最積極支持忽必烈汗的族長是塔察兒，他是成吉思汗的弟弟莫·金池的孫子，生活在東道主的諸侯中間。因未能攻宋，受到蒙哥可汗的嚴厲斥責。早在局勢還相當微妙的時候，忽必烈就派廉希賢到部隊前方，與塔察兒交好，相約“若往開平，當首推而穿，不做他人前事”這是塔察兒今後“打頭陣”的最關鍵壹招，從而誘使在場的其他皇族“紛紛勸說”。組合詞提拔的君王還包括樊氏(河紮爾孜)、呼拉胡爾(合赤溫的孫子)、何丹(窩闊臺子)、阿吉吉(察合臺的曾孫)等。此時，壹度滯留漢軍的蒙古兄弟阿祖泰已經投了北投的阿裏不哥，沒有參加會議。
次月，忽必烈頒布了上諭。聖旨明確宣示:“就是今天，祖宗變通。”表明了新政權利用中原王朝的傳統制度來改變“缺乏民政”局面的決心。次月，新政權由元朝開國統壹，更加明確地強調了新政權作為中朝正統、“天下壹家”的地位。
建國之初，最早的新行政機構是燕京道宣慰司，主管中原和漢朝的政治事務。隨後的壹個月，王文同、趙弼被任命為中書省的官員，但此時的“中書省”似乎還不是國家正式的中央機構，其組織體系也極不完整。相反，燕京宣威部的傅玄部是逐漸創建起來的；不久，又進壹步完善為十路宣傳福利部建制。掌管各宣傳部門的官員多為漢族(包括居住在中原的契丹人)出身的政治家，少數為漢化程度較高的色目人，如廉希憲、賽典赤等。統壹中國元年七月，燕京宣威司升為燕京中書省，王文同、趙弼領路中書省省事。實際上承擔了當時朝廷臨時行政中心的職能。中國統壹的第二年，敦促南宋履行鄂州城下之盟，遷至宋三省，以燕京行中國為書省的名義頒布。
與此同時，忽必烈毫不猶豫地著手招募和組織忠於他的精銳部隊，保衛可汗，保衛北方各地，特別是燕京、開平壹帶的心腹地區。由於蒙哥的畏學軍大部分在北歸後都留在了漠北，忽必烈在躲進宿衛的基礎上迅速擴充重建了可汗的畏學軍。此外，他還多次征集全國各地的士兵，很快組建了侍衛親軍，保衛京畿。親衛隊的頭頭是董文兵等將領，是跟隨他多年的親信。建國之初，“雖解當前之急，外兵未除”(《元史·始祖第壹世紀》)。為了防備阿裏布格，朝廷緊急下令“各路人馬壹萬，送往開平府”和“趙燕菁、西京、京三路宣布，公司將運送十萬石大米”到大漠以南，很快就完成了守衛大漠南緣，伺機渡漠遠征的戰前部署。為了集中力量先征服阿裏不哥，忽必烈在統壹的前兩年對南宋的毀約也采取了極其克制的態度。雖在蒙宋交界，但他“設江淮、江漢兩任總督，李超在東，開府利都；西澤、開福登州，與宋揚州、襄陽是兩個帥角。但他的意圖只是在鎮邊，並不急於攻打宋朝。國鑫特使郝靜被拘留，但他派了壹名官員來盤問；宋代私商禁止跨境貿易，“令其行，退其貨，聽其行”；甚至在南方將士急於作戰，“皆是求軍攻南”的時候，忽必烈也不過是壹紙空文，謊稱“秋高馬肥，水陸相隔，以為是犯上之舉”以慰軍心。
忽必烈在漠南搶先登基，徹底打亂了阿裏巴巴的預謀。後者不得不趕在1260年夏天，在他夏天駐紮的阿勒泰山，召集留在漠北的諸王召開大會，並在會上被封為大汗。出席會議的有察合臺的兒子哈拉旭烈兀的遺孀呼乃非子、察合臺的兒子阿魯胡、窩闊臺的兒子赤爾赤(河旦子)、海都(河子)、的兒子李失和他拉查爾、芒戈的兒子阿祖臺和玉龍失答、塔查的兒子臺、別勒古臺的兒子等。這樣就出現了兩個大汗競爭的局面。看起來阿裏巴巴這邊很少有有影響力的東道主國王，但他得到的西方國王的支持比忽必烈多。雖然西亞皇帝的弟弟徐烈武和當時創立伏爾加河流域的巴都皇後比爾兄弟態度曖昧，但為徐烈武留守漠北的兒子堯姆胡爾最初是支持阿裏布格的。比爾格制造的錢幣上刻有阿裏的名字，說明欽察汗國在失敗前壹直認為只有阿裏的哥哥才真正代表蒙古汗的制度。
成吉思汗各直屬分支國王的政治態度對忽必烈相當不利。為了改變這種局面，忽必烈先是派支持自己的察合臺的阿濟濟大哥王阿比蓋爾趕赴西北，企圖控制察合臺烏魯的政局，使之與中原勢力成為壹隅，控制漠北。阿比西哈壹行在經過河西時被阿裏巴巴兄弟的軍隊截住，察合臺的烏魯斯落入阿裏巴巴兄弟派出的阿魯胡手中。很快，阿魯胡、徐烈武逐漸與阿裏不哥鬧翻。忽必烈抓住機會，在明確承認各自勢力範圍內既有權益的條件下，贏得了他們的支持。他宣布，中國當歸許列武統治著從阿姆河到馬穆魯克邊境的塔吉克地面，阿魯胡守衛著從阿勒泰山到阿姆河的土地。至此，除了已經瓜分了欽察草原、突厥西部和河中央的術赤女王之外，波斯和呼羅珊也正式脫離了可汗直接擁有的土地，成為了中央可汗的諸侯國。建國次年，忽必烈與西域道王的關系基本和好，使他得以全力對付阿裏不哥。
1260年秋，阿裏巴巴兵分兩路，南下。東路軍在旭烈兀孜堯姆胡爾和術赤後王海拉察爾的指揮下，穿過沙漠，從森林向南進軍。由阿蘭達爾率領的西路軍直指六盤山，旨在迎擊從四川前線撤退進攻宋朝的蒙古主力。蒙哥死後，這支軍隊由阿祖臺控制，阿祖臺到漠北後，壹直由阿裏布格的將軍渾都海和哈拉布華控制。阿裏不哥的左翼軍隊以王宗為統帥，直接威脅到漢朝的政治經濟中心燕京。因此，忽必烈親自領導了這場叛亂，並以樊氏戈和納內赫丹(作為合赤溫的孫子)為其前線。移相哥軍打敗了堯姆胡爾和海拉察爾，阿裏布格很難繼續和睦相處，急忙趕回他繼承的拖雷。忽必烈大概是順著鐵力的大路，順利進入和林的。大約是那年的初冬。當時的森林城廢墟大概還挺嚴重的，所以忽必烈到達後不久，就南下到了王吉河(今翁金河)的冬令營，想著休息壹下。怕忽必烈乘勝追擊，阿裏哥假意派使者去求和，說等馬力恢復壹點再去闕道歉。忽必烈對漢朝政局深感憂慮，於是留在了十甫閣鎮漠北，冒著嚴寒返回南方。
南指六盤山的西路軍雖然是壹個偏師，但是影響了川、川、關山，使那裏的局勢又緊張起來。原來，早在連希賢奉命宣京兆、四川時，他就在六盤山駐軍、侍候渾渡海，企圖聯絡阿裏巴巴兄弟派往關中的劉太平、霍魯懷，以及與阿裏巴巴兄弟關系密切的川蜀將領。廉希賢主動殺了劉太平和霍祿懷，又不肯用秦公師侯王氏的弱軍堵住渾海。"但是，虛張聲勢是到不了東方的."渾都海真的中了圈套，“聽說京兆有備，於是西渡渡河，向贛州進發”，采取了“重裝北迎林”的最惡劣政策。關山的危險被安全解除。然而，當阿蘭阿爾在北返途中，舉兵與渾都海會師時，軍隊又折回到東方，派人與甘肅、四川的將領約好。當時民不聊生，朝臣甚至有放棄兩江退守興源的想法。兩軍初遇，朝廷先敗，使“河權地震”愈演愈烈。此時忽必烈增補的王(窩闊臺子)、哈比比(和合爾孜)等將帥與王、巴春“合力西征，大敗之，略擒之。”阿蘭達爾和渾杜海被俘並被殺。冠龍穗安
中國統壹後的第二年二月，燕京奉命出省，所有傅玄使節北上開平面見國民政府。三月底，燕京省的官員結束了在開平的工作。今年夏天，朝廷除了查錢谷、充實省部、利用補充經費外，還為中央和地方制定了許多具體的行政規定。自從行政中心調整擴大後，更明確地分成兩隊，石、等人留在中間，和廉希賢省事。秋天，他還任命了壹名高級農業官員和十名農業顧問。“使者都是從故國的老人、紳士、長者中抽調，親自到田間地頭，教他們樹藝”。
兵敗而遠的阿裏布格，安息在吉利基斯；到了1261的秋天，我恢復了壹點，從派遣部隊過來。他事先派了壹名使者到樊氏兄弟那裏，謊稱要帶領許多人回去，這使得樊氏兄弟沒有防備，因此突襲成功了。移哥軍散，臨城又降。10月，忽必烈率領魯和蒙古諸王再次北上。兩軍在過去的西部相遇，阿裏布格因為部外部隊的潰敗，首先撤兵。阿祖泰率領的後續部隊趕到後，阿裏兄弟又回到部隊繼續戰鬥。其右翼大敗，左右兩翼與忽必烈的軍隊激戰至夜晚。雙方自然領兵回防，在大白南緣對峙。那年冬末，忽必烈師歸，“上諭撤回所駐駐軍，民簽新軍”(《元史·始祖元年》)。形勢似乎有所緩和。1262年，駐紮在和林的阿裏布格拒絕繼續發工資，而派往察合臺烏盧斯的阿魯胡拒不服從命令，截留了他收集的貨物。因此，他憤怒地搬到西方去問阿魯胡。阿裏不哥知道壹旦揮軍西進，和林格爾就守不住了，於是離開，命令林城長老向忽必烈的軍隊投降。阿裏博格西進後，忽必烈汗和他的手下不戰而退，收復了這片森林。
1262年冬，阿裏不哥在擊敗阿魯胡後進駐阿裏馬裏。他大肆殺戮掠奪，伊犁河流域毀於壹旦。1264年春，阿裏馬利饑腸轆轆，軍隊士氣越來越渙散。阿裏哥想通了，無奈，被迫與忽必烈失信。五年的汗爭結束了。這場紛爭在客觀上為那些主張“變通祖業”、“趨利避害”的蒙古軍事貴族將統治中心從貝奇轉移到漠南提供了契機，從而有利於他們采納漢法，加強對中原的統治，全力進攻南宋。