下設外辦和藝術中心兩個部門，現有人員17。
導演:張艷萍
副主任:王惠恩、、陳(外辦)中國歷史博物館學術委員會最初成立於1956。新館建成後，為加強對中國通史展覽的指導，1961年，文化部聘請了歷史、考古、文物博物館等領域的壹流專家組成新的學術委員會。當時有十五位成員:吳晗、夏鼐、鄧拓、、齊雁鳴、徐平玉、王、翦伯贊、呂振宇、侯外廬、張、鄧光明、王振鐸、、賈蘭坡、吳晗為主席，夏鼐為副主席。這個學術委員會基本上是由館外專家組成的。為便於我館學術活動的組織，1962成立了科研委員會，在學術委員會的指導下開展工作。當時的科研委員會由十三名委員組成，龍乾任主任委員，陳喬、韓守宣任副主任委員。沈從文、賈蘭坡、王振鐸、、、李石英、、尹伯修、石叔青、耿宗仁。1966年，文革開始，學術委員會停止活動。1998年，中國歷史博物館學術委員會重新成立。
委員:(按姓氏筆畫排列)
孔祥興、王洪軍、王冠英、王曉天、季孫、石樹清
朱、、顧長江、童、杜、於
黃
主席:余
副主席:孔祥興
秘書:黃文物收藏鑒定委員會成立於1963，主任委員為龍乾，副主任委員為陳喬、韓守宣。成員包括沈從文、尹伯修、李石英、、施叔青、楊宗榮、耿宗仁、賈立德、、陳鵬程、張和。從65438年到0966年，文革開始，文物收藏鑒定委員會的工作陷入停頓。1988，博物館恢復文物收藏鑒定委員會，於任主任，史樹清、杜任副主任。
成員:(按字母順序排列)
馬、孔祥興、、、。
石喜光、石樹清、、、朱
呂長生、李、、、顧長江
邵，童，杜，新，於
耿東生、蔣、傅、、董德義
主席:石樹清
副主席:孔祥興
中國歷史博物館
秘籍:關雙喜貫徹黨的路線方針政策和上級黨委指示；開展經常性的黨的工作；負責黨委和黨支部之間的聯系；發展黨員工作和思想政治工作；負責館內中層領導的考核、管理、培訓和任免程序；開展工會、共青團、婦女和統戰工作；完成黨委交辦的其他任務。
黨委辦公室人員:3人
導演:萬金利
工會副主席:王寶慶。
團市委書記:童人事部負責我館的組建，人力資源的引進、開發、利用和流動調配管理，職稱評聘管理；負責處級領導幹部的考核、管理、培訓和任免程序及員工的考核、評比、獎懲；負責員工文化教育和在職培訓的計劃、組織、實施和管理；承辦職工和出國出境人員工資福利的政審；承辦人事爭議調解和信訪接待工作；負責人事檔案管理和人事統計分析。負責離休幹部和退休人員的管理和服務。
下設兩個部門:人事勞資部和離退休幹部管理部。目前有7名工作人員。
導演:金祥(主持)
副主任:邵寶成
人事和勞工科科長:(空缺)
離休幹部和退休人員管理科科長；王清海展覽部是中國歷史博物館的重要業務部門之壹，承擔常設展覽“中國歷史展”及各類專題展覽的內容設計、形式設計和藝術制作，圍繞“中國歷史展”及各類專題展覽開展歷史學、中國歷史、文物考古和博物館學的專題研究，承擔各類社會展覽的內容設計、形式設計和藝術制作。展會運行機制采用項目管理制，展會項目全過程由展會項目負責人組織實施。
從2000年到2001年，“中國歷史展覽”的籌備和展覽工作全面展開，舉辦了三次學術研討會，為編寫展覽大綱提供了深厚的學術基礎和堅實的理論平臺。展覽部正在積極編制中國歷史展覽的展覽大綱框架，並已啟動展覽形式設計和藝術制作的調研工作。並以《中國歷史展覽》為基礎，編纂了多卷本的《中國文物史》。近年來，展覽部還承辦了“中國歷史博物館藏品特展”、“明代桂林出土梅瓶展”、“唐代社會生活展”、“金寶藏歷史文物特展”、“世界遺產——中國大足石刻展”、“滇桂黔銅鼓”。參與“法中周”大型文化寶藏活動中文物寶藏館的設計；還為中國歷史博物館設計制作了大量手工藝品。
有五個部門:展示設計室1、展示設計室2、展示設計室3、美術設計室和美術制作室。工作人員31人，其中研究館員3人，副研究館員16人。
導演:董琦
副主任:安嘉軒中國歷史博物館學術研究中心是中國歷史博物館的科研管理機構。於2000年6月正式成立，其主要職能是:
負責全館各類科研項目的立項、申報和檢查實施。
負責圖書館層面學術著作及相關書籍的出版。
出版《中國歷史文物》雜誌。
開展聯合辦學和館際學術研究，培養科研後備力量。
學術研究中心成立以來，對我館十余年的文物研究項目進行了全面的調查和統計，組織完成了我館向國家文物局“文物研究項目2001”和“2001文化社會科學重點課題”的項目申報，並在廣泛調查研究的基礎上，制定了本館近期學術著作和館級研究系列計劃，積極籌備《中國歷史博物館》的出版工作《中國歷史博物館學報》已經國家新聞出版署批準，更名為《中國歷史文物》。
現有工作人員7人，其中研究館員2人，副研究館員3人，館員1人。
館長:，副館長:孫的倉儲部是在博物館成立之初。主要負責文物的收藏、編輯和管理，以及文物的攝影、書畫裝裱、臨摹，對館藏文物進行科學研究。
近年來，保管部門對館內和部分文物庫房的館藏文物進行了清理，完成了文物基礎藏品的帳、卡、物核對工作，對藏品信息進行了科學管理，編輯出版了《中國歷史博物館館藏捐贈文物匯編》等圖書，舉辦了“打擊文物走私展覽”、“炮兵展覽”等活動。並精選收藏，參加“中國1999世界集郵展覽”等展覽。
有五個部門:收藏室、收藏室、出版室、攝影室和復印裝裱室。現有工作人員43人，其中研究館員1人，副研究館員8人。
導演:關雙喜
副主任:省人社部是在原群眾工作部的基礎上新成立的部門。
其主要職能是:開展公關活動，通過各種媒體向社會宣傳推廣中國歷史博物館的展覽，協助展覽部進行展覽的策劃和宣傳；主動聯系外賓和團體來訪；介紹和宣傳我館的學術動態和重大業務活動；負責解釋展廳中不同的內容和形式；配合重要展覽，為社會組織與展覽相關的專題講座；開展電化教育和社會誌願講解員培訓，開展多種形式的普及教育活動，包括編寫和出版普及讀物。
社會教育部下設公關工作室、解說工作室、教育工作室三個部門，員工13人，其中副研究館員4人。
副主任:黃晨(主持)和王春紅考古部是中國歷史博物館重要的科研部門。他們的主要職能是:承擔國家重點考古項目，進行野外、水下和航拍考古調查和發掘；圍繞考古學重大前沿課題開展綜合性考古研究；承擔博物館交辦的科研項目、館藏文物專題研究和文物展覽。
近年來，在田野考古中，對山西省垣曲商城進行了大規模的發掘。河南澠池班村遺址多學科綜合考古發掘與研究，江蘇連雲港孔王山漢代道教遺址大規模調查與發掘；在水下考古方面，完成了遼寧綏中元代沈船發掘和南海西沙群島考古調查。航空考古方面，對洛陽、漢魏古城、岐山古墓、內蒙古赤峰古城遺址進行了航空考古調查。此外，還組織了由國家文物局主辦、中國歷史博物館承辦的“全國考古新發現展”。
有三個研究室:田野考古研究室、水下考古研究室、航空考古研究室。現有工作人員19人，其中研究館員5人，副研究館員5人，館員6人。
主任:新副主任:和對外展覽部2001年8月原中國文物交流中心並入中國歷史博物館後，在原體制基礎上成立。主要負責境外文物展覽(含港澳臺展覽)，組織境外展覽和文物復制品銷售。對外仍使用“中國文物交流中心”的名稱。
30年來，在對外展覽部的前身國家文物局的領導下，中國文物交流中心在27個國家和地區舉辦了近百場中國文物展覽，觀眾達3000多萬人次。近年來，完成了國家文物局交辦的多項重大外展項目，如中國五千年文明美展、西班牙美展、中國考古黃金時代展、法國中國考古發現展、日本四大世界文明中華文明展、日本中國國寶展等。為了擴大對外文化交流，弘揚中華文明，做了大量工作，取得了良好的社會效益和經濟效益。
蠟像館
有三個部門:展覽室，聯絡室和包裝運輸科。工作人員11人，其中副研究館員4人，館員3人。
導演:楊洋
副主任:尹佳(博物館藏品科技保護中心)
文物科技保護部是在1952成立的文物修復室的基礎上成立的。2001年6月，由原科技部文物修復室和文物保護實驗室組成“博物館藏品科技保護中心”。其主要職責是:從事有關文物保護和修復的各種科研項目；各類文物的分析、檢測、鑒定、修復、復制、保護和環境監測；是國內外文物保護學術交流與合作的重要場所，是全國重點高校文物與文物保護專業學生的實習基地。
近年來，科技部為“中國通史展”、“全國考古新發現展”、“中國古代科技展”、“大唐風雲”等專業展覽保護、修復、復制了大量文物，並協助地方文物單位開展工作。還派出資深修復專家到香港和臺灣省指導和協助工作，修復了30多件戰國時期的青銅器。
下設兩個部門:文物保護實驗室和文物修復技術室。現有工作人員13人，其中副研究館員7人，館員3人。
副主任:潘璐圖書館信息中心由原圖書館擴建而成。承擔圖書館各類圖書資料的征集、編目、收藏和借閱，為展覽和科研提供相關資料，編輯各類專題書目和索引，修復圖書館古籍文獻，與國內外博物館和其他學術機構進行信息交流。同時還負責中國歷史博物館網站的建設和維護，承擔我館的網絡規劃和信息管理職能。
圖書信息中心有圖書信息管理和信息管理兩個局域網，現在有兩臺服務器和18終端。1999開始實現書刊采訪自動化管理，2000年開通中國歷史博物館網站。十年來，先後出版了《中國歷史博物館古籍書目》、《博物館學與博物館學論文目錄》、《中國歷史人物索引》。2000年，《中國歷史博物館館藏常見古籍目錄》編輯完成。
有三個部門:編輯室、閱覽室和信息室。工作人員18人，其中研究館員1人，副研究館員3人。
導演:黃
副館長:左潤華負責整個博物館的後勤和行政工作，為博物館提供後勤保障。
有三個部門:總務部門、機電部門和房管部門。目前有36名工作人員。
主任:馬，副主任:唐國強
資產財務辦公室
中國歷史博物館資產財務部是管理全館預算、財產和物資的職能部門。
有兩個部門:會計部和資產票務部。現有人員17。
主任:沈玉麗基建工程部主要負責大樓的維修和改造；古建築維修；後方基地建設等。並參與籌備國家博物館項目。
下設兩個部門:計劃設備部和綜合管理部。現有員工8人，其中高級工程師2人，工程師3人。
導演:楊英發，副導演:劉正軍
端門管理辦公室
端門地區管理處主要負責端門地區國有資產的管理、文物古跡的安全、古建築的定期維護和修繕。對轄區附近的環境衛生實行“三包”，配合公安機關維護地區政治穩定，維護轄區良好的社會秩序。
有兩個部門:安全部和行政部。目前有9名工作人員。中國歷史博物館綜合服務發展中心主要負責館內創收工作，開發具有我館特色的復制品、宣傳品、紀念品，參與端門地區管理。
近年來，該中心出售博物館內的各種書籍、旅遊產品和文物復制品。開發建立了“博文齋”工藝品店；在端門地區舉辦各類展會，行使區域管理權限。
有兩個部門:荔波管理部和端門管理部。現有人員16。
主席:丁維民
副館長:李負責保護中國歷史博物館的建築和文物；利用安全技術和防範設備對建築物和文物進行24小時監控；負責展館開放期間的文物綜合管理和觀眾安全；組織、領導、監督、檢查義務消防工作；協助公安機關偵破治安和刑事案件；負責委領導和來訪外賓的安全工作；負責通信機房的安全保衛。
有三個部門:安全部、警察部和技術部。目前有29名工作人員。
導演:陳國強
副主任:劉樹立、於建南