鹹平四年(1001年)，李雲邀其奏書，並賜詔，解經、釋義、錄史、寫玉器，建湘西書院。北宋開寶九年(公元976年)，潭州太守朱東在嶽麓山下的黃豹洞附近正式建立嶽麓書院，原是僧人辦學校的地方。北宋時期(1008-1017)，嶽麓書院進入北宋鼎盛時期。大中祥符八年(公元1015年)，宋真宗親自召見山長石舟，表揚了石舟的興學，並親筆題寫了嶽麓書院的匾額。迄今為止，明代嶽麓書院的石刻是宋真宗的手跡。在石舟的領導下，嶽麓書院在學生數量和書院規模上都取得了長足的發展，成為世界四大書院之壹。關於“四院”眾說紛紜，但各派推崇的只有嶽麓，體現了古代文人對嶽麓的推崇。
宋初，嶽麓書院被戰火洗劫壹空。乾道元年(1165)，湖南安福派譚智府柳永重修嶽麓書院。他還聘請了著名理學家張騫的主教魯玉娥，進壹步加強了嶽麓書院在南宋的教育和學術地位。張騫主教時期，辦學的指導思想是反對科舉之學，培養傳道授業解惑的人才，培養了吳烈、趙方、尤九言、陳奇等壹批優秀學生。乾道三年(公元1167年)，朱拜訪張騫並與之座談，舉辦了歷史上著名的“朱講學”。來聽講座的人絡繹不絕。當時人們形容為“壹時車馬，飲水池水盡。”這次講座也促進了宋代理學和中國古代哲學的發展，所以它不僅是長沙的壹件大事，也是中國古代文化史上的壹件大事。大道五年(1169)，張學兗州，表舉為書院之首。
朱講學後，嶽麓書院的名聲遠播。元代理人吳澄在《重建嶽麓書院》壹書中說:“從此嶽麓成了嶽麓，不是從前的嶽麓了！”邵熙五年(1194)，朱在嶽麓講學27年後，被任命為湖南使節，再次來到潭州，改組嶽麓書院，頒布書院條令。經過他的整頓，嶽麓書院再次進入繁榮時期。執事淳祐十年(1246)，李宗賜匾“嶽麓書院”，並未在書院南面的湘西建細宅。1275元兵攻打長沙，嶽麓書院被放火。嶽麓書院數百名學生參戰，大部分在城破後自殺。元統治者統壹全國後，大力推動書院的恢復和發展。潭州大學創始人劉必達主持重建嶽麓書院，荒廢僅10年的嶽麓書院開始復興。1314(燕元年)劉安仁再次掌管大修。元末再次爆發戰爭，嶽麓書院於1368年(鄭錚十八年)毀於戰火。明初，朱元璋推行“以教育為先，教育立校”的治國方針。重視地方官學的復興，而不是提倡書院教育。國學腐朽，嶽麓書院沈寂百余年。成化年間(1465-1487)，書院開始逐漸恢復。1432年(宣德七年)，嶽麓書院最早的修復是由民間集資推動的。1469年(成化五年)，長沙知府彭倩再次復興書院，但不久即被廢止。1494年(弘治七年)，長沙府判陳剛最終將嶽麓書院恢復原貌。自明代宣德以來，嶽麓書院的主體建築經過陳剛、楊茂元、王韜、吳世忠等地方官員的多次修繕擴建，第壹次集中在中軸線上。主軸延伸至湘江西岸，再延伸至嶽麓山山頂。有亭臺樓閣，在中軸線的壹側建立了壹座文廟，形成了書院歷史上的壯麗景觀，亭臺樓閣與山水相映成趣。書院講學、藏書、祭祀三大功能得到充分恢復和發展，奠定了現存建築的基本格局。
1507年(鄭德二年)，陽明心學大師王守仁來嶽麓講學。王守仁及其弟子在嶽麓書院講學，是南宋繼湖湘學派之後的又壹次重要辦學活動，並帶動了嶽麓書院的又壹次學術熱潮。
1509年(鄭德四年)，道士吳世忠拆毀道林寺，擴建書院。
1643年(崇禎十六年)，張部隊攻打長沙，與明朝官軍激戰，書院在混戰中被毀。
自明代宣德，嶽麓書院毀於元代，明代宣德七年(公元1432年)復建。經過成化五年(公元1469)、弘治七年至九年(公元1494-1496)，基本建成。這壹時期，嶽麓書院的主體建築經過陳剛、楊茂元、王韜、吳世忠等地方官員的多次整修擴建，首次集中在中軸線上。主軸延伸到湘江西岸，再延伸到嶽麓山頂。有亭臺樓閣，在中軸線的壹側建立了壹座文廟，形成了書院歷史上壹幅亭臺樓閣，相向而立，山水相融的壯麗景觀。書院講學、藏書、祭祀三大功能得到充分恢復和發展，奠定了現存建築的基本格局。
明代嶽麓書院的學術研究仍以朱為基礎。明代鄭德九年(公元1514年)，《嶽麓書院誌》第壹次修訂，嘉靖、萬歷、崇禎三次修訂。繼鄭德之後，王陽明及其弟子來到這裏講學，傳播心理學。嘉靖九年(公元1530年)，明世宗在嶽麓授予程顥視、聽、言、行“壹諺敬”和四諺敬，加建壹尊亭，後改名四諺亭。明末，高士臺和林東學派嶽麓書院的學術傳統得到了重新發展。清朝初期，朝廷采取了抑制書院的政策。1652年(順治九年)下令:“各官督要引教官，生儒，確保平日所學經典、書籍合理、實用、實用。不要開辦書院，聚集弟子，號召本地無所事事的人，真正講廢業。”但實行了幾百年的書院制度，社會影響深遠，修復書院的呼聲越來越強烈。就在順治皇帝下令各地不得創設書院的那壹年，湖南巡撫彭毓豐聘請長沙府攸縣學生劉梓主持嶽麓教學，並未受到懲罰。
隨著統治的日益鞏固，順治末年對書院的抑制政策開始放松，隨後在康雍年間實行扶持鼓勵政策。1668年(康熙七年)，巡撫周下令重建嶽麓書院，基本恢復了原有規模。1674年(康熙十三年)，吳三桂發動三藩之亂，攻克長沙，剛修了四年的嶽麓書院壹時沖動被毀。1684年(康熙二十三年)，巡撫丁再次重修嶽麓，設數百畝火場，疏章兩處，請求禦碑。1687年(康熙二十六年)春，康熙帝題寫“學達天道”。
清廷為褒揚嶽麓書院的辦學成就，先後授予“學達天界”、“學南界”等稱號，並贈唐、書籍，將嶽麓書院列為省城書院。在政府的大力支持下，辦學規模進壹步擴大。順治初年，書院繼續辦學。雍正十壹年(公元1733)，命嶽麓為省立書院，賜款子1200元。乾隆八年(公元1743年)賜禦書《道南正脈》，以褒揚嶽麓在傳播朱理學方面的貢獻。後來，湖南總督和其他地方官員多次為該學院撥款。同時，大量有聲望的學者被聘為山區領導人。乾隆後期至嘉慶、道光年間，書院建設進壹步發展。在27年的時間裏，羅甸和歐陽侯軍建立和修復了數十所古代書院。學院的經營蒸蒸日上。
1744年(乾隆九年)，乾隆皇帝將禦書《道南正脈》贈嶽麓，嶽麓書院在全國的重要地位再次得到肯定。乾隆後期至嘉慶、道光年間，書院建設進壹步發展。在27年的時間裏，羅甸和歐陽侯軍建立和修復了數十所古代書院。1745年(乾隆十年)，巡撫楊希茂撰《嶽麓書院規》。1748年(乾隆十三年)，山長王文清撰寫了《嶽麓書院學規》。1782年(乾隆四十七年)，羅店任院長，創作《嶽麓山八景》，建有多處建築。清代嶽麓書院主要教授理學和國學。清道光十壹年(公元1831)，湖南巡撫吳榮光在嶽麓書院創辦響水學派經堂，以學史、務事、撰章考士。
1833年(道光十三年)，巡撫吳榮光仿海棠制，在此設立響水學堂京商，開創了湖南書院教學改革的先河。1852年(鹹豐二年)，太平天國軍隊進攻長沙，嶽麓書院毀於戰火，史稱“書院毀於壹半”。後來，丁善青院長帶領學生捐款，並陸續修復。1868年(同治七年)，巡撫劉琨主持大規模修建。清末，魯玉娥順應歷史潮流，開設翻譯學、數學等科目，增設時事和西學書籍，進行教學改革。光緒元年(公元1875年)，嶽麓書院遷至長沙南部。後來又重新選址，換了壹所名校。使其成為漢學研究的重要場所。清末維新變法思潮興起，書院也開始傳播新學，影響很大。清末實行新政，取消書院，清光緒二十九年(1903)在湖邊建嶽麓書院。
湖南省南部巡撫趙爾遜作為湖南高等學府被撤銷(長沙石室學堂創建於1897，1899改為秋實書院，1902改為湖南省立大學堂，1903與嶽麓書院合並，組成湖南高等學府)。1912年，湖南高等院校被勒令停辦，工科生被送到湖南高等工業學校和湖南高等師範學校繼續深造。同年，湖南師範大學奉命遷入。民國四年十二月，《湖南師範大學第二建制誌》載:“湖南師範大學即嶽麓書院。”(第2頁)。1917年，湖南師範學院被勒令停辦，並入武昌民族師範學校。同年，湖南公工業學院遷入，接管了原湖南師範學院的全部學校產品和部分教師。1926年，湖南工商政法三所專科學校合並，湖南大學正式成立，以嶽麓學院為第壹醫院，新建校舍為第二醫院。65438-0937年，省立湖南大學被國民政府教育部設立為國立湖南大學。
1938年4月，日本戰機轟炸湖南大學校園，嶽麓書院部分建築被毀。1941年4月，日機再次轟炸湖南大學，嶽麓書院帝國書店、半學齋、靜逸齋全部被炸塌，文廟大成殿、孔子塑像被毀。抗日戰爭勝利後，嶽麓書院的部分建築得到修復。
1953，全國院系調整，湖南大學撤銷。在湖南大學舊址上，以原湖南大學土木工程系和基礎教育部為基礎，合並其他高校相關院系成立中南建築工程學院。1958，中南建築工程學院擴建後更名為湖南工程學院。1959年，國務院正式批準湖南工學院恢復為湖南大學，增設文理兩科，設置12個系，重新定義了壹所文理結合的綜合性大學的發展模式。
1981年，嶽麓書院開始了大規模的修復工程，1986年，10年，經過五年的大修，嶽麓書院正式對外開放。湖南大學先後在這裏成立了文化研究院和下屬學院(稱嶽麓書院)，招收歷史、哲學專業的本科生、碩士生和博士生。嶽麓書院歷史上歷經多次戰亂，七毀七建。現存的主要建築是清朝的遺跡。自20世紀以來，經過幾次大修，壹些被戰爭摧毀的建築得到了重建。
甲午中日甲午戰爭後，維新運動興起，要求廢除科舉，發展學校。光緒二十三年(公元1897年)創辦湖南石武學堂，後更名為秋實書院、湖南大學堂。光緒二十九年(公元1903年)與嶽麓書院合並，成為湖南高等教育學院。湖南省優秀師範學校創建於1907，以培養初、中學教師隊伍為宗旨。辛亥革命後，學校改為學堂。1912年，湖南巡撫譚最早籌劃創辦湖南大學。1912年，湖南高等師範學校遷至嶽麓學院，更名為湖南高等師範學校。1917，籌備機構成立。1926 1、省政府頒布《湖南大學組織暫行條例》，任命李代臣等十人為校行政委員會委員，李代臣為主席。2月1926，1，湖南理工學院、法學院、商學院合並組建省湖南大學，嶽麓學院門口掛著校名牌匾，嶽麓學院的校舍為第壹醫院。1937年7月，國民政府明確將湖南大學由省立大學改為國立大學，任命皮宗師為校長。有藝術、法律、科學、工程和商業五個學院。之後經歷了抗日戰爭的搬遷復學。中華人民共和國成立後，辦學規模擴大。2月2日，中央人民政府任命李達為湖南大學校長。1950年8月，毛主席應李達校長之邀，書寫湖南大學校名。1953系調整為中南建築工程學院，1958改為湖南工程學院，1959更名為湖南大學。65438-0978，國務院確定湖南大學為全國重點大學。
嶽麓書院致力於將自身建設成為培養高層次國學研究和教學專業人才的基地，具有深厚歷史文化底蘊和現代學術研究條件的高端學術平臺，具有國際影響力的中外學術文化交流中心和壹流國學之鄉。