中國是朝鮮的宗主國，但中朝之間的宗藩關系不同於國際法。朝鮮除了定期朝貢沒有嚴格的義務，中國也沒聽說過朝鮮的內政外交。但由於洋務運動後清朝在中國的實力增強，周邊諸侯國不斷流失，其中壹個，琉球被日本吞並，所以清廷對日本格外防範，對中國僅存的諸侯國朝鮮進行控制和管理，既有意又有力，以牽制日本的勢力。在仁武兵變前夕，中國對朝政策有發生變化的趨勢，而這次仁武兵變正好給了清廷加強對朝宗主權的良機。清朝直隸總督兼北洋大臣張樹聲(李鴻章的母親當時在安徽老家，由張樹聲代理)，當即決定對朝鮮采取積極政策，並上報總理衙門。他首先命令天津海關關員周福和朝鮮民選駐華大使金允植於8月1 . 0882日從中國駐日大使黎庶昌處得到朝鮮兵變的消息和日本出兵朝鮮的建議。金魚都是民飛集團的官僚。當他們得知這個消息時也很驚訝。他們認為大元軍壹定是受了他的指使，於是不斷在清官面前詆毀他，要求清朝出兵朝鮮鎮壓軍事叛亂，保護國王，推翻大元軍政權，同時牽制日本(據說是閔妃秘密派邊元貴到中國向金允智求援，但這並沒有直接的史料依據，從時間上看也不太可能)於是，張樹聲派水師提督丁、道士馬建忠、朝鮮檢察總長俞允中，分乘威遠、朝勇、揚威三艘軍艦從天津出發，越境到朝鮮調查此事。另壹方面，他呼籲出兵朝鮮對抗日本，鎮壓亂黨。8月7日，清廷批準出兵計劃，並於8月13日決定鎮壓亂黨，平息兵變。丁、馬建忠、俞雲忠三艘調查船於8月10抵達朝鮮仁川。他們還斷定大元軍是仁武兵變，感受到了來自日本的威脅。於是，丁於8月1882日返津後，帶來了馬建忠極力主張出兵朝鮮的報告:“乘雷霆之勢，直取之。”(馬建中本人和俞允中留在朝鮮“靜觀其變”)。為了避免日本占領朝鮮，鞏固其在朝鮮的“天朝”地位，清政府最終決定出兵朝鮮，準備以主權國家的身份過問兵變罪。8月1882、17日，清政府派出的淮軍6營約3000人，由粵水師司令、丁率領，赴朝鮮平息叛亂，於8月20日到達。與他同行的不僅有作為吳長慶向導的朝鮮人金雲植，還有張謇、袁世凱等中國重要人物。但中國不想與日本發生沖突(避免與日軍發生沖突是清軍在朝鮮的基本方針)，於是在仁川以西120裏的南陽郡馬山鋪登陸，與馬建忠等人會合，按兵不動，於是日本壹度領先。日本人對清廷出兵感到震驚，於是井上馨指示溫室“壹秒鐘也不要猶豫，立即進入首都(首爾)”迅速談判，避開中國的幹擾。8月1882，16日，方化率領壹大群約1500人的日軍逼近首爾，準備強行入城與朝鮮政府談判。大元軍雖然很不願意讓日軍入城，但由於日本兵臨城下，被迫在19讓日軍入城。方化支壹在常德宮會見了高宗國王和大袁俊，並與負責接待的朝鮮最高領導人洪春木和法官李舉行了會談。在所謂的“要求信”中，日本提出了懲罰仁武兵變兇手、賠償日本受害者和各種損失、開放更多通商口岸和允許日本向首爾派遣800人的中隊保護日本大使館等7項條款，並威脅朝鮮政府3日內予以答復。洪春木等人壹再拖延為閔妃辦理國葬。壹向排外的庭院君也被日本人的無禮和惡意激怒了。他表面上對溫室說不再固執鎖國，暗地裏準備全國動員擊退日軍。方化·支壹對朝鮮的拖延戰術非常不滿，於是於1882年8月22日率領日軍撤出首爾，返回吉屋堡，以示會談破裂。他向朝鮮政府發出最後通牒，打算壹旦會談按既定計劃破裂就訴諸武力。首爾和仁川的朝日對峙史無前例。
日軍壹怒之下撤退，給了清軍壹個乘勝追擊的機會。1882年8月22日，大元君派人趕到馬山鋪，邀請馬建忠調解日韓沖突。這是因為朝鮮“排外抗外”的呼聲壹度很高，但畢竟實力較弱。平定之後，很多朝鮮人害怕和日本打仗，很多士兵甚至開小差，尤其是溫室的強硬最後通牒，迫使大元軍向清朝求援。意識到打壓日軍的時機已到，馬建忠帶領200名清兵連夜趕往首爾“居中調停”。8月23日下午抵達首爾，受到朝鮮官方和民眾的熱烈歡迎。馬建忠來到首爾後，壹方面為了緩和局勢，與日本就推翻大元軍政權達成默契，前往仁川與溫室接觸；壹方面，我在首爾與大元君進行了會談，了解他的態度。清廷和馬建忠在金允智和余允中的指導下，原本將大元君定為仁武兵變的幕後主謀，並在與大元君的行文過程中，發現了他嚴排日的態度。因此，為了避免與日本發生沖突，和平解決這壹事件，馬建忠堅定了清除和平談判障礙大元軍的想法。隨著馬建忠進入首爾，吳長慶淮軍第六營，清軍共3000人，也向首爾進軍，並於8月25日下午1882日軍搶先在首爾郊區駐紮，於是中國占據了主動。馬建忠、、丁、、朝鮮公使金潤植、忠、趙寧夏等人共同制定了壹個計劃，要把大元軍俘虜到中國來。吳長慶等人先是參觀了大元君的府邸雲仙宮，“哄”了壹下，讓大元君解除了對清朝的戒備。然後，1882年8月26日(7月13日)下午，大元軍回訪清軍大營時，吳長慶下令兵士將其逮捕，強行將大元軍押上轎子，然後運上清軍“登瀛洲”號戰船，立即送往中國天津，等候指教。這天晚上，清軍控制了首爾的四個城門和皇宮內外，維持城內治安。第二天，它發布公告安撫民心，聲稱“今年6月的變化...見諸報端，道上流傳，都說我國鄉紳(庭院紳士)知道此事。皇帝大為光火，心想我國的鄉紳知道這件事，壹定會得到他主人的名字...今日掌管北洋水師的丁俊門，暫隨我國鄉紳出航，寬嚴相濟。我大皇帝自有平衡，不會對我國鄉紳深感責任，但行事倉促，怕臣民不告而別，疑神疑鬼。他以元朝對朝鮮的忠義為目標。表面上看，清軍逮捕大元君是因為他是仁武兵變的“罪魁禍首”。事實上，這是為了避免與日本的沖突，爭取壹個和平的結果。就這樣，大元君的第二次上臺，在33天後消失了。後來，大元君在天津被清政府審問，並被帶到直隸保定府軟禁。他於1885被釋放回朝鮮。
隨著大元軍的被捕，剿滅起義士兵，鎮壓仁武兵變成為清軍接下來的計劃。1882年8月28日，清軍前敵陣營代表袁世凱以欺騙、威脅等手段，逮捕了大元君長子李在勉。8月29日，吳長慶、袁世凱等人率領清軍進攻首爾東郊的王世李和梨泰院(舊軍人及其家屬的聚居地)，俘虜參與兵變的士兵170余人，其中11人被判死刑。但金、、劉春萬等亂兵頭目逃脫了。在日本的催促下，金昌善等人很快被朝鮮政府抓獲。李、鄭賢德、趙、、、白樂寬等官員和儒生都被處以死刑或申斥。金、劉步萬、鄭義基、姜明君、洪、許世同、尹尚龍、鄭雙吉等八名嘩變者，在年中因叛國罪被判處死刑。孫順基。此外，雖然金春永等人僥幸逃脫，成為小蕓宮的家臣，但三年後被朝鮮政府發現並殺害。
閔妃出逃後，通過李、沈相勛等人秘密聯系，告訴她自己還活著。兵變被清軍平定後，閔妃的“國喪”被取消，歡迎她回宮也被提上日程。1882年9月6日(7月25日)，陳雲龍、吳長春率領100余名清兵和皇帝派來的政府首腦洪春木，迎接閔妃回宮，9月8日，拜見鐘總督胡沅，1882年9月6日，閔妃回到漢城。閔妃回宮後，護送她避難的人都是仕途有成，閔家的氣焰比以前更盛，而閔妃從中州帶來的壹個叫李的女巫，被封為真靈王(自稱是關帝的女兒，因準確預測閔妃回宮的時間而受寵)，成為宮中吉兇的代言人。總之，仁武兵變最終被清軍鎮壓，民飛集團重新控制了朝鮮政權。