雍正二年(1724)，剛滿弱冠之年的黃元禦被招安入城。雍正十二年(1734)，黃元禦三十歲。因為工作太累，他突然得了眼疾，左眼又紅又澀，眼白如血，不得不推遲就醫。庸醫誤用大黃、黃連等導寒劑，導致脾陽大損。幾年之內，他多次中間犯虛，左眼完全失明。
在科舉時代，黃元禦的仕途發展因其不健康的五官和拒絕做官而徹底毀了。他悲痛之余，當地名醫、好友劉太吉勸他學醫。他憤而立誌:“人生不為名利，亦為名醫之利”，走上棄儒從醫之路。努力學習中醫古籍。
黃元禦有著深厚的文化底蘊，曾受到皇太極的悉心教導。經過多年的奮鬥，他沈浸在成功中，開始行醫。在行醫過程中，他不斷總結經驗，提高醫術，聲名大噪。當時人們和諸城名醫臧美姬並稱他為“南臧北黃”。
黃元禦從醫之初，從張仲景的《傷寒論》開始，接著是《金匱要略》、《黃帝內經》、《齊伯內經》、《扁鵲難經》等中醫基礎經典。他將仲景等人封為“醫學四聖”。他認為，除了“四聖”之外，歷代很多名醫的見解都是偏頗的，甚至會誤診死者。根本原因是“四聖”的書是錯的、簡單的、雜亂的，也是歷代謬誤造成的。於是，我立下誓言，要用壹生的時間，從源頭到流向，重新審視和修訂《四聖》這部書，還其本來面目，讓後人效法。
乾隆二年(1737)，黃元禦開始醞釀《傷寒懸解》壹書，並開始撰寫《蘇淩薇韻》，完成於乾隆五年(1740)九月，四卷二十六篇。在該書中，黃元禦首次提出了“培中氣，扶陽抑陰”的診斷理論。他對中氣做了壹個形象的比喻:“精是中國的仁，氣是中國的商。仁為土氣，商為芽，芽生而仁腐，故精不能生，故生之人亦為精中之氣。”基於此，他始終貫徹重視脾土，扶陽抑陰，培中氣的原則，這是他對中醫理論的進壹步發展。
乾隆十三年(1748)，黃元禦遊清江楊秋，那裏風景秀麗，黃元禦心清。期間，他南下會稽山，拜謁了裕陵。他說:“我爬上惠濟山，親自探索玉洞，親眼目睹了穿越這個國家...但我在寫作方面有很大的抱負。”同年4月開始寫《傷寒懸解》，7月3日擬稿，共15卷。八月下旬，四十四歲的他寫了《金匱要略》二十二卷。
乾隆十四年(1749)春，黃元禦首次撰寫了《四聖吊樞》壹書，分析了溫病、痘疹的含義。二月寫《四賢之源》，解決原來的內外病問題，只勾畫出內容，因有事停筆。乾隆十五年(1750)四月，黃元禦北遊北京，乾隆皇帝病了，很多醫生都想不出辦法。經過推薦，黃元禦進入皇宮治療疾病並擺脫它。他以高超的醫術特別受到乾隆皇帝的青睞，寫了壹本書《妙悟與黃綺》作為獎勵，送給他壹份禮物。從那時起，黃元禦開始了他的醫院雇員生涯。
乾隆十六年(1751)二月，乾隆皇帝第壹次南巡，黃元禦陪他到杭。這期間開出的藥方都是奇效，深得乾隆皇帝和國內外官員的贊譽。四月，黃元禦從容繞道清江舊居，續寫《四賢之源》“十之八九，絕功未盡”壹書。”6月，《四聖吊樞》被刪改定稿。8月15日向北航行，返回北京。直到乾隆十七年(1752)十月，黃元禦才寫完《天人感應》壹章。四年後，四聖心源終於被釋放。在詮釋天人時，他極力闡釋《內經》中的觀點:“善言天理者，必受他人之驗”，重視陰陽五行學說的運用，與四時相聯。他從陰陽的變化、五行的生成、臟腑的形成、氣血的起源、精神的轉化等方面闡述了氣化性的奇妙含義，影響很大。
在過去的幾年裏，黃元禦並不為自己感到驕傲。這種心情在《四賢序》中說得很清楚:“若自求多福，不肯申遺，則有多年，元草不在，則日久而窮，而不勤以蕭閑日為假日，皇帝早日亨通。”美好的時光不多，不過是九牛壹毛。”眾多的事務讓他沒有更多的時間來完成他的作品，黃元禦很抱歉浪費了這麽多寶貴的時間。在接下來的日子裏，他珍惜時間如金，全身心地投入到寫作中。
乾隆十七年(1752)，雜谷土司天下大亂，四川巡撫策冷、府尹嶽鐘琪乘機出兵，奏請平息亂局。鑒於金川壹戰清軍大量水土不服，疾病纏身，戰鬥力低下，傷亡慘重，相傳乾隆皇帝認為軍士之所以得病，是經絡不通，氣血衰竭，正氣不足所致。於是，尊經派禦醫黃元禦充當了四川軍醫館的角色，提供了解決士兵水土不服的總體方案。
臨危受命的黃元禦仔細了解藏區的氣候、官兵的高原缺氧寒冷、傷寒咳嗽的流行圖像，將宮廷秘方、宮廷皇家藥房中治療肺病咳嗽的最佳藥材與藏區的蟲草、貝母、紅景天等珍貴藥材相結合， 並把珍貴的滋補藥材作為增強官兵體質的藥引，還帶著皇家藥房和部分皇家藥房的銀器去了成都。 秘密制成各種能強身健體、提高免疫力、抵抗高原缺氧環境的膏、丸、丸、散，供清軍服用，以治缺氧、傷寒、咳嗽、倦怠、疲勞等各種疾病。
乾隆十八年(1753)，黃元禦四十九歲。春二月，他取了張仲景著作中的方子，寫成《長沙藥械》四卷，載藥161種，方子242個。乾隆十九年(1754)三月寫《傷寒論》十卷。這本書介紹經典，辯論和分析，啟發學生。同年6月8日，為彌補《長沙藥解》之不足，撰寫《玉花楸藥解》八卷，其中首創用浮萍治療瘟疫。至此，五十歲時已完成八部醫書，即被後人稱為“八種黃”。由於過度勞累，黃元禦此時已是身心俱疲。他的師傅畢武靈讓他註釋蘇文和靈樞，說:“我年紀大了，不行了。”。
乾隆二十年(1756)初春，黃元禦開始註釋《蘇文》，十壹月完成，十三卷，定名為《蘇文懸解》。在這本書裏，“五運六氣，南政北政”的說法大大超過了前人。乾隆二十壹年五月二日，完成《靈樞》九卷，五月十六日至二十二日，歷時七日寫成《冷經》兩卷，合稱黃氏醫書三種，其中前八種，後十壹種* * *。另外還有壹本書《玉鐘堂稿》，是黃醫案雜書。
黃元禦不僅在醫學上更深，而且在道教和儒家經典方面也很淵博。乾隆二十壹年(1757)二月，他在從事醫學工作的同時，還應好友廉明的要求寫了壹本書《道德經釋義》，闡述他的哲學思想，發揮他的深意。1757年6月，在十余年潛心研究學習的基礎上，完成了《周易掛象》壹書，闡述了陰陽八卦變化的原因。四庫館官方在評論《周易》掛像時表示“親民說，易經中，獨學有理有據。”給予了很高的評價。
乾隆二十二年(1758)，黃元禦在行醫和寫作生活中積勞成疾。他帶病回到家鄉，住在昌邑南角的書房裏。乾隆二十三年(1758)九月十七日猝死，享年54歲。乾隆皇帝得知黃元禦去世的消息，深感痛惜，並題寫“仁和藥”四字，緬懷其壹生的醫術和操守。“仁醫助”意為“仁醫助”，黃門生尊之為學醫之祖訓。