第壹，書畫收藏。臺北故宮有9120書畫。據報道，其中壹半是壹等和二等。元代以前繪畫574幅(不包括南潯殿宋以前皇後像)，元代以前書法155幅。北京故宮約有1.5萬幅書畫，約占世界各國公共博物館中國古代書畫的1/4，其中約1/3具有較高的學術價值和欣賞價值，其中繪畫近420幅，書法31幅。元代以前的字畫收藏總量低於臺北故宮博物院。但由於鑒定工作相對嚴格，北京故宮早晚期(明清)書畫爭議較少。從繪畫時代來說，北京故宮早期的藏品反映了各個歷史時期的繪畫特點，尤其是東晉顧愷之的《列女圖》和《洛神賦圖》兩幅北宋的摹本，真實地反映了漢魏六朝的繪畫風格。就唐五代宋畫而言，臺北故宮在數量上比北京故宮還多，但北京故宮的元代畫的收藏和完美品質卻是世界之最。就宋代繪畫而言，臺北故宮的山水畫珍品比北京故宮多，但北京故宮的人物畫珍品卻占有重要地位。北京故宮的繪畫收藏很全面。除了卷軸畫，還有版畫、年畫、清宮油畫、玻璃畫、屏風畫、貼紙，這些都是臺北故宮所缺乏和不足的。此外，北京故宮壁畫10幅，唐五代敦煌紙帛畫7幅，元代大型壁畫1幅。北京故宮收藏的明清大型宮廷書畫也是臺北故宮所缺乏的，因為這些文物南遷時很難運輸。
因為臺北故宮博物院主要接收清代書畫，所以很多書畫流派，如18、19世紀的“揚州八怪”、“靖江畫派”、“金陵諸派”、“清初四僧”等，都是清代所欠缺的，現在都是國之瑰寶。20世紀60年代初，北京故宮收藏了這些時期的全部書畫。書法方面，臺北故宮的收藏和質量不如北京故宮。北京故宮有四萬多封書信，蘊含著巨大的文獻價值和藝術價值，遠超臺北故宮的收藏。銘文方面，北京故宮的稀有占全國大部分。文物南遷目前沒有碑刻的記載。
第二，陶瓷文物。北京故宮現存35萬件，其中壹級品1100余件，二級品約5.6萬件，還有上世紀以來從全國各地110余個窯口采集的陶瓷標本3萬余件。臺北故宮博物院現存清代舊瓷25248件，其中以宋代五大名窯和明代官窯為主。康雍著名的清代甘、三國時期的琺瑯彩瓷器，大多藏於臺北故宮博物院。但北京故宮的收藏是臺北故宮無法比擬的，尤其是新石器時代的彩陶，三國南北朝的瓷器，清代嘉慶到宣彤官窯的瓷器，歷代民窯的瓷器，古陶瓷的標本和實物資料的收藏。北京故宮的官窯瓷器收藏無論是數量還是質量都相當可觀，不容忽視。在古陶瓷的收藏上，兩岸故宮各有千秋。
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