“北京人”化石最早保存在北京協和醫院實驗室。在日美宣戰之前，兩國關系已經很緊張了。為了保存北京猿人的頭骨化石，經多方協商決定存放在美國紐約自然博物館。計劃將包裝好的化石標本由美國海軍陸戰隊專列運往秦皇島，再由美國定期輪船“哈裏森總統”號從上海發往美國。不料，當天珍珠港事件爆發，秦皇島等地機場和美國海軍陸戰隊專列被攔截，“哈裏森總統”號始終無法駛進秦皇島。據說文物被日軍搶走，從此再無“北京人”化石的消息。抗日戰爭勝利後，國民政府也多方尋找，但沒有消息。北京人化石的丟失是人類不可估量的損失，侵華日軍應對北京人化石的丟失負責。【北京文史第五十四輯，北京出版社2月出版，1996，引自譚·:抗戰時期被夷平的幾座日軍監獄】。
抗戰爆發後，作為國家文化遺產之壹的北平故宮博物院面臨被日軍掠奪的危險。到1933年2月，為了文物安全，故宮博物院的大部分文物被國民政府有關部門運到上海，再運到南京。“八·壹三事件”後，文物再次受到威脅，故宮文物開始西遷。但仍有2900多箱滯留南京，不幸於6月1938落入敵手。其中有比較重要的清代記錄、聖訓、禦筆、禦璽，以及“唐太宗禦筆、宋徽宗禦筆、荔枝山雀、蘇東坡墨”等字畫。
日軍在長期占領期間，無視中國的主權和考古程序，對中國各地的墓葬和遺址進行了大規模的強盜式發掘，是典型的盜墓賊行為。考古是壹項嚴肅的工作，但是日本侵略者並沒有註意發掘現場的完整性。他們發掘了北京周口店遺址、商都殷墟遺址和齊國古城。這些遺址被挖掘得亂七八糟，遭到破壞。
日軍在侵華期間還竊取了中國的甲骨文。甲骨文是人類歷史上不可多得的瑰寶。它建立於中國的商代，是研究古代宗教、歷法、文字和政治的原始資料。清朝末年，有個叫王的人發現了甲骨文。因為認識古文字，他看到了甲骨文的價值，於是高價從古董商那裏買來，很多大臣和外國人也大量購買。日本人西村博和林太夫也很早就開始收集甲骨。日本發動侵華戰爭後，在1938至1943占領河南安陽時，多次組織大量人員在殷墟進行挖掘，從殷墟中挖出甲骨、陶器、玉器、骨器等許多重要文物，期間被盜文物裝了八卡車！
南京是中國六朝古都。戰國時楚設金陵城，秦稱秣陵，三國吳稱建業，金稱建康，明稱南京，清由江寧府統治。南京城依山傍水，風景秀麗，有紫金山、玄武湖、燕子磯、中山陵、雨花臺等名勝古跡，地下文物也非常豐富。有壹次在南京郊外建了壹個機場，挖了壹個古墓。發現裏面有唐代壹位著名僧人的遺物，侵略者盜走了壹部分運到日本。
江西也是中國歷史悠久的省份之壹。1939年9月，日軍用鋼炮摧毀了江西幸子縣的壹座佛塔。該塔建於三國東吳時期，位於金輪峰上。在塔下，日軍挖出了壹座火炬塔、壹尊銀佛、若幹舍利子和許多紅白綠珍寶。第二年，從縣內的七賢寺搶走了壹大批珍藏了數百年的著名文物，包括古羅漢卷軸、宋代黃庭堅的書法和石刻，以及宋、元、明、清的珍品。
私人文物也遭到破壞和搶劫。中國是壹個重視收藏的國家，很多文物在民間被廣泛收藏。在中國，許多書籍集中在南京、北平、上海、蘇洲等地，這些地方戰爭激烈，許多文物遭到破壞和掠奪。比如南京的魯余雲先生“半輩子喜歡造古錢，萬金難掩其價值。”這錢不是匆忙帶出來的，知道是被搶了。“南京市大石壩街50號老中醫宣家”藏書豐富，在當代享有盛名。“有十幾本珍貴的醫學書籍。早年，孫曾出價7萬銀元購買的藏書，被拒絕。這次日軍搶走了他4箱善本，2000多幅字畫和古董。南京劉鐵雲家收藏了殷墟龜甲字183件，敦煌千佛洞唐人書寫的四點戒律1卷，宣德爐等著名文物。燕京大學顧頡剛教授流失的除書刊以外的文物:碑帖30塊，拓片100種，書畫40幅，印章150枚，古錢幣650枚，古鏡3面，古籍2卷，明清善本6000冊。吳南尋訪劉家，留存《永樂大典》殘卷，是我國現存最完整的《永樂大典》抄本。藏在蘇州潘家的和被搶了。1938年，日軍突襲馮漢非在開封的住宅，搶走了《吳道子山水》等古畫。1940年，日軍印度支那派遣軍字第4218號，軍少佐在江蘇嘉定掠奪地方誌535種及寺版二十四史。