鄯善縣柯爾克孜水庫是文革時期倉促上馬的壹座中型水庫，在前期工作沒有做好的情況下就開工建設。在最初的設計中，大壩基礎大壩是由壹個倒井開挖，然後澆築混凝土。因為覆蓋面太深，所以沒有完成。礫石壩體已經堆積了30米高左右，還沒有壓實。原設計瀝青斜墻尚未完成防滲，溢洪道偏高。壹旦發生洪水，大壩勢必會垮塌，威脅下遊鄯善縣城、沿河農村和鐵路機場的安全。該地區已正式報請自治區批準。縣領導和群眾都很著急。王鶴亭曾經是縣裏的人民代表，希望他能想辦法把自己從大壩裏救出來。但王鶴亭在文革中壹直靠邊站，沒有過問這個水庫。
壹個靠邊站的“反動技術權威”能有效發言嗎？還會上線嗎？這時，王鶴亭覺得，如果大壩不治理，人民幾年的辛苦就白費了。出於對國家財產和保護人民群眾建設水利工程積極性的高度責任感，他甘願冒險，邀請新疆水利設計院總工程師張慶勇壹起到現場。經過實地調查分析，他提出了安全渡汛、加強處理、避免潰壩的方案。自治區領導同意了王鶴亭等人提出的建議，當地立即組織搶險施工。這個水庫沒有潰壩，可以安全渡過汛期。
逆境中，王鶴亭在1971—1974兩次提出修建孔雀河泵站，以替代原規劃的孔雀河清淤工程，並建議停止解放第壹渠向孔雀河供水。這壹建議得到了水利部的批準，成功地解決了博湖和孔雀河的治理問題。這個項目是他在治水方面的傑作，但他從來沒有為這些傑作爭取過什麽。在他看來，只要項目充分發揮效益，能給老百姓帶來實惠，那就是他最大的滿足。他說，作曲家、畫家、作家，甚至發明家、科學家，他們的文章、歌曲、作品、發明都可以申請專利，作為知識產權來保護，但水利工作者創作的優秀設計不能申請，也不能申請任何專利。但只要對人民有利，人民滿意，就是對他們的最高獎勵。“靠邊站”的王鶴亭，真的是別無他求，只想繼續為新疆水利盡壹份力。
“農業大寨”在當時是鐵壹般的口號。1977期間，王鶴亭有機會參觀大寨，被大寨人把山坡變成梯田，把它變成人造“小平原”的勤勞創業精神所感動。但他認為，學習大寨精神很重要，修復大寨場的具體做法要因地制宜，不能生搬硬套。他認為，新疆各地都是沖積平原，地域遼闊，土地平坦，沒有必要開山造田。至於建梯田，新疆除了部分水田，壹般不建梯田。新疆“五好”建設時，大部分沿地面坡向的田地都已建好，用工少，便於機耕和灌溉。尤其是新疆，表層土壤壹般很薄，只有幾十厘米，下面還有戈壁石頭。如果改成大寨式的水平梯田，不僅土體移動大，浪費人和錢，而且表土挖走後戈壁石裸露在外，耕作困難，澆水保墑也不方便。至於新疆的坡地，壹般都適合發展畜牧業。有些農田應該還樹還林，沒必要變成大寨田。從大寨回來後，他到昌吉、沙灣、烏蘇等地調研，了解到壹些縣開始搞大寨田後，就不能再澆地了。如果不及時糾正，必將影響新疆的農業發展。於是他連夜寫了壹篇題為《關於如何開展我區農田水利基本建設的意見》的文章，送到了《新疆日報》編輯部。該報高度重視，第二天立即在該報二版刊登，引起了新疆黨政領導和地區各方面的重視，宣傳新疆大寨田的活動就此停止。文革期間，王鶴亭被“靠邊站”。
但靠邊站的王鶴亭，並沒有以靠邊站的態度對待新疆水利和信任他的人。
灰暗的日子需要平靜，快樂的日子即將到來...