首先我們要確認壹下當時山本五十六有多大的權力。首先，那雲鐘毅率領的第壹航空艦隊擁有四艘航母，分別是赤城號、加賀號、蒼龍號和龍飛號。這6艘航母是日本海軍的主力航母，在速度和運載能力上都超過輕型航母。然後是高速戰列艦榛子號和霧島號，兩艘重巡洋艦祖莫號、裏甘號和驅逐艦11。
與此同時，新宿近藤率領的艦隊還擁有金剛號、碧草號兩艘戰列艦，四艘重巡洋艦，愛當號、鳥海號、妙高號、玉黑號、瑞豐號輕型航母和七艘驅逐艦。但因為6月4日的中途島航母大戰，日本第壹航空艦隊的4艘航母全軍覆沒，這被認為不算什麽。但饒是如此，這兩支艦隊的實力還是比較強的。畢竟手裏還有四艘戰列艦，實力絕對夠用。
然後是負責占領中途島的‘中途島突襲者部隊’和支援艦隊，負責偵查和警戒的11航空隊。‘中途島突擊隊’是負責登陸中途島的作戰力量，也是吸引美國艦隊北上的誘餌。除了運送登陸部隊的運輸船，艦隊還有由輕巡洋艦《阿凡達》號率領的11驅逐艦作為護航力量。支援艦隊由熊野、鈴谷、三九、Topmost四艘重巡洋艦和兩艘驅逐艦組成，負責提供登陸部隊所需的支援火力，但三九在隨後的行動中被美軍擊沈。提供偵察警戒的11航空兵分隊最弱，僅由兩艘水上飛機航母、壹艘驅逐艦和壹艘運兵艦組成。
其次是山本五十六的主力艦隊，位於第壹航空艦隊以西300英裏，目的是防止美國海軍將航母與戰列艦分離，避免與之發生戰鬥。其主力艦隊有三艘戰列艦大和號、長門號和綠奧號，鳳翔號輕型航空母艦，兩艘水上航空母艦千代田號和金日號，以及八艘驅逐艦。這支主力艦隊實力比較強，本身就是用來和美國太平洋艦隊的戰列艦艦隊決戰的。就因為美軍沒有按他預想的那樣行動，山本五十六的主力艦隊就被關在了空中。
最後，同樣作為誘餌的阿留申警衛部隊，在進攻阿留申群島的荷蘭港海軍基地時，也被當作煙霧彈作為戰役掩護措施，使美軍誤以為日軍的進攻目標是阿留申群島。艦隊比較強大，由日向咲、史燚、扶桑、山城四艘老舊戰列艦，龍舟、獵鷹兩艘輕型航母，北行、大井兩艘輕型巡洋艦，12驅逐艦組成。如果美軍贏得中途島戰役，阿留申駐軍將采取進壹步行動，並得到山本五十六主力艦艦隊的支援。
如果這樣看的話，日本聯合艦隊在中途島戰役中投入了非常強大的兵力。即使損失了四艘航母和壹艘重巡洋艦，日軍的兵力也非常強大，短時間內不是美國海軍能比的。從面算來，6月4日航母大戰後，日軍仍有實力進攻中途島，勝率不低。但是山本五十六為什麽會在這個時候突然放棄進攻，而是選擇命令艦隊從海上撤離呢？
如果只從紙面上計算，日本聯合艦隊的實力依然不小。如果把各地艦隊的力量都集合起來，那麽山本五十六總共有11艘戰列艦，13艘巡洋艦，4艘輕型航母，3艘水上飛機航母，50艘驅逐艦。這樣的力量在任何戰場上，其實都足以力挽狂瀾。如果要進攻中途島，那麽山本五十六的火力幾乎可以鏟平美軍在中途島的防線，美軍在中途島的防禦將承受極大的考驗。
但是山本五十六本人卻不敢對中途島發動進攻。他不敢發動攻擊的原因有很多。首先，山本五十六並不知道美軍的動向，這種動向出現在中途島海戰之前。在日軍的原計劃中，日軍將派遣第六艦隊的14潛艇前往夏威夷，監視美軍太平洋艦隊的動向。但這些潛艇大多因為維修延誤和躲避美軍嚴密的空中偵察而沒有到達位置，導致山本五十六失去了判斷美國海軍的依據，只能假設對方會出現在哪裏。這種假設很不靠譜，6月4日的航母大戰已經說明了問題。
現在的問題是山本五十六的潛艇大部分都不到位，他的艦隊水上飛機數量也不夠，提供的偵察範圍其實也很有限，很難有效摸清美國太平洋艦隊的位置。壹次中途島海戰後，日本第壹航空艦隊的四艘航空母艦全部沈沒，美軍也損失了嚴重受損的“約克城”號航空母艦。當山本五十六在6月4日還不知道完整的情況時，他能夠計劃下壹階段的行動。然而，當戰報傳到戰列艦“大和號”時，山本五十六只能面對殘酷的現實。現在他的艦隊失去了航母，整個作戰計劃失敗了。
的確，當時很多人建議山本五十六發動午夜戰役，夜間強攻中途島。畢竟，即使阿留申守軍打不回來，日軍仍然掌握著7艘戰列艦，10巡洋艦和2艘輕型航空母艦，3艘水上飛機航母和38艘驅逐艦。如果用這麽強大的艦隊去進攻中途島，我們的勝算不低。但是，這些提建議的人忽略了壹個問題，美國航母在哪裏？他們有多大的戰鬥力？中途島上有多少美國陸基飛機？這是山本五十六心中最糾結的問題，因為他無法判斷美國航母的狀況，也無法判斷中途島的狀況，這將對他接下來的判斷起到關鍵作用。
山本五十六很清楚壹個現實問題。他的艦隊現在已經失去了所有的航空母艦，航空戰力處於前所未有的薄弱狀態。而美國航母呢？損失怎麽樣？他根本無法判斷，最壞的可能是美國三艘航母全部生還。雖然山本五十六判斷對方在戰鬥中損失了大部分艦載機，但現在必須返回珍珠港補充損失。但是美軍需要多少時間？理論上，從中途到珍珠港，再回來需要壹周時間，包括給航母補給的時間。但如果美軍冒險在海上補給，甚至讓補給艦隊直接飛到航母上降落，那麽美軍很可能在4到5天內重返戰場。
另外，美軍在中途島的陸基飛機也是壹個很大的問題。雖然中途島的空軍在6月4日上午的空戰中損失慘重，但日軍未能徹底消滅他們。美軍B-17轟炸機可以直接從珍珠港飛到中途島補充中途島的損失，不考慮往返，剩余的美軍航母也可以讓剩余的艦載機補充中途島。日軍消滅阿留申駐軍後，此時只剩下兩艘輕型航母，艦載機數量完全不足以為艦隊提供防空屏障。對於山本五十六來說，他現在需要的是保存整個艦隊的剩余實力，而不是把艦隊往死裏拉。因此，6月5日，山本五十六下令艦隊撤出中途島海域，中途島戰役也隨之取消。
事實上，山本五十六的命令非常及時，因為如果他堅持進攻，他的艦隊可能會在劫難逃。事實上，零星戰鬥發生在6月5日至7日，美國航母和中途島陸基機場仍保持著相當程度的航空力量，導致數艘日本軍艦受損或沈沒。此時，薩拉托加號航母和B-17轟炸機已經準備好沖向中途島。如果美軍援軍到達，而日本艦隊不撤離，那麽日本艦隊的損失可能不僅僅是4艘航母。
參考:太平洋戰爭-美日對抗
中途奇跡
太平洋戰爭中途島海戰的轉折點