《銀發阿基德》講述了“植物襲擊地球”的故事，意在向世界展示人類科學野心的可怕後果。
在人類修改植物遺傳因子、試圖控制植物的愚蠢計劃失敗後，樹木開始有了思想意識。月球表面的樹木變得更大，並以難以想象的速度蔓延，最終變成龍怪襲擊地球。爆炸帶來的強烈閃光籠罩了地球，地球正面臨壹場前所未有的大災難。300年匆匆而過...
地球被有意識的樹木攻擊後，部分殘存的人類為了生存放棄了與森林為敵的想法，開始尋求與森林共存的方法。所以剩下的人就分為與森林共存的種族和與森林為敵的種族。阿基德(勝地涼配音)和其他人住在壹個被稱為“中立城市”的荒涼地方，目的是與森林生活在壹起。雖然環境極其惡劣，但他們依然堅強快樂地生活著。直到有壹天，阿基德和他的朋友該隱去傳說中的禁泉取水。在那裏，阿基德發現了壹臺閃著神奇光芒的機器和壹個美麗的女孩，圖拉(宮崎葵配音)，他們意外相遇並改變了那個世界的命運。阿基德喚醒了沈睡的圖拉，意識到她不屬於這個時代，而是用先進的科技手段減緩了新陳代謝，沈睡了300年。
來到“中立城市”的朵拉受到了現實世界的強烈沖擊——人們住在倒塌的樓房裏，即沒有電也沒有自來水，甚至連泉水都很難得到...這種生活讓來自文明社會的朵拉很困惑——難道世界改變了300年，科技文明卻倒退了？“中立之城”的人們對來自300年前的朵拉非常友好，但森林卻像怪物壹樣莫名其妙地襲擊了她。在無法忍受的情況下，朵拉的感情終於爆發了。
就在這時，壹個同樣來自過去的人，休·納克，出現在萊赫納，壹個與森林為敵的城市。他告訴朵拉，她是文明社會復蘇的關鍵，想把她帶走。雖然朵拉可以讓人類走出目前的困境，但這個使命充滿了危險。為了保護朵拉，阿基德與“森林”簽訂了契約，獲得了無限的力量。作為合同條件之壹，他成了“銀發”。有了兩個人的“使命”和“禁力”，充滿謎團的故事會如何發展？