《黃金瞳》大結局如下：
所有的犯罪分子都被繩之以法，流失的文物也被找回來了，而莊睿準備做手術取出腦部的碎片，徹底放棄黃金瞳，不過他的朋友們都替他可惜。
結局中，莊睿很快就要進行手術了，他並不知道，德叔其實沒有死，而是在小島明子的幫助下逃出去了。他還準備接受移植玉目碎片的手術，企圖用這種辦法來獲取黃金瞳。
故事的最後，所有的犯罪分子都被繩之以法，流失的文物也被盡數找回。不過德叔依舊在逃亡途中，生死不明。
劇集評價
《黃金瞳》憑借著獨特的鑒寶題材、錯綜復雜的人物糾葛和緊張燒腦的精彩劇情，以劇情推動傳遞大道理，正能量與正面價值觀並存。圍繞著古玩、玉石，勾勒出壹幅蕓蕓眾生相，通過莊睿與德叔對“黃金瞳”的不同態度與決定，不僅層層剖析了人物的多樣性，還犀利聚焦人性的善與惡。（鳳凰網娛樂評）
《黃金瞳》通過有趣的劇情與好玩的臺詞，以壹種寓教於樂的方式科普三河劉、唐三彩、雙鳳渦紋壁等文物，將專業性與娛樂性盡量融為壹體，使該劇擁有傳統文化的內涵，也讓古玩知識變得通俗易懂，中國傳統文化也能以壹種輕松的方式傳播出去。（人民網評）