為了追求擁有強大力量的『賢者之石』而踏上路途的艾魯利克兄弟。哥哥愛德華特是僅15歲就獲得了國家煉金術師資格的、歷上最年輕的天才煉金術師。弟弟阿爾方斯看上去是身穿高大鎧甲、其實是個心地善良的14歲少年。
兩人在東部的邊境小鎮利奧魯上 目睹了自稱為太陽神雷特的代言人的教主的『奇跡之孽』…
第2話『禁斷的身體』 為了見識『賢者之石』、克奈歐主教在利奧魯教會地下室利和艾魯利克兄弟展開了決鬥。
正當這時，聽說主教有難的雷特教的教徒們紛紛闖入。
逃到大街上的兩人、被信仰深刻的利奧魯鎮上的人發現，並圍困了起來。因『奇跡之孽』而動起來的的神像打壞了阿爾、並抓住了愛德、並帶到了克奈歐面前。
第3話『媽瑪……』
在旅途的途中順路經過的街頭的古書店裏。愛德和阿爾發現了本煉金術入門的書。並回想起了過去用這本書學習煉金術的時候。那時兩人還很小、還住在故鄉利賽布魯村裏。
他們想再見到母親那歡喜的笑容、為了這個、他們拼命的學習煉金術…
第4話『愛的煉成』
為了成為國家煉金術師、離開他們的故鄉利賽布魯踏上旅途的艾魯利克兄弟倆在旅行途中聽了到壹位名叫瑪秦哈魯的煉金術師的傳聞、並準備去拜訪他。但是在那個村莊中有著死去的人在復活後接二連三的襲擊人們的傳言。
第5話『飛奔 機械鎧』
為了成為國家煉金術師而準備前往中央的愛德和阿爾接到了瑪斯塔中校的電話。並命令他們立刻坐上下壹班次的列車。總算是左上列車的兩人卻發現這輛列車上竟然乘坐著哈庫羅將軍…
第6話『國家煉金術師資格考試』
為了通過『國家煉金術師資格考試』。愛德和阿爾經瑪斯塔的介紹暫住在被稱為生物體煉成第壹人的『綴命之煉金術師』休.塔卡的家裏。在塔卡的女兒妮娜及其愛犬亞歷山大的鼓勵下，兩人日夜埋頭苦幹。終於到了考試的當天，挑戰考試的愛德和阿爾…
第7話『合成獸哭泣之夜』
愛德僅以12歲度過了艱難的『國家煉金術師資格考試』，得到了史上最年少便獲得國家煉金術師的頭銜。從瑪斯塔那裏獲得了國家煉金術師的證明的銀表。在獲得各種各樣的特權的同時也意味著他成為了軍隊的壹員。
塔卡家裏舉行了壹場慶祝會並參加其中的妮娜和亞歷山大。但在那天塔卡卻為日益臨近的審查日爾哭鬧、逼於無奈的他…
第8話『賢者之石』
愛德為沒能救到妮娜和自己的無力而懊惱不已。之後並被瑪斯塔命令其分析塔卡的剩下的研究。頭腦發熱的愛德違抗了命令並壹個人獨子去尋找殺害妮娜的兇手 。
第9話『軍隊走狗的銀表』
雖感覺到自身渺小和無力但為了自己的目的。愛德決心成為『軍隊走狗』的國家煉金術師。之後便愛德接受了瑪斯塔中校給予的國家煉金術師稱號和其初任務。
第10話『怪盜賽伊雷恩』
在去和瑪斯塔上校報告的途中，愛德和阿爾經過了水之都市—阿庫羅伊阿。阿庫羅伊阿是個以觀光地而聞名的城鎮。最近卻有個叫賽伊雷恩的身份不明的怪盜出沒。而唯壹的線索便是她會使用煉金術。愛德和阿爾從城鎮刑警那被委任協力搜索…
第11話『沙礫的大地 前篇』
愛德和阿爾來到了傳言有『賢者之石的』的金之產地賽諾泰穆。過去曾繁華壹時的城鎮現在冷冷清清。全鎮的人都以瑪古艾魯研究的『賢者之石』為最後的希望。愛德和阿爾在那裏知道了有人以艾魯利克兄弟名義冒充他們兩個…
第12話『沙礫的大地 後篇』
借用 艾魯利多兄弟之名繼續研究賢者之石的拉賽爾和弗裏伽。瑪古艾魯命令拉賽爾研究出用紅水精制出賢者之石的方法。但是不肯照做的拉賽爾被關金了地下監獄。
第13話『火焰VS鋼』
作為國家煉金術師為了回報調查結果。愛德和阿爾來到了軍隊東方司令部。愛德向瑪斯塔詢問在賽諾泰穆聽到了關於瑪魯庫博士的傳聞，卻遭到了上校的敷衍。於是愛德以瑪魯庫的情報為籌碼。和瑪斯塔傷上校進行了壹場模擬戰鬥…
第14話『被破壞了的右手』
過去曾在伊休巴魯內亂戰中從軍隊逃走的原國家煉金術師的瑪魯庫博士。為了拜訪作為『賢者之石』的研究者的他，愛德和阿爾來到了海特烏村。愛德希望能看壹下當年他從軍隊利帶走的『賢者之石』的研究資料…
第15話『伊休巴魯大屠殺』
被斯卡所追殺的的愛德和和阿爾在千鈞壹發之際被 阿穆斯特朗 所救、並帶上了瑪魯庫博士壹同逃走了。知道斯卡乃是伊休巴魯人的瑪魯庫博士說起了過去戰爭的事情。伊休巴魯內亂的淒慘真相。
第16話『失去的東西』
為了修理被斯卡所破壞的機械鎧、愛德和阿爾準備前往利賽布魯。從瑪魯庫博士那兒獲得的紙條上寫著“和『賢者之石』相關的資料都隱藏在中央圖書館.第壹分館”愛德和阿爾為了近在咫尺的『賢者之石』前往了中央。
第17話『擁有家人的家』
為了修理機械鎧而來到利賽布魯的愛德和阿爾。自從他們燒毀房子踏上尋找『賢者之石』的旅途已有4年沒回家鄉了。皮奈克和溫蒂雖然上來就對他們壹番大罵，並溫暖的迎接了他們。
第18話『瑪魯庫的筆記』
『瑪魯庫的筆記』乃是瑪魯庫博士對『賢者之石』研究的資料。為了得到它而再次來到中央的愛德和阿爾。但是資料保管地的中央圖書館第壹分館卻因為火災而燒毀了。具目擊者的證言推測、犯人是斯卡…
第19話『真相背後的背後』
為了奪回失去的壹切，艾魯利克兄弟所追尋的『賢者之石』竟然是要以大量的活人的生命為代價而知道出來的。愛德雖然被這真相所震驚，並決心去壹探瑪魯庫博士所留下的那句『真相背後的背後』的究竟…
第20話『守護者的靈魂』
確信『賢者之石』的研究所就是『第5研究所』的愛德和阿爾。發現本應廢棄的那裏卻有著大量的機關陷阱。並且愛德和阿爾碰上了襲擊他們兩人的兩個黑影。死囚48號和66號。
第21話『紅色的光輝』
愛德於操控著第5研究所的48號展開了殊死搏鬥。為了套出『賢者之石』的情報雙發展開了壹腿壹進的攻防戰。而另壹方面、在研究所中庭中的阿爾也於66號打了起來…
第22話『被制造出來的人』
歷經千辛終於來到了第5研究所最深部的愛德。來到了過去曾為了使煉金術轉化為軍事利用而建成的大規模生物煉成研究所。在研究所裏展現的是無數的未完成的賢者之石的巨大煉成陣。塔卡建議愛德利用這裏的材料完成賢者之石。
第23話『鋼的心靈』
愛德朦朧間發現自己已經滿身傷口並躺在醫院的病床上。阿爾也已經半身被毀。由於經歷了於賢者之石僅壹步之遙的愛德。對自己當時沒能下定決心而產生了心結。
第24話『回憶的固定』
對自己的記憶甚至靈魂是否都是虛假的而困惑的阿爾從愛德面前逃走了。呆呆的站在街上的阿爾在那裏遇到了伊休巴魯的年少兄弟倆、裏歐和林克。被兄弟兩個帶到他們藏身的營地的阿爾遇上了他想都想不到的人物。
第25話『告別的儀式』
為了尋找不想讓大家卷入危險的、並能恢復原樣的方法的愛德和阿爾。為了找尋這可能性、並去見他們的神父。兩人決心前往達普利斯。途中於溫蒂經過機械鎧的聖地—萊休巴雷。另壹方面，正在調查第5研究所和賢者之石的休茲、找到了某些事實。但就在那時…
第26話『她的理由』
到達了以生產機械鎧聞名的萊休巴雷的愛德和阿爾和溫蒂3人。在街上壹座機械鎧工房前，溫蒂執意要留下。3人在萊休巴雷著名的機械鎧大會上碰上了手臂和雙腳都是機鎧的女子帕妮妮亞…
第27話『老師』
愛德和阿爾最害怕的人，教他們煉金術的師傅 泉美在萊休巴雷抓住了他們。知道了愛德成為了『軍隊走狗』國家煉金術師的事，怒上心頭的拉著二人去了達普裏斯街。另壹方面，東方司令部的瑪斯塔那邊，調動到中央的正式命令發下了。
第28話『壹既是全，全既是壹』
愛德和阿爾被泉美帶到了卡烏羅伊湖的孤島-尤克島。曾經這裏是童年時期兩個人修行的地方。島上還殘存著當時的壹些痕跡，兩個人回憶起往事，重新評價了自己。
第29話『無垢的孩子』
在尤克島回想起往事，悔恨自己過錯的愛德和阿爾，決定了無論怎樣也要向前看。那時，應該是沒有人的森林中，出現了壹個使用煉金術的迷之少年的身影…
第30話『襲擊南方司令部』
泉美從尤克島帶回的少年，他的右肩上有壹個舊傷疤，酷似愛德小時候受的傷。少年從愛德的質問中逃脫出來。另壹方面，代替休茲職位的弗蘭克.阿切爾中校同阿穆斯特朗少校壹起尋找愛德他們的行蹤，到達了達普裏斯。
第31話『罪』
右腳擁有咬尾蛇紋章的少年。為了爭奪這個少年，軍部的金布裏.艾魯利克兄弟和泉美在南方司令部對峙起來。另壹方面羅伊接受大總統的命令，為了追捕斯卡，率領軍隊向依修瓦近郊的斯拉姆方向前進。
第32話『叢林深處的但丁』
擁有愛德失去的右臂和左腿的少年，拉斯。他是泉美人體煉成失敗 結果產生出來的人造人。拉斯希望成為人類，於是為了奪取全部的身體襲擊了愛德。
第33話『被囚禁的阿爾』
在但丁的公館，在葛立德率領奇美拉軍團的襲擊中，阿爾被帶走了。在他們的根據地-城外的酒館德比魯茲內斯特 被囚禁的阿爾詢問了葛立德關於永遠的生命的秘密。
第34話『強欲的理論』
在德比魯茲內斯特展開了『殲滅不穩定分子作戰』。由於阿切爾隊的士兵，葛立德派的奇美拉們壹個接壹個的被射殺，葛立德被金布裏和塔卡的內應和拉斯特 古拉德尼襲擊，陷入危機關頭。
第35話『愚者的再會』
拉斯特偶然和知道他過去的人魯瓊相遇。兩年前，魯瓊為了找出治療襲擊故鄉村子的不明原因的怪病-化石病的方法，沒日沒夜的進行煉金術的研究。
第36話『我心中的罪人』
以前在伊休巴魯制造出來了『賢哲之石』。南部邊境地區，同由軍隊護送的伊休巴魯人接觸的愛德和阿爾，為了向就賢哲之石知情的老人請教。愛德和阿爾還有溫蒂向那個老人住的依修瓦街出發了。
第37話『炎之煉金術師』『戰鬥的少尉先生』『十三號倉庫的怪事』
哈博庫少尉被軍內務科下達了監視瑪斯塔大校的命令。他和布萊德 法魯穆恩 富利壹起機密的開始記錄[羅伊.瑪斯塔觀察日記]。那個是壹個壹個被暴露出來的馬斯塔大校不為人所知日常的姿態!?
第38話『隨波而去』
在去伊休巴魯的旅途中，愛德和阿爾應該為了先阻止斯卡還是先取回自己的身體爭吵起來。另壹方面，壹人調查休茲事件的茜斯卡有了壹個想法。
第39話『東方內戰』
旅途中，馬塔爾對愛德和阿爾講述了她過去在特殊部隊時發生的事情。從那話中了解到了伊休巴魯內戰發生的真實原因。當時，為了鎮壓反抗勢力，阿切爾率領的軍隊到達裏奧爾。
第40話『傷痕』
出賣了葛立德和夥伴們回到軍部的金布裏。憎恨金布裏的馬塔爾擺脫了制止她的阿爾，壹口氣襲擊了金布裏。另壹方面，在利奧魯，愛德和斯卡終於見面了。
第41話『聖母』
失去了領導者處於混亂狀態的利奧魯，軍部計劃趁著這混亂軍事鎮壓利奧魯。終於鎮壓部隊向市區進軍。於是，斯卡利用利奧魯內亂要完成『賢哲之石』…
第42話『不知其名』
追求賢哲之石的人壹定會毀滅。現在新的傳說隨著叫利奧魯壹個城市的犧牲產生了。接受大總統的特命金布裏率領的奇美拉部隊攻入利奧魯。但是，在那之前被要報伊休巴魯的仇的斯卡阻住了去路。
第43話『野狗開始逃竄』
愛德和阿爾從利奧魯街突然消失。陷入追捕成為[賢哲之石]的阿爾的軍部和人造人的危機中，愛德和阿爾向利森布爾繼續逃亡。
第44話『光之霍恩海姆』
潛入利森布爾的愛德和阿爾面前出現了壹個意外的人物。那就是兩個人數十年前丟下家族行蹤不明的父親 霍恩海姆。
第45話『使心靈劣化之物』
在中央的舊街區地下寬闊的巨大都市遺跡的壹角。相遇了的光之霍恩海姆和但丁。永遠纏繞他們的因緣。那就是400年前，從他們相遇的那壹天開始。
第46話『人體煉成』
決定和人造人戰鬥的愛德為了得到拉斯的弱點拜訪了泉美。另壹方面，留下的阿爾為了知道賢哲之石的使用方法來到了休.塔卡的隱居地…
第47話『封印人造人』
愛德和司洛斯圍繞著成為賢哲之石的阿爾對峙。阿爾還在為司洛斯有母親的容貌所迷惑。觸犯的罪孽。自己解決犯下的罪孽才是真正的贖罪。愛德決心消滅司洛斯。
第48話『再見』
愛德把司洛斯的構成物質重新構築為乙醇。逃避自己犯下罪孽的這條路是走不通的。另壹方面，前往北方的部隊中，傳來了壹股不詳的氣息。
第49話『前往門的那邊』
愛德追著被帶走的阿爾，前往中央。愛德在那裏再次見到了多利剛姆兄弟，他們告訴了愛德關於『賢哲之石』的巨大研究所的所在地。
第50話『死』
被從羅薩的嬰兒中出現的門吞噬的愛德，來到了門另壹邊的世界。這裏是20世紀初的倫敦。混亂中，愛德從飛船襲擊的街道中逃脫出來。古拉德尼準備吃掉阿爾從而獲得完全的賢者之石。而在門另壹邊的世界…
第51話『最終回』
瑪斯塔在大總統府消滅了人造人大總統布拉德利後，並遭到聞風而來的阿切爾的襲擊。
另壹方面 但丁的房間中，安迪為了和霍恩海姆相見和門壹起消失了。而愛德，為了喚回重要的東西，大廳中再次回響起了愛德合並雙手的聲音