司令長官：山本五十六大將
第壹戰隊 戰艦/長門、陸奧 第二四戰隊 特設巡洋艦/報國丸、愛國丸、清澄丸 第壹〇航空戰隊 水上機母艦/瑞穂、千歳 第四潛水戰隊 輕巡洋艦/鬼怒、潛水艦/6只 第五潛水戰隊 輕巡洋艦/由良、潛水艦/6只 水上機母艦/千代田 驅逐艦/矢風 標的艦/攝津 工作艦/明石
第壹艦隊
司令長官：高須四郎中將 以戰艦為主軸的主力艦隊 第二戰隊 戰艦/伊勢、日向、扶桑、山城 第三戰隊 戰艦/金剛、榛名、霧島、比睿 第六戰隊 重巡/青葉、衣笠、古鷹、加古 第九戰隊 輕巡/北上、大井 第三航空戰隊 空母/鳳翔、瑞鳳 驅逐艦/三日月、夕風 第壹水雷戰隊 輕巡/阿武隈 第六驅逐隊 驅逐艦/雷、電、響、暁 第壹七驅逐隊 驅逐艦/浦風、磯風、谷風、浜風 第二壹驅逐隊 驅逐艦/初春、子ノ日、初霜、若葉 第二七驅逐隊 驅逐隊/有明、夕暮、白露、時雨 第三水雷戰隊 輕巡/川內 第壹壹驅逐隊 驅逐艦/吹雪、白雪、初雪 第壹二驅逐隊 驅逐艦/叢雲、東雲、白雲 第壹九驅逐隊 驅逐艦/磯波、浦波、敷波、綾波 第二〇驅逐隊 驅逐艦/天霧、朝霧、夕霧、狹霧
第二艦隊
司令長官：近藤信竹中將 以重巡洋艦為主軸的艦隊 第四戰隊 重巡/高雄、愛宕、鳥海、摩耶 第五戰隊 重巡/那智、羽黒、妙高 第七戰隊 重巡/最上、熊野、鈴谷、三隈 第八戰隊 重巡/利根、築摩 第二水雷戰隊 輕巡/神通 第八驅逐隊 驅逐艦/朝潮、満潮、大潮、荒潮
第壹五驅逐隊 驅逐艦/黑潮、親潮、早潮、夏潮 第壹六驅逐隊 驅逐艦/初風、雪風、天津風、時津風 第壹八驅逐隊 驅逐艦/霞、霰、陽炎、不知火 第四水雷戰隊 輕巡/那珂 第二驅逐隊 驅逐艦/村雨、夕立、春雨、五月雨 第四驅逐隊 驅逐艦/嵐、萩風、野分、舞風 第九驅逐隊 驅逐艦/朝雲、山雲、夏雲、峰雲 第二四驅逐隊 驅逐艦/海風、山風、江風、涼風
第三艦隊
司令長官：高橋伊望中將 用以攻占菲律賓的艦隊 第壹六戰隊 重巡/足柄 輕巡/長良、球磨 第壹七戰隊 敷設艦/厳島、八重山 特設敷設艦/辰宮丸 第五水雷戰隊 輕巡/名取 第五驅逐隊 驅逐艦/朝風、春風、松風、旗風 第二二驅逐隊 驅逐艦/臯月、水無月、文月、長月 第六潛水戰隊 潛水母艦/長鯨 第九潛水隊 潛水艦/伊－123、伊－124 第壹三潛水隊 潛水艦/伊－121、伊－122 第壹根據地隊 敷設艦/白鷹、蒼鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇 第二根據地隊 敷設艦/若鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第四艦隊
司令長官：
井上成美中將 內南洋防衛用艦隊 旗艦 練習巡/鹿島 第壹八戰隊 輕巡/天龍、龍田 第壹九戰隊 敷設艦/沖島、海防艦/常盤、津輕 第六水雷戰隊 輕巡/夕張 第二九驅逐隊 驅逐艦/追風、疾風、朝凪、夕凪 第三〇驅逐隊 驅逐艦/睦月、如月、彌生、望月 第七潛水戰隊 潛水母艦/迅鯨 第二六潛水隊 潛水艦/呂－60、呂－61、呂－62 第二七潛水隊 潛水艦/呂－65、呂－66、呂－67 第三三潛水隊 潛水艦/呂－63、呂－64、呂－68 第三根據地隊 掃海艇、驅潛艇 第四根據地隊 掃海艇、驅潛艇 第五根據地隊 掃海艇、驅潛艇 第六根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第五艦隊
司令長官：細萱戊子郎中將 北方防衛用艦隊 第二壹戰隊 輕巡/多摩、木曾 第二二戰隊 輸送艦/粟田丸、淺香丸 第七根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第六艦隊
司令長官：清水光美中將 潛水艦隊 旗艦 練習巡/香取 第壹潛水戰隊 特設潛水母艦 靖國丸、伊－9 第壹潛水隊 潛水艦/伊－15、伊－16、伊－17 第二潛水隊 潛水艦/伊－18、伊－19、伊－20 第三潛水隊 潛水艦/伊－24、伊－25、伊－26 第二潛水戰隊 特設潛水母艦 さんとす丸、伊－7、伊－10 第七潛水隊 潛水艦/伊－1、伊－2、伊－3 第八潛水隊 潛水艦/伊－4、伊－5、伊－6 第三潛水戰隊 潛水母艦/大鯨、伊－8 第壹壹潛水隊 潛水艦/伊－74、伊－75 第壹二潛水隊 潛水艦/伊－68、伊－69、伊－70 第二〇潛水隊 潛水艦/伊－71、伊－72、伊－73
第壹航空艦隊
司令長官：南雲忠壹中將 空母機動部隊
第壹航空戰隊 空母/赤城、加賀 第七驅逐隊 驅逐艦/曙、潮、漣 第二航空戰隊 空母/蒼龍、飛龍 第二三驅逐隊 驅逐艦/菊月、夕月、卯月 第四航空戰隊 空母/龍驤、春日丸 第三驅逐隊 驅逐艦/汐風、帆風 第五航空戰隊 空母/翔鶴、瑞鶴 第？驅逐隊 驅逐艦/朧、秋雲
第十壹航空艦隊
司令長官：冢原二四三中將 基地（陸上）航空部隊 第21航空戰隊 第22航空戰隊 第23航空戰隊 驅逐艦峰風、沖風
南遣艦隊
司令長官：小澤治三郎中將 輕巡/香椎 海防艦/占守 第九根拠地隊 掃海艇、驅潛艇 第四潛水戰隊 輕巡洋艦/鬼怒
第壹八潛水隊 潛水艦/伊－53、伊－54、伊－55 第十九潛水隊 潛水艦/伊－56、伊－57、伊－58 第二壹潛水隊 潛水艦/呂－33、呂－34 第五潛水戰隊 輕巡洋艦/由良 第二八潛水隊 潛水艦/伊－59、伊－60 第二九潛水隊 潛水艦/伊－62、伊－64 第三〇潛水隊 潛水艦/伊－65、伊－66