關於完善保護地農用地管理的通知第三條規範使用保護地農用地，從事保護地農業建設，應當由經營者與土地所有者約定土地使用條件，發揮鄉鎮政府的管理作用，規範土地使用行為。
(壹)簽訂土地使用協議。設施農業用地使用前，經營者應當擬定設施建設方案，包括項目名稱、建設地點、設施類型和用途、數量、標準和用地規模，並與鄉鎮政府和農村集體經濟組織協商土地使用年限、土地用途、土地復墾要求和期限、土地返還和違約責任等內容。達成共識後，建設方案和土地使用條件以鎮村政務公開的形式向社會公布，公布時間不少於10天；公告期結束無異議的，鄉鎮政府、農村集體經濟組織和經營者應當簽訂土地使用協議。涉及土地承包經營權流轉的，經營者應當事先依法與承包農戶簽訂流轉合同，征得承包農戶同意。
(二)土地使用協議備案。用地協議簽訂後，鄉鎮政府應按要求將用地協議和設施建設方案報縣級國土資源部門和農業部門備案，不符合設施農用地相關規定的不得開工建設。
縣級國土資源部門、農業部門要根據職能及時核實備案信息。發現存在選址不合理、附屬設施及配套設施用地超過規定面積、無土地復墾協議、以設施農用地名義備案非農建設用地等問題；項目設立不符合當地農業發展規劃布局、建設內容不符合設施農業經營和糧食規模化生產要求、附屬設施和配套設施建設不符合相關技術標準、土地承包經營權流轉不符合有關規定的，國土資源部門、農業部門應分別在15個工作日內告知鄉鎮政府、農村集體經濟組織和經營者，鄉鎮政府應督促其改正。
對農業設施建設和國有農場土地使用，省級國土資源部門可會同農業主管部門和有關部門根據本通知規定制定具體實施辦法。