其實清朝壹直對蒙古人很警惕，因為蒙古很強大。看看蒙古人的祖先成吉思汗，就知道蒙古人的血液裏有不屈的靈魂。蒙古人身體強壯，軍事力量也很強，甚至對抗清朝也不會落後。
滿族首領不傻。為了限制蒙古的發展，他們限制了很多通往中原的關隘。他們要去中原，只有從山海關和喜峰口走，還要從這裏登記。就是不讓蒙古人和漢人來往，滿人能得天下，離不開漢人。比如吳三桂，滿人能入關，多少是離不開吳三桂的。滿清隔絕了蒙古與漢族的交往，使蒙古始終落後。
另外，禁止蒙古人學習漢人的文化和禮儀，目的是防止蒙古人對漢人的文化產生好感。當時清朝還禁止蒙古人使用漢人的名字，公文不能用漢文，只能用蒙文和滿文，也不允許與漢人通婚。漢人去蒙古做生意，要在規定的時間回來。
到了清朝，各地都在發展，唯獨蒙古落後，壹直處於遊牧狀態。生活還是和以前壹樣，沒有什麽發展。清朝的統治者也在蒙古修建了許多喇嘛廟。喇嘛廟越多，僧侶就越多，這使他們癱瘓，更容易管理和統治。還頒布了壹項計劃生育計劃。如果壹個蒙古家庭有五個兒子，其中兩三個必須出家。
和尚出家後，不能結婚生子，所以人口大大減少。
又因為明末清初蒙古不再強大，四分五裂，實力大減。明朝大將李數次東征，把他們打得落花流水，而建州八旗統壹了女真各部後，實力倍增，逼蒙結盟也是順理成章的事情。
清朝建立後，他們擁有了以前無法想象的巨大人力物力，但作為盟友，蒙古各部還是各自為戰，所以即使反抗，也成不了氣候。壹是清朝初年，蒙古還處於分裂的狀態；第二，畜牧業是蒙古的主要經濟來源，以格爾丹為代表的草原爭奪大大削弱了蒙古牧民的戰鬥力；第三，對葛爾丹草原的爭奪排擠了大量的小部落，這些小部落投靠了清政府，使得清政府更加細致地了解蒙古內部的利益，並對其進行了逐壹劃分；