文物保護同樣是該所的工作重點.早在1964年，我們就意識到文物保護的重要性，從當時的成都大學化學系引進壹批大學本科生，籌建文物保護隊伍，並於上世紀70年代末陸續建立文物保護化學實驗室、青銅器修復室；80年代建立文物保護技術隊，90年代正式建立文物保護中心。同時所裏還設有古建石窟研究設計室和文物技術修復室，與文物保護中心***同承擔文物保護任務。多年來在國家文物局和省內各主管部門的支持和關心下，我所文物保護工作成績顯著，碩果累累。
在青銅器文物保護修復技術方面，我所專業技術人員經過長期的研究試驗，在繼承傳統技術的基礎上，采用新的工藝、工具和材料，根據其年代、種類、質地、破損和腐蝕程度的不同，分別采用相應的保護修復方法。如三星堆出土的大批青銅大面具、大立人、神樹，以及漢代搖錢樹等20余項，恢復了原貌，得以長期保存和向世人展示。在石質文物保護研究方面，先後承擔主持完成100余項全國重點或省級文物保護單位樂山大佛、雅安高頤闕、綿陽平陽府君闕、成都王建墓等石質文物的地質勘探、方案設計和保護工程。
該所的青銅器文物保護專家在繼承青銅文物傳統工藝修復技術基礎上結合現代科學技術,總結出了壹套適合本地域青銅質地文物保護修復方法，先後在三星堆出土青銅神樹、神壇、大面具、大立人，彭山出土漢代搖錢樹等修復工作中廣泛應用，其精湛的工藝受到國內外同行的高度評價。在青銅器文物保護研究中，運用現代科學技術，先後在巴蜀青銅器成分分析、巴蜀青銅器鑄造工藝、銹蝕機理、封護加固材料、保護工藝等方面進行了長期不懈的探索，取得了可喜的成績，其科研水平在西南地區首屈壹指，在國內外也具壹定影響力。
石質類文物保護方面，該所專業技術人員在調查勘探、保護技術、材料研究、工程設計施工以及效果檢測諸多領域內，都取得了令人矚目的成績。如：專業技術人員根據四川氣候特點，經過較長時期的研究和多次試驗，選用了以有機矽樹脂和防水劑3號為主劑，以鈦酸丁酯和三乙稀四胺為助劑組成的MSG-8石質文物防風化材料，在大足寶頂石窟和北山石窟、廣元千佛崖和皇澤寺、安嶽臥佛院藏經洞、巴中南龕石窟、新都桂湖龍藏寺碑等多處石質文物封護加固工程中應用，效果較好。《MSG-8古代風化巖石雕刻品封護加固材料》的研究獲文化部1985-1986年度文化科技成果三等獎。以糠醛-丙酮作稀釋劑，采用潛伏性固化劑-酮亞胺，再添加其它助劑的改性環氧樹脂漿液，在飽水狀態下石窟裂隙的灌漿補強和堵水中起到了良好作用，在重慶大足北山136窟防滲加固保護工程中得到了應用，取得了令人滿意的效果，該成果《潮濕環境下石窟、圍巖裂隙灌漿補強材料的研究》獲文化部1983-1984年度文化科技成果二等獎，1987年獲國家科技進步二等獎。聞名於世的樂山大佛，由於千百年的自然風化和人為損壞，已經是病害累累，如何綜合治理已成為文物保護界和社會各界十分關心的大問題。由我所主持完成的《治理樂山大佛的前期研究》成果，為樂山大佛的科學保護提供了全面、準確的基礎資料，該成果亦獲1992年度國家文物局科技二等獎。