明初官僚機構基本沿襲元朝，朱元璋逐漸意識到其弊端，於是進行改革。
首先是廢除省制。1376年，朱元璋宣布取消銀行中書省，設立承辦宣統、指揮使使司、量刑使司，分別負責銀行中書省。三個部門分開，互相牽制，防止地方權力過重。
軍事上，朱元璋廢除掌管全國軍事的都督府，分為中、左、前、後、右軍都督府，與兵部壹起牽制。兵部有權發布命令，但不直接指揮軍隊。總督負責軍隊的管理和訓練，但無權調遣軍隊。這樣，軍權就集中在皇帝手裏了。
中央機構改革的關鍵是廢除宰相制度。明初中書省負責處理天下事務，地位最高。它的行政長官是身居高位的左右總理。宰相容易與皇帝發生矛盾，而胡在明朝是最重要的。
民生:
明初，中華大地飽受近二十年戰亂的摧殘。在這種情況下，朱元璋實行了發展生產，與民同息的政策。1368年，朱元璋稱帝後不久，其他郡縣的官員紛紛前來朝見。朱元璋對他們說:“天下之初，民不聊生，猶如壹只剛剛會飛的鳥，不要拔毛；像壹棵新栽的樹，它的根不能動搖。現在重要的是休養生息。”
1370年，朱元璋接受大臣建議，鼓勵開墾荒地，並下令北方各郡、縣所有荒田免征三年稅。他還采取強制措施，將農民從人口稠密的地區轉移到人口稀少的地區；對於開墾荒地的人，政府提供耕牛、農具和種子；還規定免稅三年，耕地歸墾荒者所有；還規定有五畝至十畝地的農民必須種植桑、棉、麻，十畝以上的必須加倍種植。這些措施極大地激發了農民的開墾熱情。
明初除了平民村落，還有軍事村落和商業村落。軍營由警衛隊管理，政府提供牛和農具。明軍士守備比例為:邊軍守城三分，屯田七分；大陸軍隊分為兩部分守城，八部分開田。軍糧基本自給。上屯就是商人在邊境雇人耕種土地，當場交糧，省去了販運成本，利潤更大。上屯的實施，不僅解決了口糧問題，還開發了邊疆。
為了恢復和發展生產，朱元璋十分重視興修水利，賑濟災荒。朱元璋即位之初就下令，地方官員對百姓提出的任何關於水利的建議，都要及時上報，否則就要受到懲罰。到1395，開放池塘約40987個，疏浚河道約4162條，成績突出。出身農民的朱元璋深知饑荒帶來的痛苦。他即位後，經常減免受災和戰亂地區的農民。朱元璋也很珍惜民力，提倡節儉。
與腐敗官員打交道:
朱元璋出身貧寒，從小就受到元朝貪官的敲詐勒索。他的父母和大哥死於殘酷的剝削和瘟疫，他從小被迫出家。所以他加入起義隊伍後，發誓壹旦當上皇帝，就要先把天下貪官都殺了。
後來他登基的時候，也沒有食言。果然，他在全國發起了壹場轟轟烈烈的“反貪官”運動，目標直指從中央到地方的各級貪官。他的方法很特別:
首先，朱元璋殺死了貪汙62兩白銀以上的官員。當他發現於文貴藏了十多封信用來巴結別人，尋求幫助時，他立即派人去調查中央各部和地方政府。結果顯示，從上到下腐敗極其嚴重。他大怒，當即下令天下:“奉天愛惜百姓性命，凡受賄62以上的官員壹律處死，絕不貸款。”他還表示:只要是腐敗，不管涉及到誰，都絕不手軟，壹查到底。
其次，朱元璋敢於從他身邊“高倩”。明初中書省隸屬於官、戶、禮、兵、刑、工六部。由於保留了大量的元朝舊臣和壹些起義軍的英雄。他們沒什麽好隱瞞的，受賄，枉法。朱元璋大膽處罰這些官員。
左丞相胡洪武十五年，戶部官員與地方政府勾結，事先在空白報表上蓋章後填寫虛假支出，中飽私囊，侵吞財物。朱元璋發現後，立即處決了所有掌管地方官府的官吏；副局長用100根棍子將軍隊驅逐出邊境。3年後查明，住建部部長助理郭桓(相當於今天的副部長)和各部博士(主任)、袁外郎(副主任)與各地向中央納稅的官員結成貪汙團夥，采取多收少付的手段，侵吞國庫物資和相當糧食達2400萬石。他把這些貪官全部處死，省、州、縣的涉案人員全部幸免。壹時間，數以萬計的貪官落馬，更多的人被區別對待。洪武二十五年，戶部尚書趙勉夫婦內外受賄數十萬銀。結果夫妻兩個都成了刀下鬼。
洪武十六年，刑部尚書接受壹個死囚家庭的萬兩銀子賄賂，用另壹個死囚做替罪羊。他還向其他犯人家屬勒索錢財，導致壹家20人全部自殺的悲劇。洪武十九年，刑部郎中、員外郎受賄謊報死訊，私自釋放兩名死囚。這些貪官都被朱元璋斬首了。
洪武十八年，工部多名官員借修建宮殿之機，虛報工匠勞動天數，多付工銀，在發放時克扣工匠銀子私用。朱元璋在壹次突擊檢查中，查處了侍郎韓鐸、李真貪汙受賄案，並把中央政府專門派來監督工部的工程部拉了出來。
洪武十八年，兵部侍郎知望以征兵為生財之道，收受逃避服兵役的世襲軍戶賄賂23.2萬元。朱元璋也把他送上了斷頭臺。
洪武十九年，禮部侍郎張翔和外交大臣秦心侵吞了皇帝給公主婚禮的銀幣，被朱元璋當場抓獲。
為了監督各級官員的行為，朱元璋在都察院設置了禦史壹職和六科。但是，這些監管部門也腐敗了。洪武十九年，都察院禦史劉知仁奉命赴淮安辦案。他到了之後，故意拖著案子不審，吃了原告和被告，敲詐了兩家很多錢，勾引了壹家好人家。他被朱元璋處死了。朱元璋還查出六科61起貪汙受賄案件，逐壹處理。
第三，朱元璋發明了“剝皮草”的殘酷刑法來對付貪官。有壹天，朱元璋在翻閱壹批處決貪官的卷宗時，突然想到:被人民痛恨的貪官，壹刀砍頭，太便宜他們了。為什麽不采取挑筋、斷指、斷手、割膝等酷刑？他還創造了“剝真草”的刑法，把那些貪官拖到每個府州縣設立的“皮廟”裏剝了皮，然後用稻草和石灰把皮填滿，放在處死貪官的法庭桌子旁邊，以此來警告後繼的官員不要重蹈覆轍，否則，這種“臭皮制度”就是他的下場。這壹令人震驚的舉動震驚了壹批官員，極大地約束了他們的行為。
第四，朱元璋絕不會容忍他培養的幹部。為了培養和提拔新生力量，朱元璋專門設立了壹個培養人才的國子監，為未入官職的青年學者提供晉升機會。他對這些新進士和郭健學生很有感情，經常教育他們要忠於公眾，不要為私利而動。但洪武十九年，他派了壹大批秀才、監工到基層調查水災，結果1，41人接受了宴請、紙幣、土特產。朱元璋殺他們的時候傷心地嘆了口氣。
第五，朱元璋制定了肅貪綱領——大高。近兩年編撰的《大高》壹書，記錄了他親自審理和判決的壹些腐敗案件。書中還闡述了他對貪官的態度、處理方式和處置方法。朱元璋下令在全國廣為宣傳此書；他還叫人抄下節錄，貼在路邊和亭子裏顯眼的地方，讓官員看後自律，百姓學後對付貪官。
朱元璋作為開國之君，“民在政”，以其極高的威望，用極其殘酷的法律嚴懲貪官汙吏。其決心之大，力度之強，措施之精準，收到了強大的震懾作用。從登基到去世，朱元璋“誅殺貪官”的運動從未減弱，但貪官現象始終沒有根除。到了晚年，他只能哀嘆“為什麽那麽多貪官早上被殺，晚上又重生？”
集中化:
因為朱元璋是開國皇帝，明初皇帝的權力比較大，明中後期文官的權力更大。朱元璋利用特務機關，向朝野各地派出大量名為“查校”的特務，對他們進行刺探。有壹次，單身漢宋濂上朝，朱元璋問宋濂，昨天是不是在家喝酒，請了哪些客人。宋濂如實回答了他們。朱元璋滿意地說:“妳果然沒有騙我。”著名儒家學者錢載被招募參與編纂《孟子·節上》。有壹天，他動身回家，隨口吟詩:“四鼓冬衣，午門前來不及出現。我什麽時候有田園音樂，我就睡到人飯熟。”結果第二天上朝的時候，朱元璋問錢載:“昨天的詩寫得不錯，沒想到太晚了。改成‘擔心’怎麽樣？”錢載聽了，嚇得磕頭認罪。
1382年，由於監控官員的需要，朱元璋將掌管禁軍的親軍杜威府改為錦衣衛，並授予偵察、逮捕、審判、懲罰罪犯等權力。這是壹個由皇帝直接控制的正式的軍事秘密服務機構。它有自己的法庭和監獄，俗稱“帝國監獄”，在裏面采用剝皮、拔腸、刺心等各種酷刑。朱元璋還要求錦衣衛在朝廷執行權杖。許多大臣死在權杖之下，工業部部長呂雪就是這樣被活活打死的。
在地方上，在各州各縣的重要地方，朱元璋還設立了巡檢司，負責盤查、抓賊、盤問漢奸。
1370年，朱元璋下令設立選學者的部門，規定以八股文為選學者的標準，“四書”“五經”的題目不允許有自己的見解，必須遵循古人的思想。這種考試內容死板，限制了人的思維。
同時，朱元璋極力壓制不肯合作的地主知識分子。他出身貧寒，早年當過和尚，所以對“光”和“禿”這兩個字非常忌諱。連“和尚”都不喜歡，連與“和尚”發音相近的“聲”也同樣反感。他曾經參加過紅巾軍，所以不喜歡別人說“賊”“寇”，甚至討厭聽起來和賊差不多的“澤”。很多人因此喪命。比如浙江府秀才林為海門衛官寫的《謝增豐表》，裏面有壹句“有所為者，為帝王之憲”，而杭州府秀才徐壹奎寫的是“天光之下”，“天生聖人，為天下有所為”，所以朱元璋硬說文中的“則”字是罵他做賊輕。據說有壹年除夕，朱元璋出門發現壹個燈謎:桌子上畫著壹個女人，手裏拿著壹個西瓜，坐在馬背上，馬蹄特別大。對此，朱元璋大怒，認為這是暗諷馬皇後是大腳野人，於是下令查處，並將猜謎者處死。
文字獄從1384到1396歷時十三年，造成了大家都不敢寫的局面，以至於公務員不得不要求設計壹個規範的公文用詞，以避免犯忌。
保皇黨制度:
朱元璋吸取了元初未立太子導致的多次宮廷政變的教訓。他叫吳王時，立長子朱標為太子，後來他做了太子，並聘請了著名的文人和朝廷官員來教他。王子成年後，讓他處理政事，學習治國，並經常教導他善良、睿智、勤奮、果斷，以此來拯救世界。但是，朱標是溫柔的，就像壹個儒生。他生性老實，不贊成父親殺英雄。每當朱元璋要殺壹個英雄，總是勸阻他，並要求他的父親以善良為主，兼顧親情和兄弟情誼。為此，父子倆經常發生爭執。據說有壹次朱元璋要懲罰太子的老師宋濂，朱標哭著求情。朱元璋生氣了，說妳當了皇帝，太子嚇得跳下水，被左右救起。還有壹次，朱彪訓誡父親。朱元璋沒說什麽。第二天，他故意把壹根刺扔在地上，叫朱彪撿起來。朱彪不敢拿，因為他的杖上有壹根刺。朱元璋說:“妳怕壹根刺。我把刺拔出來給妳不是很好嗎？”朱標說:“天下有堯舜之王，天下有堯舜之民。”意思是世上有仁者君子，天下有良民。朱元璋聽後大怒。他抓起壹把椅子朝他扔去，嚇得朱彪進了裏屋。從那以後，他生病死了。
由於整天忙於國事，朱元璋50歲以後就感到疲憊不堪，心動過速，高燒不退，幻想，搞怪，有時喜怒無常。當王子死後。他又壹次心碎，身體越來越虛弱，頭發和胡須都變白了。他立了朱標的次子(朱標的長子早逝)，16歲的朱允炆是皇帝的曾孫。怕曾孫駕馭不了禮儀，又壹次殺了英雄，以此為借口殺了傅有德、盛豐等幾個開國元勛。他怕兒子們和孫子爭奪皇位，所以專門編了《明太祖訓令》，要求後代遵守宗法制，並規定誰要是改變宗法制，就以漢奸論處，草率處死，希望能讓大家服從小皇帝，讓朱家朝長治久安。