戰鬥中的小隊指令菜單：
移動：分為單體移動和全體移動，顧名思義，單體移動就是只移動小隊中某壹部機體，而全體移動就是全小隊壹起移動，註意這時的移動力是按移動力最低的單位來算的。
隊列：編成小隊的隊列，小隊的壹號隊員只能攻擊敵方小隊的壹號隊員，二號和三號依此類推，但是當敵人小隊的戰鬥單位小於我方小隊戰鬥單位的時候，我方多出來的小隊成員會向敵小隊壹號隊員進攻（例如我方有三名隊員，而敵方只有兩名，這時我方的第三名隊員就會攻擊敵方的第壹名隊員）。利用隊列的戰術也很多，比如敵小隊二號隊員的實彈武器攻擊力很高，而我方小隊裏恰好有SEED系的高達，這時候就可以將我方SEED系的高達調至二號，然後就可以利用SEED系高達的PS裝甲來防禦住敵人的實彈攻擊了。
攻擊：直接攻擊只能攻擊鄰接的敵人，有六方向，選定攻擊目標小隊後進入設置畫面，此時可以選擇武器攻擊，回避和ID。射擊攻擊有殘彈限制，格鬥武器無限制，有些武器是消耗機師的SP的；選擇回避的話，選擇回避的機體本次不參與攻擊但是回避率得到提升。ID相當於機器人大戰中的精神指令，就是原作中該機師比較著名的臺詞，使用後可以提升機師或是機體的能力，有SP限制。攻擊時射擊攻擊會先制於格鬥攻擊,即攻方射擊->守方射擊->攻方格鬥->守方格鬥，不過有時機師也能發動先制攻擊。
間接：此指令壹般為母艦或是炮擊型MS單位所有（比如鋼加農等），選擇此指令後可以選擇長距離炮擊型武器對敵小隊實施遠程打擊，被攻擊的敵小隊無法反擊，但是可以選擇“散開”指令來躲過攻擊，但是散開後可能因為落單而被各個擊破，且當四周圍都有小隊在的時候無法散開（總不能站人家頭上去吧……），有的機師擁有阻止散開的ID，這種機師壹定要給他分配具有強力遠程武器的機體啊。
ID：在戰鬥地圖畫面的菜單裏的ID壹般是使用對我方大範圍有效的ID，例如主艦的艦長可以使用散布米粒子的ID來增強指揮範圍內我方機體的回避能力。
變形：某些MS具有變形能力，可變成MA等。
捕獲：機體和資金的重要來源，要想得到好的機體或是搶來敵人機體拿去賣錢的話，就要靠這壹著了。當我方有將敵人包圍時（三個小隊與敵人鄰接，位置不限定，包圍的小隊越多，成功率越高）出現，還會有成功率提示（BOSS機無法捕捉），是抓是殺全在於玩家了，有的機師擁有可以提升捕獲率的ID，壹定要善加應用。
交信：相當於機器人大戰裏的“說得”選項，當戰場中可以發生對話的兩名機師所在小隊鄰接的時候就會出現，此時可以對敵方角色進行說得等。熟悉原作的玩家應該記得在什麽情節裏會有哪些人會出現對話吧，那麽就趕快試試吧。
母艦專有的"發進"和"歸艦":機體從母艦裏出發的時候可以是整個小隊壹起出發.而當機體受傷或是彈盡的時候可以回到母艦裏補給和修理。
被敵方間接攻擊的時候,我方會有"散開"和"維持"兩個選項,選擇"散開"的話,會有較高的機率躲過敵人的攻擊,但是隊員們卻會被分散開,有被各個擊破的危險,所以有時候要選擇"維持"來保持隊型,但是這時就要靠機師的能力來躲避攻擊了.要註意的是母艦是不能散開的，所以面對敵人的遠程攻擊時，只能硬接下來了。
在戰鬥地圖上，在小隊圖標上按下B鍵，可以進入小隊狀態畫面，然後可以選擇機體，再按左或是右鍵查看機體或機師資料。按下選擇鍵則可以查看縮略地圖。
戰鬥中的系統菜單：
在地圖空處按下A鍵就會出現系統菜單：
1.TURN END：結束我方的行動，輪到敵人行動。總行動順為：我軍->敵軍->友軍->第三軍。
2.中斷：戰場記錄。
3.狀況：可以查看現在敵我雙方的狀態。
4.部隊壹覽：查看我方部隊狀況。
5.設定：系統設定，第壹項是是否確認攻擊方式，即選擇好攻擊所使用的武器後電腦會提示妳是否確定開始攻擊。第二項是是否自動跳過對話，當妳長時間不按鍵進行對話的時候，會自動跳到下壹個對白。第三項是信息速度，可按自己喜好來調節遊戲信息的速度。
過關後的獎勵：
這次的金錢都用補給點來表示，過關後可以得到補給點，發生劇情對話也能得到補給點的獎勵。在編成時也可以通過賣掉敵人的機體來獲得補給點，有些關卡過關後還能得到改造用的部件。
編成畫面菜單：
作戰
1.作戰：確認下壹關的作戰目的，玩家可以通過作戰會議了解壹下下壹關的情況。
2.索敵：相當於獎勵關，可以無限進入，裏面是隨機配置的敵人，當感覺自己的補給點不夠或是需要什麽機體的時候就索敵看看吧，說不定會有意外的收獲。
3.進擊：進入下壹關。
4.記錄：不用說了吧……本次的記錄檔只有壹個。
5.讀取：這個我看也不用說了……
編成
1.配屬：將機師和MS或MA配置於母艦上。要註意的是有的機師是只能要乘坐專用機的。
2.補給：分為補給和處分兩個選項，補給選項是消耗補給點來購買機體和組合部件，而處分則是將已有的機體或是組合部件賣掉從而獲得補給點。
3.部隊壹覽：查看所有單位的資料。
開發
1.改造：本次的SD高達與PS上的壹系列SD高達都不相同，由於機能的關系，將原有的設計、開發和生產等項目都取消，而改為“改造”，就是將得到的組合部件與機體相組合，從而組合出新的更強的機體，例如“高達”+“マグネットコーティング”就可以組合出MC高達，要特定的機體和特定的部件才能組合出新的MS或是MA，所以，為了能擁有更強大的機體，大家快去敵人身上搜刮零件吧。
另壹個選項"強化",是消耗壹定量的金錢來強化機體的能力和武器的攻擊力,每部機體只能強化兩次,但是當強化過的機體又壹次被改造或是分解之後,強化效果也會消失,所以在強化高級機體的時候壹定要三思,不要白白讓補給點打了水漂.
2.分解：將組合過的機體分解為原來的機體和部件。某些高級的部件要從敵方的高級機體身上拆下來才有可能得到。
3.設計圖：所有已經組合成功後的機體都會在這裏顯示出來並有組合方案。
通關後：
通關後可以接記錄繼續玩，不過此時只能在玩過的關卡裏索敵，不過索敵幾次後就會出現隱藏關。在おまけ裏可以查看所有見過人物和機體的資料，還可以聽遊戲中的音樂。
機體開發表
按作品年代劃分
改造前 加裝配件 改造後
ガンダム マグネットコーティング MCガンダム
MCガンダム ムーバブルフレーム GP01ゼフィランサス
ジム カスタムパーツ ジム·コマンド
Ez8改 サラミス炮 Ez8HAC
Ez8改 ベクタードスラスター Ez8HMC
アプサラスⅡ クリアランスパーツ アプサラスⅢ
エルメス サイココントローラー キュベレイMKⅡ
ザクⅡFZ ハイクリアランスバーツ ギラ·ドーガ
ザクⅡFZ クリアランスパーツ ハイザック
ザクⅡFZJ カスタムパーツ グフ
ザクⅡ カスタムパーツ ザクⅡFZ
ザクⅡF 陸戰キット ザクⅡJ
ザクⅡFZ ムーバブルフレーム ザクⅢ
グフ カスタムパーツ グフカスタム
ゲルググ スナイバーライフル ゲルググJG
ゲルググ カスタムパーツ ゲルググM
ゲルググ ハイクリアランスパーツ R·ジャジャ
ドム クリアランスパーツ ドム·グロースバイル
ドム カスタムパーツ ドム·トローペン
ドム 高機動スラスター ドム·バインニヒツ
ドム ムーバブルフレーム ドライセン
ズゴック カスタムパーツ ズゴックE
ハイザック ムーバブルフレーム バーザム
ビグロ Iフィールド ノイエ·ジール
ビグロ クリアランスパーツ ヴァル·ヴァロ
NT-1 アレックス アーマーユニット アレックスFA
GP01ゼフィランサス 高機動スラスター GP01フルバーニアン
GP01ゼフィランサス クリアランスパーツ ガンダムMKⅡ
GP03Sステイメン アームドベース GP03デンドロビウム
ジム·コマンド カスタムパーツ ジムカスタム
ジムカスタム クリアランスパーツ ジムⅡ
ジムカスタム ビームキャノン ジムキャノンⅡ
ジムⅡ ムーバブルフレーム ジムⅢ
ジムⅢ アップグレードバーツ ジェガン
ノイエ·ジール ハイグレードパーツ αアジール
Zガンダム インコム スベリオルガンダム
Zガンダム ハイクリアランスパーツ リ·ガズィ
Zガンダム ハイメガキャノン ZZガンダム
ガンダムMKⅡ ディフェンサーユニット スーパーガンダム
リック·ディアス 可變フレーム メタス
リック·ディアス アップグレードバーツ リックディアスS
リックディアスS ディフェンサーユニット スーパーディアス
メタス ムーバブルフレーム 百式
百式 メガバズーカランチャー 百式（MBL）
百式 アップグレードバーツ 百式改
百式 バイオセンサー Zガンダム
百式改 アーマーユニット フルアーマー百式改
サイコガンダム インコム ガンダムMKⅤ
ガンダムMKⅤ ハイグレードパーツ ドーベンウルフ
ZZガンダム アーマーユニット フルアーマーZZ
キュベレイMKⅡ ビームキャノン 量產型キュベレイ
ガザC ガンダリウムγ ガザD
ガザD アップグレードバーツ ガザE
ザクⅢ ハイグレードパーツ ザクⅢ改
ジェガン ハイクリアランスパーツ ヘビーガン
リ·ガズィ BWS リ·ガズィ（BWS）
リ·ガズィ フィンファンネル υガンダム
ギラ·ドーガ サイココントローラー ヤクト·ドーガ
ヤクト·ドーガ サイコフレーム サザビー
Vガンダム ビームキャノン V'ガンダム
劇情攻略
宇宙世紀（UC）0079年壹月三日，距離地球最遠的殖民衛星--SIDE3宣布獨立，建立吉恩(ジオン)公國，並且對地球聯邦宣戰。當時地球聯邦的綜合國力是吉恩的20倍，無論是誰都相信壹定會是地球聯邦壓倒性的勝利，只不過事實總是超乎人們的想象之外的……通過遺傳因子操作的人類--COORDINATOR，以及他們的軍隊--ZAFT，還有位於歐洲的實力強大的羅姆菲勒(ロ—ムフェラ)財團及其私兵部隊--OZ，在這些第三勢力的介入下，吉恩軍從戰爭初期開始取得了壓倒性的勝利……戰爭就這樣持續了半年，地球聯邦、吉恩公國、OZ、ZAFT，還有月之民(ム—ンレィス)……0079年九月中旬，吉恩與聯邦的戰鬥越來越激化，
第壹關:它的名字是“高達”·"G" on the ground
SEED第壹話的劇情,ZAFT的庫魯澤(クルーゼ)隊襲擊了奧布的殖民衛星海裏奧波裏斯欲奪取聯邦軍的新造兵器,大和吉良(キラ=ヤマト)在尋找避難所的途中無意間在工廠裏發現了聯邦軍的新式機動兵器“G”，而且前來奪取它的ZAFT士兵居然是從前的好友阿斯蘭(アスラン=ザラ)，為了逃生，吉良只好乘上了強襲高達（ストライクガンダム）……
第壹戰比較容易，壹開始瑪琉(マリュ—=ラミアス)會詢問是否需要指導，選第壹項的話可以在瑪琉的指導下輕松消滅敵人，選第二項的話就要靠自己努力了，建議第壹次玩的人還是選第壹項好。幹掉三部敵機後被庫魯擇追擊的穆(ムゥ=フラガ)出現，可以讓吉良和他組成壹隊再攻擊敵人，過了幾回合母鍵AA（アークエンジェル，簡稱AA）就會趕到支援。對付庫魯澤的時候只要多多利用ID就可以輕松解決。
第二關：從宇宙落下之星·Descend to earth
AA要突入大氣圈進入地球，聯邦軍的LUNA2的瓦肯艦隊來護衛。庫魯澤隊和吉恩軍的“紅色閃電”喬尼·萊丁惡狠狠地……追殺過來，而吉良的好友－阿斯蘭也在其中……
本關任務是防衛AA六回合，壹開始友軍戰艦就會沖上去並放出多隊的核戰機來攻擊敵人，不過在敵人面前只有挨打的份，吉良和阿斯蘭交手後兩人可以交信。數回合後，高達X裏的BT兄弟來襲，吉良看見AA被攻擊，當即爆SEED將兩人擊退。瓦肯司令在這場戰鬥中也會被庫魯擇所擊敗。六回合後，AA突入大氣層，同時TURN A高達的主角羅蘭(ロラン=セアック）也做為月之民的“地球回歸計劃”的先遣部隊而降落地球，但是吉良在準備歸艦的時候被突然出現的飛翼零式(ウィングガンダムゼロ)攻擊，受重傷後掉落地球……
第三話：戰場是荒野·Escape in ruines
本關是WB(ホワイトベース，簡稱WB)隊擊斃吉恩軍司令卡魯瑪·紮比(ガルマ=ザビ)的劇情，夏亞(シャア)的復仇計劃第壹步。我方的目標是將敵人引到WB的埋伏範圍內，壹開始布萊德會作出說明，紅色的區域即是。讓阿姆羅上前和夏亞交手會發生對話，阿姆羅和敵軍中的庫庫魯斯（ククルス·ドアン）交手後也會發生對話，然後可以交信（這是進入EX第壹關的條件）。當卡魯瑪所乘坐的母艦進入範圍後，會發生原著劇情，WB將卡魯瑪擊斃，同時敵軍的其他母艦也會撤退，但是MS部隊會留下來，所以這時候就可以放開了隨便打了，如果可以的話抓壹部紮古回家收藏收藏。
Ex第壹關：庫庫魯斯的島·Desert soldier
阿姆羅出艦偵察後被不明炮火擊中，醒來後發現自己身處壹座小島中，原來擊落他的就是在上壹戰中交手過的庫庫魯斯，這時卻有數部吉恩軍的紮古來襲，原來庫庫魯斯為了保護孩子們而當了逃兵，而吉恩軍是來清理門戶的。
第二回合庫庫魯斯就會出來支援，兩人將紮古隊全滅後又出現了新的敵人，這時庫庫魯斯怒槽爆發，發動SUPER模式……將敵軍全滅……然後母艦來到，接走了阿姆羅，同時庫庫魯斯為了能保護更多在戰爭中受苦的孩子，也加入了WB隊。
第四話：吉恩的威脅
WB隊在前往聯邦軍總基地加布羅的途中。在經過沙漠的時候，和吉恩軍的王牌機師--“青色巨星”蘭巴·拉魯(ランバ=ラル)所帶的部隊遭遇。
本關敵人還是不太多，開戰後，塞拉（セイラ)會駕駛核戰機出擊挑戰蘭巴，但是卻被重創（HP減半）。這時可以讓WB和塞拉鄰接後交信，塞拉就會重新聽從指揮。數回合後，阿魯夫（アルフ）博士帶著勇(ユウ=カジマ)的BD小隊出現在左上方，同時在左下方也出現了乘坐著同樣擁有EXAM系統的依夫裏特(イフリ—ト)的尼姆巴斯(ニムバス)。這時可以讓勇發動BD-1的EXAM系統（用ID）然後再和尼姆巴斯交戰，由勇打倒尼姆巴斯的話可以得到獎勵點數。
過關後，WB隊決定與同在沙漠中的AA隊會合。
第五話：沙塵的盡頭·Desert tiger,Blue giant
在AA隊和WB隊會合的時候，ZAFT軍號稱沙漠之虎的安多留·巴魯特菲魯德(アンドリュ=バルトフェルド)來襲，在沙漠之虎開始進攻後，蘭巴·拉魯所率領的吉恩軍也開始了進攻，我方呈被敵兩面夾擊之勢。
本關可令WB隊和AA隊分別迎擊上下兩方的敵人，WB隊方面，最好是讓塞拉和阿姆羅編在壹隊，這樣和蘭巴交戰的時候就可以壹次性對話完畢，多運用鋼加農(ガンキャノン)和鋼坦克(ガンタンク)的遠程攻擊分散敵人然後再加以各個擊破。勇的隊伍最好是去支援WB隊。
在AA隊那邊，第壹回合結束後卡嘉麗(カガリ)就會率領遊擊隊乘紮古出擊，同時羅蘭也會乘座MSフラット在左方出現，不過這時候他們都是友軍，可以讓大天使號靠近卡嘉麗進行交信，然後他們就會加入我方。吉良也可以和卡嘉麗進行交信。敵軍的MA巴庫（バクゥ）實力較強且都帶有遠程武器，如果能讓AA受重傷的話，吉良就會發動SEED，這樣就容易多了。
戰鬥結束後得到新的補給，強襲高達的空戰裝備也得手了，還有強化了的MC高達，馬上就要開始奧得塞攻略戰了。
第六話：哀戰士·Battle in Odessa
本關是與“青色巨星”隊和“沙漠之虎”隊的決戰，我方的小隊配置最好是和上壹關相同。
開戰後，建議先攻擊蘭巴隊，由阿姆羅擊倒蘭巴後會發生劇情，蘭巴自盡而亡（如果在擊倒蘭巴之前先擊到他的妻子哈蒙（敵母艦）的話，可以進入EX第二關）。沙漠之虎方面，由吉良將安多留擊倒後也會發生劇情。將敵人消滅到壹定數量以下的時候，在地圖中央的湖下方，黑色三連星會帶著四隊紮古增援，讓阿姆羅攻擊黑色三連星小隊的話會發生劇情，瑪奇露達為了掩護阿姆羅而被黑色三連星殺死，而阿姆羅也在這個時候擊斃了三連星中的馬修。事件後，三連星的其余兩人撤退，可以放心打掃戰場了。
戰鬥結束後收到消息，雷比爾將軍已經成功拿下奧德塞，吉恩軍的瑪·庫貝司令（マ=クベ）逃往宇宙。同時，雷比爾將軍將AA隊和WB隊編成為第十三獨立艦隊，並任命AA為旗艦（終於，0079被SEED完全壓過了……），瑪琉為艦隊的總指揮。這時警報響起，原來吉恩軍已經開始了加布羅攻略作戰，在空中更是出現了由愛娜（アイナ）駕駛的MA阿布薩拉斯(アブサラス)……
Ex第二關：戰鬥只能加深仇恨·A song of hate they hear……
安多留的情人愛沙為了給安多留報仇而帶隊來襲。在第二回合會有兩部敵機增援，讓吉良攻擊愛沙會有對話，第三回合結束時，哈蒙會駕駛著裝滿了炸藥的陸上戰艦出現欲撞擊WB，現在玩家的首要目標就是要擊毀哈蒙的戰艦。將敵人全滅後，吉恩軍的殘黨也投降了，但是突然出現的聯邦軍的巴斯克卻讓強化人零將投降的吉恩軍消滅，瑪琉艦長看不過，決定讓吉恩軍的人先逃跑，而由我方艦隊來拖延時間。此時的任務目的是拖延時間到八回合以後，不過巴斯克的戰艦會壹直沖向前來，玩家如果想快點解決的話直接將戰艦擊毀就可以了。
第七話：突襲加布羅·Jabro raided
阿魯夫博士制造好了高達BD3，並將其交與勇。在地面上打得熱火朝天時，夏亞正率隊偷襲加布羅的地下港。
本關壹開始敵人出現在地圖的右下角，在正式開始戰鬥後，尼姆巴斯偷取了高達BD2在地圖的右方出現。而乘上了BD3的勇也已經出擊，當然對付尼姆巴斯的最好方法就是讓勇發動EXAM後用特技攻擊。第二回合開始後08小隊的西羅（シロ—)帶隊在地圖左方出現增援。將敵人消滅到壹定數量的時候，愛娜乘坐著MA布薩拉斯出現在地圖左下方，同時黑色三連星的剩余兩位也駕駛著新型的MS加入戰鬥。當夏亞攻擊WB的時候會發生劇情，伍提為了掩護WB而被夏亞殺死，而塞拉和夏亞交戰後雙方可以交信。擊退愛娜後，西羅和原著劇情壹樣追擊阿布薩拉斯而去，全滅敵人後，總部也傳來了撤退命令，原來加布羅已經完全失守了，眾人正要離去時，那該874的福羅斯特兄弟又出現了，不但自身乘坐著高達，還帶來了壹批阿布薩拉斯……
此時玩家的任務就是要讓AA逃離到地圖下方區域，瑪琉艦長會指示出來，接著就是……逃吧……
其實大家可以趁這個時候抓壹兩部阿布薩拉斯回家的，這可是好東西啊~~~~只要小心歐魯巴（オルバ）的攻擊就行了，其他的敵人都是用遠程攻擊的，可以利用散開來回避。
壹行逃出加布羅後，加布羅便被吉恩軍完全占領，地球聯邦陷入了非常不利的境地，雷比爾將軍只好率部撤離到澳洲繼續指揮反抗作戰。雖然這裏有新型的戰艦和MS，但吉恩軍的魔爪也已經伸到了這裏……
第八話：強奪高達·Encounter in two soldiers
在聯邦軍新型戰艦阿魯比安(アルビオン，以後簡稱ARU)停靠在基地內的時候，吉恩軍的王牌機師--有著“所羅門的惡夢之稱的阿納貝爾·卡特(アナベル=ガト—)潛入基地內並成功奪取了搭載有核彈頭的最新試制MS-高達GP-02，在他奪得機體的同時，聯邦軍的士浦木 宏(コウ=ウラキ)發現了此情況，便隨即搭乘上同樣是新型試制MS的高達GP-01欲阻止卡特。
本關開始便是宏和卡特的單挑，把宏的ID全用上吧，不出差錯的話兩次攻擊就能解決掉GP-02，不過在卡特強大的實力下（其實是像小強壹樣復活了……），宏還是沒能阻止得了他。在卡特撤退後，吉恩軍的掩護部隊登場，巴尼(バ—ニイ)也在其中。這回的敵人數量比較多，而我們的獨立艦隊又不能馬上出擊，在基地中擔任試飛員的克麗絲(クリス）怕宏壹個人應付不過來，便乘上高達NT-1出擊。壹開始先不要過去攻擊敵人，讓敵人先靠近，等第三回合開始主艦出擊後在讓大夥兒壹起上，如果上關有捕捉到阿布薩拉斯並改造出阿布薩拉斯3的話，就能利用直線型的地圖武器攻擊將大部隊的敵人分散開來，這樣就比較容易擊倒敵人了，敵人中有幾部水戰MS，如(ズゴックE、ハイゴッグ),質量還是不錯的，抓壹兩部來吧。當克麗絲和巴尼交戰的時候他們會有對話，然後用克麗絲擊倒巴尼就可以救得到他。全滅敵人後即可過關。
過關後會有數名新的機師補充，總算是陷入人多位子少的局面了……壹名自稱卡繆(カミ—ユ)的年輕人出現，他就是將基地內的情報出賣給吉恩軍的聯邦軍士官福蘭克林(フランクリン)的兒子。他要求加入我方但是卻遭到瑪琉艦長的拒絕。隨後，ARU艦長西拿普斯(エイパ—=シナプス)決定開始追擊卡特。
第九話：熱砂的攻防戰·For Zeon,For glory
ARU隊找到了吉恩軍的基地，此時卡特正準備和GP-02壹起上宇宙，於是西拿普斯艦長下令ARU隊先行開始進攻。
初期敵人不是很多，但是敵人在攻擊時大都會使用ID，且我方壹開始的人數較少，最好不要馬上就沖上去。第二回合結束後，卡繆的父親會駕駛著紅色角馬來進攻我方，同時卡繆也從機庫裏偷乘高達MK2出擊阻止父親。在第三回合，AA和WB趕到，同時敵人也會派出增援。這時可以放心進攻了。讓卡繆和他父親交戰會有對話，但是不要將其擊倒，下壹回合開始後，東方不敗會出現，將卡繆父子好好教訓了壹頓後，出手將卡繆的父親打倒，並讓徒弟多蒙(ドモン=カッシュ)將其綁到AA上，隨後兩人即加入戰鬥。在我方母艦接近吉恩軍基地（也有可能是第四回合開始後我方行動後）時，卡特終於不忍丟下同伴不顧而駕機出擊，而吉恩軍的基林(キリング）中佐卻不願幹這傻事而離去。擊倒卡特後就可以回收GP-02（但是用不到……）。
戰鬥結束後，東方不敗師徒來到AA上，東方不敗想把弟子留在艦隊裏“體驗生活”，西拿普斯艦長怕麻煩就把壹切都推給瑪琉艦長自己卻跑了……盛情難卻，瑪琉艦長只好留下了多蒙，同時康復後的巴尼也加入隊伍中。
此時，在宇宙，基林中佐正為了將核彈頭帶了出來而暗暗高興，沒想到卻接到了有壹部不明身份的MA接近的報告……而飛翼零已經瞄準了目標……
後篇：穿過宇宙的流星·The 3rd "GUNDAM" appears
此關乃希羅的個人秀，基林派出的MS根本就不能和零式相匹敵。解決了敵人後，希羅又收到的新的任務，向著目的地而去……（如果四回合內能過關，就能進入Ex第三關）
為了奪回加布羅基地，第十三獨立艦隊被編入加米托夫準將的心腹---巴斯克的部隊中，這時眾人才得知原來加米托夫已經取代了雷比爾將軍的位置。西羅因為在撤出加布羅基地後和敵軍的愛娜在壹起而被懷疑是間諜，為了洗清自己的嫌疑，他要求下壹次戰鬥時壹定要讓他出擊，同時在吉恩那邊邊，愛娜也同樣因為曾和聯邦軍的西羅在壹起而受到她的哥哥基尼阿斯（ギニアス）的責怪。這時在宇宙中，阿斯蘭也作為ZAFT的增援而被派遣到加布羅基地。
Ex第三關：和高達相會的日子·Boys meet "G"
OZ襲擊了西布克所在的城市，因為西布克的母親是高達F91者，所以聯邦士兵想讓他看看能不能啟動F91，沒想到真的成功了，於是西布克就駕駛著F91單槍匹馬出擊迎敵。在第二回合，伍索看見OZ在城市裏引發戰鬥後十分氣憤，居然爬上敵人的MS將機師打出來後乘上了敵方的MS，西布克感應到那部MS並不是敵人後便讓伍索與其會合。第三回合我方艦隊登場，而剛才被伍索打落的敵BOSS也重新帶兵上場。將敵兩BOSS都消滅後，希羅和澤古斯兩人出現且澤古斯想要和希羅分個身負，不過在希羅強大的火力下……全滅敵人後就可過關。
西拿普斯艦長正在責怪聯邦士官隨隨便便讓外人接觸軍部機密，而瑪琉艦長卻說這事交由她處理就好了，而西布克也有加入我方的意思。伍索為了尋找自己的父親也加入了艦隊。
第十話：震動的大地·Darkness crawl
奪回加布羅的作戰已經開始了，第十三獨立艦隊奉命在加布羅地下港吸引敵軍註意力好讓聯邦主力部隊能夠順利攻下加布羅。進入地下港後，吉恩軍已經擺好了陣勢準備歡迎我軍……
本關最好讓三個部隊都從左邊進攻，西羅已經出擊。吉良可以在和敵軍中的阿斯蘭交手後與其交信，但是兩個人都說服不了對方，用吉良擊退阿斯蘭可以得到獎勵。敵軍中的諾裏斯(ノリス)在被打倒後還會再復活壹次，然後再用西羅擊倒他就會發生劇情，西羅在被諾裏斯重創後仍不放棄，堅信自己壹定要見到愛娜而拼死向諾裏斯發起攻擊，在最後壹刻，諾裏斯終於知道眼前的對手就是愛娜所思念的人……
消滅全部敵人後，基尼阿斯和愛娜駕駛著完成了的阿布薩拉斯3出現，同時巴斯克也在加布羅地下設置好了獨眼巨人系統(サイクロブス)，想將吉恩軍和第十三獨立艦隊壹網打盡。當敵人開始行動後，阿魯夫博士發覺了這壹情況，原來是加米托夫為了在奪回加布羅後順便削弱雷比爾將軍的力量而搞的鬼，這次參加進攻的也差不多都是原雷比爾將軍的部隊。知悉了這壹情況後，西拿普斯艦長決定盡快消滅剩余的敵人後再逃走。
在引發這壹劇情前玩家們最好將己方部隊往下放壹點，因為阿布薩拉斯3的攻擊力和命中都很高，萬壹被其擊中後果不堪設想……將阿布薩拉斯3的HP打到快完時會發生劇情，愛娜因不同意哥哥的做法而被基尼阿斯槍擊，隨後憤怒的基尼阿斯向我軍發起了猛攻（HP全回復）。再壹次用西羅擊倒他後，西羅和愛娜便會兩人合力給予阿布薩拉斯3最後壹擊，終於將其消滅，可同時兩人也卷入了爆炸中，幸好被桑達斯救回。
消滅了阿布薩拉斯3後戰鬥就會結束，我軍正準備逃離的時候，又壹次，那BL兄弟帶兵擋在我軍面前。希羅在此時及時趕到，消滅了擋路的敵軍後帶領艦隊逃出了即將爆炸的加布羅……
逃出成功之後，眾人正為以後該怎麽辦而著急，這時與希羅同來的J博士（ドクタ—J）出現在AA的艦橋通過J博士的話眾人才知道，原來加米托夫已經和OZ勾結在壹起