以前蓮花寶地旁邊有個小魯班寺。
宋徽宗宣和四年(1122)，皇帝首次將福建莆田第壹媽祖廟命名為“順濟寺”。在此期間，海南的第壹個媽祖廟就建在觀音寺旁邊。
元末，壹個老和尚來到海澱的蓮花地，住在被毀的觀音寺留下的兩間破舊的房子裏。老和尚年過古稀，須發皆白，但面色紅潤，慈善安詳。他每天都去訪貧問苦，為人民治病。
送藥。在海澱，被他治好的病人和窮人不計其數，老和尚的謠言不脛而走，成為家喻戶曉的八卦話題。尤其是在窮人中，這位默默無聞的長者成了傳奇人物。據說長輩給人治病的時候，不用開口就能把病的來龍去脈說清楚，用藥也很簡單。壹般他只用自己采集的草藥，可以治病，可以強身健體，立竿見影，拯救無數人。老百姓都把他當成觀音菩薩派來下凡扶貧的好孩子，所以大家都尊稱他為善良的長者。仁者長老在為眾生做好事的同時，不忘勸人尊佛。但是，為了尊佛，必須有寺廟。於是，在長輩的帶領下，海澱當地人開始集資建廟。經過很長壹段時間，他們在不到半年的時間裏就攢夠了建壹座廟的錢。元朝末年，壹群能工巧匠應邀擇吉日，在觀音寺舊址破土動工。就在工程達到高潮的時候，正是大明取代元朝的紛亂之秋，工程停止了。明初洪武二年(1369)，在明太祖皇帝的關懷下，挑選能工巧匠加緊施工(《瓊州府誌祥三記》)，仁心殿終於建成。為了表示對明太祖豐功偉績的敬意，經過公開討論，認為觀音大師扶貧濟困的慈悲為仁，仁者長老帶頭集資建寺，於是壹致同意將寺廟命名為仁心殿。後人在仁心殿供奉了明太祖的聖像。至此，仁心殿成為海南社會發展和經濟繁榮的吉兆。海口也迅速發展成為壹個以港口為基礎的商業城市。據《明萬歷瓊州誌》卷三記載，港內“滿帆，林如竹”。到了明代，海南進入穩定發展時期，仁心寺成為佛教勝地，也是海南地方繁榮的象征。
明萬歷三十三年(據瓊州府誌)五月二十八日早晨，也就是六五四三八+六○五年七月六五四三八+六五四三八+六五四三八+零點左右，瓊北發生七點五級地震，震中在瓊山。這是中國歷史上唯壹壹次造成大面積陳箓的地震。瓊山與文昌交界處的沿海陳箓，面積6543.8萬平方公裏。瓊北壹帶天崩地裂，山搖海嘆，樹倒屋塌，人畜死傷。然後奇跡出現了。蓮花寶庫在驚濤駭浪中依然安然無恙，仁心殿傲然屹立在驚濤駭浪中，許多人聚集在蓮花寶庫中避難。更為神奇的是，仁心寺的古井水依然甘甜如初，取之不盡，用之不竭，沁人心脾，在救災中發揮了巨大的作用。這次考試使仁心殿的名聲傳遍了海南和東南亞，仁心殿進入了香火鼎盛時期，持續了200多年，直到明朝末年。直到明末農民起義推翻明朝，加上沿海海盜的劫掠，仁心殿在動亂中被戰火摧毀，暫時失去了往日的輝煌。仁心寺在清朝統壹後復興。
在明末農民起義的混戰中，清朝奪取了中國的政權，並大力改革創新。繼康、甘盛世之後，中國再次出現了太平盛世，各地寺廟如雨後春筍，也再次迎來了仁心殿的輝煌時期。據史料記載，海口在雍正五年(1727)、嘉慶十八年(1813)被定為廣東省四大造船中心之壹。當時，海澱河北岸有壹排排碼頭，欣欣向榮。正是在這種背景下，仁心殿的重建遇到了最好的歷史機遇。
清仁宗嘉慶元年(1796)，安徽九華山有壹個叫慈法師的法師周遊世界，在佛陀誕生前來到海南。他的渡船從海定到達海口，在仁心殿(今常棣路海關附近)的對岸登陸。他上岸後，環顧四周的情況，看到海澱河對岸樹木繁茂，鳥語花香。從遠處看，他就像壹艘漂浮在海面上的utpala。他對隨行的小和尚說，這是我見過的最好的風水寶地之壹。於是，他們過了河，登上了海甸島的仁心殿遺址，但看到參天大樹中壹座破敗的小廟，不禁唏噓不已。打聽周圍的居民，人們努力把自己的夙願告訴仁者大師，希望有壹位高僧大德主持重建工作。壹致要求他留下來，帶領當地人民完成這壹代人的功績。慈功師欣然同意，於是留在小和尚身邊做準備。據說慈公大師繼承了仁者長者的遺誌，致力於人民的疾苦。他不僅贏得了普通民眾的支持，也得到了政府和富戶的合作與幫助，還有海外華人的捐款。不到壹個月的時間，籌款的金額已經足夠建壹座大寺廟了。捐贈者中有壹位姓陳的富豪，祖籍福建廈門。他三代都在海南，是有名的有錢人。他用自己的錢買下了大面積的土地用於修建仁心寺，決心在海南建壹座壹流的寺廟，實現了自己尊佛弘法的心願。
據傳說，雖然富有的陳曼很富有，但有壹個美中不足之處。沒有男孩傳宗接代，他只好收養壹個男孩，希望他將來繼承家業，為陳家傳宗接代。奇怪的是這個男生已經長到12歲了，而且從來不吃肉，只吃素。更奇怪的是，這孩子平時只喜歡去廟裏看和尚念經，聽完就記住了，還會唱。他還喜歡模仿修行、打坐等活動，自稱是和尚，從不離阿彌陀佛。12歲後，少年在陳家院中搭了個小茅屋，與養父母分開，獨自念經。後來他去仁心寺找慈公法師，要求出家。法師見男孩相貌不凡，知道他是觀音菩薩派來弘法救苦的。但由於陳家撫養他，他還沒有完成為陳家傳宗接代的任務，就讓他十年後回家出家。男孩回國後，娶了老婆，生了四個男孩。24歲離開妻兒，正式在仁心寺出家。
嘉慶三年(1798)，佛誕之際，重修的仁心殿在佛誕的同時竣工開光，慈公法師作為住持主持了隆重的儀式。當地官員、顯赫的家族和公眾都歡欣鼓舞，慶祝海口的這壹重大佛教事件。從此，海南佛教的歷史也翻開了新的篇章。
慈功法師在仁心寺收徒，為海南佛教播下種子。他的弟子不僅有本地人，還有大陸和海外華人，遠至東南亞各國。據說當時仁心寺的僧人多達千人，為海南之最。寺裏有很多佛經，也在瓊島。在慈功法師的主持下，仁心殿生機勃勃，欣欣向榮，名聲遠播海外，直達朝廷。傳說嘉慶皇帝有個禦姐，從小沈默寡言，不喜富貴榮華，滿腹慈悲，愛讀佛經。十六歲的時候，她很漂亮，但內心冷得像冰，只想盡快做個局外人。有壹天，她去拜見觀音後，當晚夢見觀音是聖人，對她說:“妳要皈依佛門，就永遠善良。”她馬上請求皇上在仁心殿出家，可是皇上勸阻不了，只好悄悄讓她去了南方。從此她在仁心寺出家為尼姑，百姓都說她是觀音菩薩派來重振仁心寺名聲的。清朝仁宗為了褒揚德人弘揚佛法，也是為了禦姐著想，寫了仁心殿和大雄寶殿的名字，並上諭表彰。至今，此聖旨仍作為鎮寺之寶留存至今，這在海南佛教史上也是前所未有的記錄。
在慈功法師的眾多弟子中，陳彩珠的養子是壹位才華橫溢、徹頭徹尾的弟子。他24歲正式出家，但不出半年，就把寺裏的佛經背得滾瓜爛熟，心領神會，出類拔萃，令弟子難出其右，成為仁學大師的天然傳人。為此，慈公的長輩們為他取了法號煉成真理，並鼓勵他修煉真意，身體力行。這位修行完備的僧人不負師父的苦心，贏得了僧人和當地人的高度贊揚。陳彩珠全家也是運氣好，人財兩空。
嘉慶11歲(1806)，慈宮108歲。那壹年，他有意識地叫菩薩，是他傳承衣缽的時候了。有壹次，他仿佛看見觀音出現在禪定中，身披亮金色，面帶微笑。慈知道時候到了，就把寺裏的和尚都叫來，把衣缽交給了。廉貞俯首稱臣，成了仁心寺的住持。當晚，慈功法師圓寂，當地百姓看到祥雲聚集在師父坐過的仁心殿上空。不久，祥雲冉冉漂流到東北，慈功法師漂流到九華山。
此後，仁心寺在廉貞大師的主持下，香火鼎盛，名聲大噪。煉成真法師後，十代傳人後，都由土生土長的高僧大德主持。清末民初，軍閥混戰時期，大雄寶殿、藥師殿等主要大型建築相繼被毀。抗日戰爭進壹步淪陷，寺院風雨連連，仁心殿壹度陷入困境。但仁心殿的蓮花地風水依然保持著原有的品質，不會因為滄桑而改變。
1949年9月，海口再次發生特大洪水。洪水到了二樓，但是仁心殿安然無恙，海口的百姓都在仁心殿避難。1996期間，海口有臺風，引發洪水。海澱島上到處都是水。據說只有仁心殿的位置沒有洪水。難怪100多年前，法國人也看中了這壹帶的風水，在離仁心殿不到200米的地方建起了法國領事館。仁心殿的主人被日軍殺害。
歷史變遷，滄桑巨變，仁心殿千年的歷史，深深地打上了時代的烙印。過去，海南島在海外與世隔絕，遠離大陸。只有仁心殿的信徒遍布天下。現在海南有4000多名華僑，都是東南亞仁心殿的信徒。上世紀30年代，日本鬼子入侵海南島，到處燒殺搶掠，仁心殿也未能幸免。為了保護仁心寺，寺內僧人和當地人奮力抵抗，仁心寺得救了，但仁心寺的主人卻被日本人殺害了。
新中國土改時，寺內成員全部劃為貧農，按政策分得水田8畝多，旱地3畝多(仁心寺占地14.3畝)。1956、1958實行農業合作化、公社化時，水田歸集體統壹管理。從1962到1964，寺廟被壹家漁船廠占用。為此，海口市佛教協會致函中國佛教協會反映此事，得到的回復是“此事已轉回當地處理”。“文革”非常時期，這件事沒人過問，成了長期的隱案。現在老佛寺的各種建築都拆了。嘉慶皇帝禦書“大雄寶殿”牌匾被砸碎，銅佛、銅鐘、銅香爐、銅鹿、字畫對聯、陶瓷器皿、器具、經書等全部被盜。
9月8日，1994，海南省宗教事務委員會(現宗教辦)發文同意仁心寺重新開放。仁心殿正式命名為仁心殿。這座寺廟與三亞南山寺、定安福賽吉、萬寧光山寺、陵水三昧寺、屯昌福慶寺、西仁寺等七座寺廟壹起，成為海南首批開放的寺廟。仁心寺“復開放”後，新塑了釋迦牟尼像和千手觀音、朱溫、菩薩像，並設置了書法物流櫃臺。