清朝以前，揭陽沒有雷公廟。所以它的建立是因為清康熙初年碣石大將軍蘇裏叛亂，沿海地區發生了動搖。朝廷指派省兵駐守桃山(今揭東縣的壹個堡鎮)，防止他們擾亂榕江沿岸。時任揭陽知府的惠濟(今浙江紹興)人胡和珍負責運送軍用物資，在桃山郵局過夜。沒想到隨身攜帶的公章被小偷偷走了。就在他不知所措的時候，壹個隨從告訴他，彩塘的雷神非常聰明，有求必應，可以去拜壹拜，祈求神靈的幫助，找到官印。胡和珍緊隨其後。
很快，政府在附近抓到了壹個慣偷。在審訊中，他承認他的公章是他偷的。官印的收回使胡和珍擺脫了法律的懲罰，同時也升任水部聖旨。很自然的，他把所有這些善意都當成了托爾給的禮物。很快，他在北京聽說，因為禁海，禁區的彩塘雷廟塌了。他覺得上帝庇護了自己，現在上帝沒地方住了。他不能視而不見，充耳不聞。所以我們捐錢請人在城隍廟西側長平倉廢棄的舊址設立了雷廟，感謝上帝的恩情。不久，揭陽人捐資在雷音寺後建了壹座祁龍書院(原為佛寺)，以供奉佛陀和在尹福建寺的揭陽知府胡和珍。關於寺的建立，乾隆《揭陽縣誌》卷八所載胡的《寺銘》有詳細記載。
然而經過100多年的風雨，到清乾隆中期，該寺已成廢墟，揭陽人為了恢復其雄偉莊嚴的形象，請當時的知縣劉業勤主持重建。劉葉琴順應民意，破土“捐錢、誠信、慶吉日”。而本地人，“各呈各料，昆吾同行，各精通各的本事”，僅僅兩個月就重新出現在人們面前。
後來由於戰亂頻繁，人民貧困，雷公廟逐漸廢棄，民國末期(1940年代)改建成警察局。建國後，這裏被改造得面目全非。到了90年代末，經濟復興讓人們深刻感受到修復古跡的必要性和可行性。在市、省文化行政管理部門的同意下，廣泛集資，選用精幹的工人和優良的材料，精心施工，歷經五年寒暑終於重建了新寺廟，其建造技術足以成為潮汕仿古建築的經典。