薩迦派采取血統和法家兩種傳承方式。宮闕傑死後，他的兒子宮加寧布(1092-1158)主持薩迦寺。貢嘎寧布學識淵博，使薩迦派的教法更加完備。他被尊稱為“釋迦”(釋迦大師)，是該派的早期始祖。貢嘎寧布的第二個兒子索娜姆·方謨是薩迦的第二個祖先。第三子紮巴堅贊主持薩迦寺57年，是第三祖。薩班貢嘎堅贊(1182-1251)，四子別欽沃布的長子，是薩迦派的著名人物，也簡稱薩班，或薩迦派潘地塔，是第四祖。
13世紀初，以成吉思汗為首的蒙古部落崛起，武力統壹中原。1240元朝闊端入藏前，想召喚在各教派中聲望很高的薩班公嘎堅贊。1244年，薩班貢嘎堅贊帶領侄子八思巴(1235-1280)來到涼州(今甘肅武威)，1247年在涼州與闊端相遇，並寫信勸說吐蕃僧侶和貴族接受元朝對西藏的條件，從而正式將西藏納入祖國版圖。忽必烈汗統壹了全中國，建立了元朝中央政府。之後，他封八思巴為“太傅”，給余音下了“壹統天下，統壹佛教”的命令，即管理全國的佛教事務，協助中央政府管理西藏，統率西藏十三萬戶。八思巴查西藏戶籍，造法。1268年，他正式建立了壹個與中國其他省份結構相同的地方政府。
14世紀下半葉，隨著元朝的滅亡，薩迦派被西藏的噶舉派所取代，但依然存在。
薩迦派忍不住嫁人，以道國教授為主要修行。薩迦派在發展西藏文化中發揮了重要作用。薩迦派輔佐元朝領導西藏，西藏結束了四百多年的戰亂局面，社會生產發展，文化藝術繁榮。當時文史上流傳著很多薩迦派壹些高僧的譯著和作品，比如薩班的《聖人》，八思巴的《揭露妳所知道的》等，都是影響深遠的佳作。八思巴在忽必烈的授意下創造的新蒙古文字，又稱八思巴文字，在中國文字史上占有重要地位。
薩迦寺建在中曲河兩岸，故稱薩迦南寺、薩迦北寺。整個寺廟有40多個建築單元，是壹個宏偉的寺廟建築群。公元1073年宮闕傑布初建薩迦北寺時，結構簡單，規模很小。後來薩迦派的法王們繼續在山坡上上下擴建，鋪上金色的屋頂，並加建了許多建築，從而形成了蜿蜒曲折、規模宏大的建築群。八思巴被元朝中央政府封為“皇師”。掌管西藏後，薩迦北寺成為西藏地方政府機關所在地。
薩迦派的本欽(薩迦派本欽是元代薩迦派地方政府的首席官員)於公元1268年受八思巴委托建造薩迦派三布。當時，壹些漢族工匠也參加了建造，後來又進行了幾次擴建和翻修。氣墊宏偉，平面呈方形，四周高墻環繞，總面積14760平方米。
薩迦南寺基本上是仿照漢區的古城。是壹座堅固的城堡，防禦性能良好，擋土墻河還依稀可辨。在城堡裏，有寺廟和修道院。大經殿總面積5775平方米，正殿由40根巨大的木柱支撐，木柱直徑約為1.5米，木柱直徑約為1米。其中前排中間的柱子被稱為四大名柱，分別是“元帝柱”(據說是忽必烈賜的)、虎柱(據說是壹只老虎裝的)、野牛柱(據說是壹只長角的野牦牛撐的)和黑血柱(據說是波塞冬送的血柱)。大雄寶殿高約10米，殿內可容納近萬名喇嘛誦經，殿內有佛祖三世、薩迦派潘地塔、八思巴等佛像。薩迦寺的另壹個重要殿堂是歐東拉康，裏面有11薩迦法王靈塔。寺內墻壁上繪有巴斯巴早年的畫像和建造薩迦寺的壁畫。有壁畫反映了西藏歷史上的壹個重要事件，即薩班和闊端的會面。甌東拉康南側有壹座“普康”，是該寺僧人念誦《普巴(多見)經》的地方。
從南四寺正殿出來，穿過走廊到前院，再沿著幾十道長長的樓梯走到正殿頂樓。平臺的西側和南側有寬敞的走廊，墻上繪有珍貴的壁畫，南墻上繪有薩迦派創始人的雕像，西側繪有大曼陀羅(壇城)。
薩迦寺南寺經過多次修繕，尤其是1948大修，部分地方變化較大。正殿前增加了壹些附屬建築，正殿的木墻換成了泥墻，重新繪制了很多壁畫，特別是墻上有垛的女兒墻換成了藏式平檐。但總的來說，南寺是藏族平川寺建築的代表，融合了藏漢建築風格。
薩加爾王朝統治時期，是政教合壹的地方政權。所以薩迦寺除了大規模的寺院之外，還有壹些官邸等建築。公元1265年八思巴回到薩迦寺時，為自己設立了壹個“讓”，管理個人財物及相關事宜。八思巴死後，傳至貢嘎洛珠堅贊(65438+4世紀上半葉)，薩噶昆家族分為四個“讓”(讓原指西藏宗教領袖的住所，後演變為宗教領袖處理政教事務的機構)，由父子繼承，而薩迦法王的王位則由這四個“讓”依次繼承。這四個“讓”是:西托讓、拉倉讓、仁欽崗讓、都缺讓。
西托讓的建築是壹個長方形的四邊形，長56.6米，寬40米，高四層* * * 16.3米。原來是巴西巴當法王時的官邸，當時他管理著衛藏13萬戶。後來壹直是薩迦王朝的政府所在地，最後成為四大讓之壹。
拉康拉讓的建築原本是巴斯巴死去的地方。在薩迦寺南寺大經堂右側的城堡裏，有壹個在三樓，幾乎和正殿壹樣高，然後就是四拉讓之壹。
仁欽崗和都克讓都是巴斯基巴時代的建築，規模相當大。到了15世紀，都是各自獨立的阿旺貢嘎仁欽和白馬屯對旺久兄弟，為了爭奪薩迦法王的皇位，產生了矛盾，互不相讓，於是建立了彭措坡張和卓瑪坡張兩個家族，薩迦法王由長子輪流在這兩個家族中擔任。他們的宮殿建築當然是薩迦寺的重要組成部分。
薩迦寺自建成以來已有900多年的歷史。這期間薩迦王朝統治西藏長達70余年，寺內文物極為豐富，尤其是經書。薩迦寺的圖書資料集中在三處，即北寺的吳澤、古戎圖書館和河南寺大雄寶殿，共藏書約24000冊。“吳澤”是聖殿最早的圖書館。據說在巴斯巴之前這裏堆滿了書，巴斯巴時代有少量的珍本藏在這個房間裏。除了大量的古代藏文手稿，房間裏還有大量的梵文貝葉和漢文經書。這些經部都是用金、銀、朱砂或墨水制成的。南四堂藏書最多。據說這裏的書是在八思巴當法國國王的時候，由西藏各地的作家抄來的。“古戎”圖書館的大部分書籍也是手稿。其成書時間可能比《吳澤》河南殿略晚。此外，還有壹本明代永樂八年在內地印制的《華嚴經》，有禦後序。藏文書籍有天文、歷法、醫學、文學、歷史等3000種。在北寺的“古絨”中，有不少是宋、元、明三代的手稿、文稿，而且大部分是歷代法王註釋、詮釋的善本。現在，南四寺正殿法壁中保存完好、特別珍貴的書籍，都是在正殿後部和左右兩側有穿墻的大書架。書架上擺滿了經書和經典，不同版本的書信約有兩萬封，其中最大的壹部叫《鐵圈八千頌》，是1.31.12。這些經典中有壹些是難得壹見的，是極其寶貴的文化遺產。所以有學者認為薩迦派的書籍和壁畫可以和敦煌相提並論，被稱為第二個敦煌。除了這三個大圖書館，其他小廳和兩個法國國王的章節裏也有很多手稿和印刷書籍。
此外，薩迦寺還有十箱歷史檔案。據說有些是薩迦派統治時期的重要文獻，有些是烏拉官、稅、印、民事訴訟等文獻，是研究西藏封建農奴制的珍貴資料。此外，薩迦寺還有2000多塊印版，包括《薩迦派簡史》、《薩迦派創始人傳》、《薩迦派傳》。
薩迦寺有豐富的歷史文物。作為西藏與中央政府關系的歷史見證，裏面有元代中央政府贈送給薩迦地方官員的印章、印文、皇冠、服飾等。這裏有各種佛像、法國垂飾、刺繡、供品、瓷器以及宋元以來法國國王的遺物。其中有兩枚歷史悠久、制作精美、價值較高的文物印章，壹枚是玉質梵文印章，壹枚是刻有漢藏蒙文字的青銅三體印章，上面用中文刻有“成化二十壹年九月禮部所制”字樣。據不完全統計，薩迦寺現有佛像2萬余尊，其中不少是元明以來的珍貴文物，其中鑄有“大明永樂年”標誌的銅佛數十尊。薩迦寺內有四件稀世珍寶，分別是貢布古魯(珠青白瓦巴從印度請來的偶像膠)、朗傑曲丹(大翻譯家帕白羅紮瓦建造的佛塔，常出塔，被奉為神水)、文殊菩薩(薩班本尊，相傳尊前七日讀文殊經可開啟智慧之門)、尤卡姆塔拉。薩迦寺的鎮寺之寶是當年忽必烈送給八思巴的壹個黑色木盒。盒子裏有壹個巨大的白色紙海螺。寺裏的和尚視其為生命之外的東西。只有在壹個宗教吉祥的日子，他們才會打開盒子，拿出海螺，由壹個和尚吹奏。薩迦寺收藏的瓷器有2000多件，大部分是元明時期的，少數是宋代的。唐卡和壁畫是西藏寺院中的兩朵奇葩。薩迦寺有3000多張唐卡。經鑒定，宋、元、明三代珍貴唐卡360余件。薩迦寺的壁畫色彩斑斕，栩栩如生。除了宗教內容，壁畫還記錄了八思巴往返內地和西藏，被封在北京的場景。薩迦寺有壹件薩班的袈裟，壹個翡翠紅金的緞面，壹個紅色的絲綢襯裏和繡花鞋，這些都是中國大陸制造的。巴斯巴的遺物包括壹頂酷酷的帽子和三只鞋子，也是中國大陸制造。此外，寺內還收藏有元代兵器，是極為珍貴的歷史文物。
薩迦寺每年都會舉行許多大大小小的祭祀活動，其中規模最大、最具特色的就是薩迦寺夏冬兩季的金剛舞。薩迦寺夏舞每年藏歷7月舉行，冬舞歷11月19日開始。神舞表演時，舞者都戴著薩迦寺護法和各種靈獸面具。《神舞》用壹個簡單的故事生動地反映了殺魔的基本內容。每年在這兩次法會重合的時候，都會有成千上萬的遠近僧人和居士趕到薩迦寺朝拜觀禮，祈禱神舞能給人間帶來幸福和吉祥。