從密道逃走，三人追入，通過機關重重的通道後在另壹頭看到已死的上官震遠（為郡主所殺），取得崆峒印後郡主送給靖仇三人通行武關的令牌並讓靖仇到京城大興郡主府去找她。
出密道回到江都後和師傅壹起趕往大興（過長沙往北過武關到大興），到大興去到郡主府（入城後西城門旁的街道上），和郡主對話後在郡主府住下，與宇文太師府（郡主府東面）得知太師所布下的血陣下壹個目標是長沙，趕回郡主府告訴師傅後趕往長沙救人。
（支線劇情：和大興城門口左邊的小孩對話去到城內利人市的比武擂臺，連續念25次天下第壹，如果沒錯的話可以在擂臺上找到提高靈力上限值的活靈芝；和擂臺邊上私奔的男女對話，並資助三千兩給男子提親可以取到他藏在洛陽某處的寶物；和市集山的小孩對話可以去尋找他們所說的藏寶，依次調查利人市酒店招牌--太師府匾額--利人市藥店旗幟--大興城樓大興牌額，可得到糖葫蘆；在客棧和孤女長孫燕兒對話可以設法幫助她；在大興利人市酒店中聽到奸商對話後去到郡主府在涼亭中可以找到綠色彗星碎片）
三人趕到長沙邊上隋軍大營，可惜仍然遲了壹步，血珠已成，靖仇三人直接殺入大營，但根本不是宇文太師之對手（戰鬥必敗），宇文太師以靖仇師傅為人質逼靖仇交出崆峒印和神農鼎兩樣寶物，無奈之下靖仇只得以緩兵之計求得三天時間。
三人趕到仙界（通過人間傳送點）然翁居向古月及老仙翁求助，但兩位仙人都不在，住了壹晚之後三人只得回隋軍大營以神器換回師傅。師傅雖然傷勢無大礙，但已無行動能力，三人只得先留下師傅休養趕去大興郡主府。
到大興郡王府內，從郡主口中得知真正的女媧石在巴蜀古王墓中並送給靖仇出關令牌，出大興城西南面關卡去到西面的巴蜀古王墓，誰料宇文太師手下虎將之壹斛律安也已到達，三人擊敗他後在佛像頂部取得女媧石，但卻被斛律安拼盡余力利用小雪身體不適之機奪得女媧石並傳送回宇文太師那裏。
回到郡主府，師傅也已趕到，因得知靖仇以神器交換自己而大發雷霆，靖仇三人只得和郡主去另外的房間商議，但小雪身體突然不適，靖仇和玉兒去請城內最好的宋大夫來為小雪治療。大夫為小雪下了藥之後，郡主帶領靖仇和玉兒兩人通過密道進入皇家藏寶室偷取神農鼎、崆峒印和女媧石，很順利的在最裏面的藏寶室取得三樣神器和虎符令牌後回到郡主府。小雪情況也好了些，但卻突然請求靖仇將神器暫且還給宇文太師，兩人不知小雪為何如此，但只當是她身體不適，並未放在心上。
翌日，小雪突然不見了，並帶走了神農鼎和崆峒印，只在她的屋內留下了女媧石和壹束白發，郡主得知後突然變得暴躁起來，讓玉兒和靖仇去大興城門以及玄武門打聽小雪是否出城，但兩處都稱並未見小雪出城，回到郡主府，又有使女來報小雪去了宇文太師府。於是靖仇二人趕到太師府，恰好聽到宇文太師要韓騰將軍率兵去靈武完成最後壹顆血靈珠。兩人連忙回到郡主府略作交代之後趕去靈武。
過長壽及萌下兩個關卡，走過迷津沙後去到北方的靈武，經過那裏趕到靈武城西北的隋軍兵營，兩人這壹次終於趕在血陣發動之前阻止了韓騰將軍，擊敗韓騰之後小雪突然手持軒轅劍出現阻止兩人破壞血陣，終於第六顆血靈珠也被煉成。並且兩靖仇自以為可以依靠的昆侖鏡也被'軒轅劍'擊碎，隨後韓騰攜小雪壹起離去。
兩人回到郡王府，郡主告訴靖仇說有條通往太師府的密道，可以前去設法取回神器，但靖仇又無心再與任何做對。
深夜，玉兒壹人在彈琵琶以遣愁懷，郡主出現以情誘動玉兒隨她去太師府密道找尋小雪。在太師府內玉兒找到小雪，方才知道原來宇文太師和小雪分別是昆侖鏡和女媧石轉世之人，而宇文太師以預見未來之能力預見了赤貫星之災，為此必須集齊琴鼎鏡石印五樣神器以補天之痕方才能彌此災禍。小雪不能離開太師府，留下書信給玉兒讓其告訴靖仇，但歸途中郡主突然現出魔頭真面目，突襲玉兒並栽贓給宇文及小雪使得靖仇誤以為真。靖仇不肯讓小雪替傷重的玉兒治療，只是聽其所勸將玉兒帶到仙界找古月仙人救治，無奈為時已晚，古月仙人趕到之時玉兒已無氣息，古月縱有回天之力也無法使玉兒復生，唯有替其做壹水晶棺材以保其身體及魂魄不散。
三日後，靖仇去到對弈亭，古月仙人聽了靖仇所述後勸其放棄與宇文爭鬥之心，因宇文目前幾已天下無敵，連古月也已不是他對手了。古月還告訴靖仇天界的伏羲宮殿中的天女白玉輪可使死去之人復活，但要登天，則必須集齊其他五樣神器方可。
靖仇收起放置玉兒之水晶棺後到對弈亭與仙人告別後回到大興郡主府，此時的靖仇心喪若灰，只想回到北方玉兒故鄉，師傅見靖仇如此，也不再勉強復國之時，唯有嘆息而已，而郡主見無計可施，也只有自己再謀他法。
往北方行的途中，靖仇和師傅在河道斷崖過夜，夜裏救下被匪徒所劫之居民後靖仇吹笛思人，巧遇李世民，兩人壹見如故並相約第二日在太原城門口相會。
翌日，在太原城門見到李世民，李帶兩人來到自家府邸，靖仇在那裏見到玉兒姐夫張烈和李靖。靖仇將所有之事盡皆告訴張烈後兩人決定壹起去找宇文太師算帳。張烈自稱從宇文義父那裏學到了針對其弱點的鬼谷道術，因此帶領大家先去雲崗石窟尋找可以與宇文想抗衡的寶物（似乎也沒有嗎！），在雲崗石窟，用汰玉如來放在頂端石窟的桌子上開啟天梯直通洛陽。
趕到通天塔，卻為宇文所施放的地龍陰火所阻無法入塔，三人只得先回到洛陽尋找李靖已取其去準備的寶物以破地龍陰火。在客棧遇到郡主後三人洛陽城門口遇到李靖，其後壹起去到張烈（虬髯客）在洛陽準備的虬髯客棧，張烈將十年來在中原經營積累全部交於李靖後與靖仇壹起趕去通天塔阻止宇文拓布陣。以龍獄破了地龍陰火之後入塔，去到高處遇到在此防衛的韓騰，將其擊敗後上到塔頂，宇文太師第壹次以十分之壹的力量和靖仇及張烈戰鬥失敗，為了順利施法不得已動用軒轅劍將靖仇擊敗（第二次戰鬥必敗）。正此其時，郡主突然出現以小雪為人質擾亂宇文心神，靖仇伺機擊倒宇文太師，郡主終於現出真面目，原來她原是西方撒旦之女魔將，如此處心積慮就是為了乘天狗蝕日，赤貫妖星劃破天界結界的機會讓西方魔界進入人間為禍。
千鈞壹發之時，小雪以軒轅劍的力量護送靖仇、張烈和自己三人躲入洛陽邊上的荒野山洞，幾天後，靖仇醒來方知原委，見大錯已釀成，決定去找仙人看是否還有挽救的辦法。
到天外村然翁居找到老仙翁，他也沒有辦法，但讓靖仇去莫支灘找古月仙人看是否會有解救之法。找到古月仙人，仙人指點出兩個方法，靖仇連忙通過傳送點去到凡間尋找已經失落的神奇和宇文拓。
通過魔界傳送（按次序先後從仙界依次打開的魔界傳送點行動）點分別去到殤魂塔擊敗千年狐貍精取得崆峒印和在蟄魂塔擊敗千年琵琶精取得神農鼎。去到通天塔，在門口遇到了程咬金和秦叔寶，原本想入內救出宇文拓和伏羲琴，但被魔界之火所阻，只有回到仙界向仙人討教。古月仙人再次陪同靖仇下凡來解決難題，古月將通天塔門口的魔火熄滅後眾人兵分三路，靖仇壹行去救宇文太師、古月去塔頂布陣、而李世民、程咬金等人則去破壞血靈珠。
靖仇三人在塔內找到宇文拓，卻被已恢復魔力的郡主所阻，擊敗她後，郡主雖是魔界中人，但卻為了情之壹字放棄了吃下撒旦魔果和宇文太師做最後壹搏的機會而死去。上到瘩頂，眾人按古月仙人的安排布下失卻之陣，以昆侖鏡（宇文太師）為核心發動陣法回到赤貫破天之前。古月為耗費了大量體力的宇文恢復精力之後，不顧靖仇師傅的呵斥，再次發動失卻之陣到達連接天界的虛無之門，眾人通過虛無之門最終到達傳說中的伏羲神殿。
眾人在伏羲神殿中見到了古月先前所說的可使死人復活的天女白玉輪之陣，靖仇不由生出了使玉兒復生的念頭，但如此壹來，則可能耗去已化為人形的昆侖鏡及女媧石的宇文和小雪的大量體力，有使他們在進行最後的失卻之陣時回復原形，而要再次投胎轉世，則需要壹個甲子的時間。孰去孰從，靖仇不禁進退仿徨……
這之後的劇情發展取決於之前的進入魔王巖的發方法，如果之前選擇潛水進入，則玉兒會在這裏復活；如果選擇藏身於車中進入，則玉兒不會復活。
之後去到伏羲神殿旁的赤貫星內，經過赤貫星中心之柱後進入赤貫星最深處將兩處光芒關閉打開開啟失卻之陣的傳送點，去到失卻之陣的布陣之地，布陣完畢，郡主卻又趕至，現出魔女原形，打敗她後。宇文拓念其在魔界世界中對自己的壹番情誼，遂答應魔女最後的要求，死後將她的靈魂帶回西方的故鄉，而古月也將其魂魄封入伏羲琴中，以使其再次轉世雖仍身出魔界，但已無魔心。正要發動陣法，突然發現有人在破壞赤貫星中樞之柱，為保陣法得以施法，靖仇三人趕往那裏，卻發現原來是受了魔女誘惑吃下撒旦之果的師傅在搗亂，逼不得已之下，靖仇只得與已化身為魔師傅為敵，最終雖戰敗了師傅，但師傅也已逝去，顧不得心中的悲痛，靖仇三人趕回失卻之陣，古月仙人祭起陣法……
天空白光閃過，天之痕慢慢補起。
大結局壹：
虛空中，靖仇忘卻了心中最惦念的師傅的記憶，突又見到小雪前來道別，小雪耗盡了最後的體力，實在無法繼續堅持，變回了原形，唯有在這最後的時刻祝福靖仇能和玉兒此生永遠幸福的在壹起；臨別之前，小雪用最後的能力將與師傅的回憶還給了靖仇，等眾人回到陸地上，小雪已經回復成了女媧之石……
天上壹日，人間十年。靖仇他們回到大地已是十年之後，隋朝戰亂已經結束，而天下也早已歸於李家（唐代）。
自此，靖仇與玉兒結為伴侶，終生在終南山後守護著女媧石與師傅的衣冠冢；而張烈找到在人間守侯他十年的月兒後，兩人雲遊天下，逍遙自在；宇文則自認罪孽深重，帶著獨孤郡主的靈魂前往西方，臨別前將軒轅劍與靖仇之煉妖壺交換以作紀念……
人間有情、更勝天道！六百年後，終南山靖仇夫婦墓前，常常會見到壹白發勝雪之仙子，飄然而至，在兩人墓前垂手供花……