年羹堯被殺有三點原因。
第壹，擅作威福。年羹堯自恃功高，驕橫跋扈之風日甚壹日。
第二，結黨營私。當時在文武官員的選任上，凡是年羹堯所保舉之人，吏、兵二部壹律優先錄用，號稱“年選”。他還排斥異己，任用私人，形成了壹個以他為首，以陜甘四川官員為骨幹，包括其他地區官員在內的小集團。
第三，貪斂財富。年羹堯貪贓受賄、侵蝕錢糧，累計達數百萬兩之多。
他運籌帷幄，馳騁疆場，曾配合各軍平定西藏亂事，率清軍平息青海羅蔔藏丹津，立下赫赫戰功。
年羹堯自恃功高因而驕橫跋扈。
他得到的獎賞夠豐厚，官至四川總督、川陜總督、撫遠大將軍，還被加封太保、壹等公，高官顯爵集於壹身。
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公元1725年（雍正三年）正月，雍正對年羹堯的不滿開始公開化。年羹堯指使陜西巡撫胡期恒參奏陜西驛道金南瑛壹事，雍正說這是年任用私人、亂結朋黨的做法，不予準奏。
三月，出現了“日月合璧，五星聯珠”的所謂“祥瑞”，群臣稱賀，年羹堯也上賀表稱頌雍正夙興夜寐，勵精圖治。但表中字跡潦草，又壹時疏忽把“朝乾夕惕”誤寫為“夕惕朝乾”。
雍正抓住這個把柄借題發揮，說年羹堯本來不是壹個辦事粗心的人，這次是故意不把“朝乾夕惕”四個字“歸之於朕耳”。並認為這是他“自恃己功，顯露不敬之意”，所以對他在青海立的戰功，“亦在朕許與不許之間”。
接著雍正更換了四川和陜西的官員，先將年羹堯的親信甘肅巡撫胡期恒革職，署理四川提督納泰調回京，使其不能在任所作亂。四月，解除年羹堯川陜總督職，命他交出撫遠大將軍印，調任杭州將軍。
年羹堯調職後，內外官員更加看清形勢，紛紛揭發其罪狀。雍正以俯從群臣所請為名，盡削年羹堯官職，並於當年九月下令捕拿年羹堯押送北京會審。十二月，朝廷議政大臣向雍正提交審判結果，給年羹堯開列92款大罪，請求立正典刑。其罪狀分別是：大逆罪5條，欺罔罪9條，僭越罪16條，狂悖罪13條，專擅罪6條，忌刻罪6條，殘忍罪4條，貪婪罪18條，侵蝕罪15條。
雍正說，這92款中應服極刑及立斬的就有30多條，但念及年羹堯功勛卓著、名噪壹時，“年大將軍”的威名舉國皆知，如果對其加以刑誅，恐怕天下人心不服，自己也難免要背上心狠手辣、殺戮功臣的惡名，於是表示開恩，賜其獄中自裁。
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